抗戰期間的大西南條件是極為艱難的。日軍無數次的空襲轟炸，加上國民黨政府腐敗，物質匱乏，法幣貶值，教師工資極低，生活很難維持。盛彤笙的困難更甚於他人。他的父母因病於1942年前後相繼去世，全家老幼的生活和教育費用，都得靠他一個人的微薄薪金維持。當時他的生活窘迫的程度，盛彤笙在自傳中有個回憶：
“我的一件黑呢大衣從出國穿到回國，從武功穿到成都，袖子磨破一個大洞，真是‘捉襟露肘’。在不得已的情況下，隻得出賣我由德國帶回的心愛的原版書籍。其中醫學書籍很易脫手，隻托友人在李莊的同濟大學醫學院貼出一張出售的書目，立即搶購一空。唯獨一部德文《獸醫畜牧百科全書》，共八大卷，不易找到買主。恰好當時陸軍獸醫學校在蘭州成立一個分校，我估計他們參考書籍一定非常缺乏，便去函向他們兜售，果然他們不惜高價購去，可惜等到我將書寄去，他們再將款寄來時，已經貶值到不值幾文了。解放後，這部書被蘭州軍區後勤衛生部軍馬衛生科所接管，從來很少有人翻過。1981年，經我商得蘭州軍區後勤衛生部慨允，用我新譯的《家畜的傳染病》十部換回，事隔近四十年，又物歸原主，雖然參考價值已經不大，但卻刻印著舊社會一個貧苦知識分子的一段辛酸曆史。我除在書首略記其經曆始末外，還將我與蘭州軍區後勤衛生部的來往信件粘貼於書後，希望後代珍藏之，以留永念。”
前方的將士在與日寇浴血奮戰，後方的教師也挺起了脊梁，擔當起教育救國的重任。中大畜牧獸醫係主任陳之長，教授羅清生、熊大仕、盛彤笙、汪啟愚、吳仲賢、湯逸人等，不畏艱辛，在社會動蕩、設備簡陋、經費緊缺的情況下，恪盡職守，安貧樂道，相繼培育了不少英才。其職業精神，亦令人感動。
抗日戰爭爆發後，中央大學遷往大西南，當時學校隻負責圖書儀器和師生員工的運送，而畜牧獸醫係還有許多種畜無法內遷，這些種畜大多是從美國引進，既是教學所必需，又是有錢難買的珍貴品種，教師們不忍心扔掉，於是該係就自行聯係了民生實業公司的船隻搶運。由於戰火逼近，輪船到不了南京，隻能靠岸武漢，教職員就搶在日寇占領前，步行趕著種牛、種豬、種馬往武漢轉移，一路上跋山涉水，風餐露宿，夙夜辛勞。其中的美國純種乳牛，一天趕著隻能走十多裏，路上要給牛喂草、喂料、喂水、擠乳，擠出乳就在當地廉價賣，路上還有孕牛生產，要接產、護理牛犢，慢慢地讓小牛跟著母牛走。他們就這樣全部無損地將畜群趕到武漢，再上船運到重慶，轉運到成都，在沙坪壩借用巴縣中學的五畝學田，建簡易牛舍安頓下來。見到眼前的這一切，時任中央大學校長的羅家倫先生十分感慨，讚歎說：“千裏趕牛羊，不亞於上戰場，真不容易啊！”相對比中央政府大員紛紛逃竄山城，而幾個文弱書生卻這樣驅趕著上百頭種畜千裏大轉移，為以後的科研、教學和良種繁育“保種”，實在是鮮明的對照。
在成都漿洗街安置好後，學生們在日寇飛機的不時轟炸下如期上課。在教學上，盛彤笙也充分展現了才華和風範。他作風嚴謹，一絲不苟，上課總是準時進入教室，先關好門，遲到的學生需敲門打報告才能進來，所以學生幾乎沒有出現遲到的現象。講課前，先來5分鍾的測試，這是當時流行的一種促使學生及時溫課的方法，將分別寫在紙片上的不同題目發給學生，每人一題，5分鍾內寫完交卷，作為平時考核的成績，測試後才開始講課。授課隻拿幾張卡片，提綱先用英文和德文寫在圖書卡片上，字跡工整清秀，筆觸極細。盛彤笙授課板書美觀整齊，聲調平靜清晰，同學反映聽他的課是一種享受，課後稍加整理便是一篇很好的文章。由於他備課非常認真，資料十分豐富，講課條理分明，善於誘導，語言精練，使學生容易理解和記憶，因而他的講課一直深受學生們的歡迎。