1941年春，盛彤笙離開西北農學院，擺脫了險惡的環境，來到了已遷至大西南成都的他的母校國立中央大學。
1937年7月，日本帝國主義侵華戰爭升級，日寇長驅南下，國民政府首都南京岌岌可危，許多政府部門西遷重慶。10月，國立中央大學遷至大西南，其本部設在重慶，醫學院和農學院畜牧獸醫係則遷到了四川成都的漿洗街。成都附近的華西壩還有齊魯大學、金陵大學、華西大學的醫學院和協和醫學院，形成了後方的醫學教育中心，學術空氣很濃。那時學生相對較少，大家可以互相到這些學校去聽課，當時的解剖學、生理學、生物化學、藥理學、病理學、微生物學等學科，都是由著名教授講授的，學生可以自由選擇，真正是資源共享，大大提高了學生的基礎理論水平。很多助教也到這些學校去聽課，這為他們順利考上公費出國留學創造了條件。
國立中央大學的畜牧獸醫係成立於1929年，初創時期，基礎薄弱，僅有教授、助教各2人，教學設施也嚴重缺乏，所以招生人數也比較少，有四五年中每年隻有一兩個學生，多的時候也就是七八個。該係雖然不是我國現代畜牧獸醫教育的源頭，但卻是畜牧獸醫高層人才的搖籃，以後許多農業院校的畜牧獸醫師資以及新中國畜牧獸醫科研機構的研究人員，大多來自這裏。在隨後的幾年裏，畜牧獸醫係逐漸充實了教學人員、專業圖書、儀器設備及畜牧場等，教學條件有所改善，招生人數也有所增加。1941年，盛彤笙和胡祥璧、湯逸人、吳仲賢、吳文安等青年教師的到來，加上原來的陳之長、熊大仕、羅清生、許振英、汪德章等名牌教授，使畜牧獸醫係人才濟濟。他們中的陳之長、羅清生二人均為留美的獸醫學博士，吳文安為留法的獸醫學博士，許振英及汪啟愚均為留美的科學碩士，熊大仕為留美的獸醫學博士及哲學博士、單蹄獸腸道鞭毛蟲的世界權威，胡祥璧為留英的獸醫學博士，湯逸人及吳仲賢與王棟均是留英的哲學博士，還有從美國獲得科學碩士的汪國輿、盧潤孚、黃異生等。同時係上還利用齊集於成都華西壩5所大學的有利條件，聘請中央大學醫學院生物化學教授鄭集、生理學教授徐豐彥，金陵大學農學係主任湯湘雨博士等為兼職教授。如此教授陣容，可謂盛極一時，與國外的同類大學相比，也毫不遜色。係主任陳之長是我國現代畜牧獸醫教育事業的奠基人之一，他特別滿意的是盛彤笙到來後，將微生物學和家畜病理學這兩門學科擔當了起來，使獸醫係的各科力量均衡，都有很強的師資。盛彤笙也以他過人的精力，同時在其他幾所醫學院兼授微生物課。這一年，中大畜牧獸醫係的招生規模一下子增加到34人。
當年中央大學這一批剛從國外回來的青年教授，如盛彤笙、翁文波、胡祥璧、湯逸人、黃玉珊、張宗燧等人，均未滿30歲，年齡最小的理論物理學教授張宗燧年僅24歲，他們思想活躍，精力旺盛，充滿朝氣和活力，年齡與學生相差無幾，大家一起談心、一起打球，甚至一起玩遊戲，學生們戲稱他們為“娃娃教授”，而盛彤笙更是其中的“娃娃教授頭”，名滿全校。
在中大任教的5年，由於成都醫學名家雲集，圖書資料和儀器設備相對齊全，對獸醫教學和研究很有幫助。這一時期，盛彤笙潛心於教學、科研和編譯工作，成為個人著述方麵取得創造性成果最多的時期。
當年國內自編的專業教材不多，為了傳播國外獸醫先進知識和技術，他利用晚上時間，一個人蹲在暗室裏從德國留學帶回的顯微膠卷中譯出Kelser教授所著的《獸醫細菌學》，作為畜牧獸醫專業教材；他還編寫了我國第一部《獸醫細菌學實習指導》和《家畜屍體解剖技術》，使教師教學和學生實習有章可循，解決了幾所大學微生物學的教材問題。以後，他又根據德文原著，重譯了陳之長、羅清生在抗戰時根據英文轉譯的《獸醫臨床診斷學》，使這部書成為內容精辟的名著。雖然他全麵進行了重譯，但署名時，仍用的是陳之長、羅清生之名。同時，他還編寫了《軍馬毒氣中毒》《馬匹的重要傳染病》等幾本科普讀物。這些著作對於抗戰時期中國軍隊軍馬疫病防治和毒氣防護，意義重大。
1942年，中國畜牧獸醫學會在成都恢複了活動，選舉產生了新的理事會，陳之長、羅清生、盛彤笙、許振英、湯逸人、胡祥璧等當選為理事，陳之長當選為理事長。理事會上，還推舉盛彤笙主編剛剛複刊的全國性專業學術刊物《畜牧獸醫月刊》《中國畜牧獸醫學會會訊》。自此，這兩份刊物從組稿、編輯、校對、付印、發行，都是盛彤笙和他的助教謝錚銘利用業餘時間完成的，內容不足時，還得自行撰寫或者翻譯部分稿件。“月刊”發行量雖隻有一千餘份，用的且都是粗劣的黃草紙印刷，但上述這些程序一項也不能少。在抗戰期間畜牧獸醫讀物貧乏的情況下，為同道提供了發表科研成果和交流國內外科學情報的園地，他們並不以為苦，而是認真地、默默地盡著自己的義務，使畜牧獸醫學脈在艱難歲月得以延續。