首屆新生的報名、考試、錄取都由蘭大負責，首屆新生於當年11月1日報到，16日開始上課。那時，盛彤笙還要在南京國立中央大學授課，完成1946—1947年度的教學任務，並在聯合國善後救濟總署挑選儀器設備，經常往返於南京與蘭州之間，學生的日常管理全部托付給蘭州大學。而蘭州大學正是初創階段，百事待舉，自己也有許多困難，卻幫助獸醫學院承擔了一部分基礎課的教學工作，提供了圖書借閱和實驗儀器使用的便利，學生生活上享受同等待遇。當聘請的教師到蘭後，蘭大還陸續擠出宿舍30間，安置教職員及眷屬。
由於抗戰勝利後不久，“國步方艱，瘡痍未複，庫帑彌絀”，國家經濟狀況十分困難，辦學經費、儀器設備極度缺乏，師生的日常生活很多時候都要靠舉債度日，新生的學院可謂舉步維艱。盛彤笙每當遇到難題，就向朱家驊求援，而他也盡其所能予以解決。
1946年11月，朱家驊致電知照蘭州大學及在蘭一些單位：
“查獸醫教學重在實習，該校獸醫學院新創，基礎未立，應與蘭州各防疫機關及其他有關機構取得聯係以便利用其既有設備增進教學效率，又該院校舍本部已會商請衛生署就蘭州動物場房屋酌與撥用。”
有了這把“尚方寶劍”，盛彤笙先後與西北羊毛改進處、衛生署蘭州實驗動物場、西北馬政局、農林部蘭州獸疫防治處等單位建立了教學合作關係，這些單位或者提供實習場所，或者無償支援圖書儀器，或者聯合開辦門診，都給予了力所能及的幫助。甘肅省政府還將省上剛成立不久的畜牧獸醫研究所連人帶資產整體移交給國立獸醫學院，這些都給了新生的獸醫學院以莫大的支持。
當年財政部確定的20億元開辦費，因下撥遲緩，不斷貶值，在征用土地
和修建伏羲堂及從上海購買部分儀器後，已所剩無幾。而學校還要購買圖書儀器、修建家畜病院、教職工住宅宿舍、圍牆道路、水井水塔、建設畜牧場及購買種畜等，學校向教育部申請還需要經費15億元。朱家驊隨即向行政院積極爭取。1947年10月，財政部追加擴充改良費10億元，為了將所撥經費盡快拿到手，由教育部擔保，“以應領各費作抵”，從銀行先行借出5億，搶在貨幣貶值之前發揮了效用。不僅如此，朱家驊還特地從教育部的“擴充改良”經費中拿出一萬美金，給獸醫學院在美國購買圖書和儀器設備。僅顯微鏡，就一次購得18架，從上海空運時，又協調財政部給予免稅護照，要求“仰沿途關局所遵照，一經驗明照貨相符，即予免稅放行”，很快運到蘭州，解決了辦學的急需。在當時國民黨上層貪汙腐敗、中飽私囊成風之時，作出此舉，實屬罕見。
盛彤笙在海內外延攬的師資，許多都是名重一時的碩學之士，他們學成之後希望回國效力，但人在海外，身不由己，或因路費難以成行，或因對方政府無端阻撓，每當有了難題，盛彤笙就直接給朱家驊寫信或發電報，由教育部拿出美元，通過外交途徑排除幹擾，資助從國外聘請的師資順利返國。1948年秋，學院學生僅75人，而教職員工就有67人，幾乎是1：1的比例，教育部感到冗員過多，盛彤笙申明：“人才為辦學之急需，國內獸醫人才羅致不易，今後學校的規模還要擴大，儲備人才是學校發展所之必須”。教育部破例照準。
1947年9月，當得知獸醫館即將開工並定名伏羲堂時，朱家驊特地為伏羲堂題寫了基銘，慶賀伏羲堂奠基。
《伏 羲 堂 基 銘》
瀚海西 暨金微 天蒼茫 水清漪
磧礧砢 草萋菲 牧群牲 宗伏羲
物吾與 思弘施 六畜疾 我為醫
人樂康 畜蕃滋 大且久 示茲基
中華民國卅六年九月國立獸醫學院建
國民政府行政院教育部部長朱家驊奠基
這首基銘古調鏗鏘，意境高遠，吐屬大雅，字式嚴整，充滿了豪壯之氣。之後被盛彤笙勒石刻銘，鑲嵌在伏羲堂大門左側，成為永久的紀念。
朱家驊心中一直惦念著這所學校，1948年他計劃到新疆視察的同時，順道來蘭州看看國立獸醫學院。盛彤笙備受鼓舞，擬將伏羲堂的開館剪彩儀式安排到朱家驊來後舉行。但人算不如天算，隨著國民黨在戰場上的節節敗退，朱家驊終於未能成大西北之行，乃委托蘭大校長辛樹幟代為出席剪彩儀式。