在西北農學院，盛彤笙同時也見識了社會的複雜性，遇到更多的還是不順心的事。由於國民政府教育部易人，國民黨CC派頭子陳立夫在朱家驊離任後繼任教育部長，他在西北農學院挑起了一場驅逐辛樹幟的風潮，意在安插其親信周伯敏任院長。盛彤笙因為自己的聘用和激於對中統特務的義憤，在風潮中自然站在辛樹幟這一邊。風潮持續了一年多，最後以辛樹幟被教育部免職、周伯敏任院長而告結束。
盛彤笙當年的學生、地下黨員買永彬曾經在1978年落實政策時提供過一個證明，從中可以了解這一風潮的簡單情形：
“周伯敏是國民黨中統特務CC派在西北的大爪牙，在學生中大力發展CC派，鎮壓進步同學，致使許多學生被捕入獄。他不懂教育，不學無術，不尊重教師，把學校搞得很糟糕，迫使許多著名教授離開西農。我得知盛彤笙先生在德國參加過反帝大同盟，是黨的外圍組織，在反對周伯敏的鬥爭中，我同盛先生有緊密的聯係，經常和他商量對策。他給我們出了不少好主意，並利用其地位保護進步學生，搞得周十分頭疼。”
買永彬是當年反對周伯敏鬥爭中的學生領袖之一，在周伯敏當上院長後於1941年被捕入獄。盛彤笙在蘭州創建國立獸醫學院時，他1947年應邀來院任教，1955年赴蘇聯莫斯科獸醫學院進修，後任甘肅農業大學獸醫係黨總支書記、副教授，20世紀70年代調任農業部農業生物研究室主任、農業部環境保護科研監測所所長、研究員。
在辛樹幟離開西北農學院後，盛彤笙就置身於孤身奮鬥的險惡境地。
該校農田水利係主任沙玉清，係國民黨藍衣社成員，曾與盛彤笙同期在德國留學。有時他們幾個同學在柏林周末聚會，一起敘敘鄉情，說說國內情況。盛彤笙當時發現這幾個人的言論，都是“一個政府、一個主義、一個領袖”和“攘外必先安內”那一套，知道他們是藍衣社的，也就是帶有特務性質的派係組織“複興社”的，很少同他們辯論，以避免暴露自己的觀點。有一天，沙玉清忽然提出要介紹他加入藍衣社，被他婉言拒絕。沙以後了解到盛彤笙是反帝大同盟盟員，大為懊惱，因而懷恨在心。想不到“冤家路窄”，以後他們二人又同在西北農學院聚首，於是沙玉清到處散布盛彤笙是“赤色分子”“共黨尾巴”的流言。西北農學院所在的武功地處關中平原，是進步青年進入陝甘寧邊區的中轉站之一，學校裏中共地下黨活動頻繁，在組織抗日救亡宣傳、領導學生民主運動中，始終起著核心作用。自然，這裏的國民黨特務也很多，“中統”“軍統”都密切注視學校裏的一舉一動，進步學生被秘密逮捕者時有耳聞，這些流言對他極端不利，特別是CC派的周伯敏掌權後，處處對他排擠打壓，他被迫於1941年春辭職。由於他學識淵博、教學嚴格，在學生中享有很高的聲望，特別是利用其地位保護學生而深受愛戴，在離開西北農學院時，師生含淚相送，場麵十分感人。學生代表王武亭、買永彬等還追到西安竭力挽留，經說明真情後才作罷。
以後的事態發展證明盛彤笙的判斷是完全正確的。他離開西北農學院前往成都途中，乘船輾轉到了重慶，用假名在一個小旅館住了下來，誰知第二天一早，便有兩個陌生人找上門問：“你是盛彤笙嗎？我們老板找你去！”於是，就被那兩個人帶上車，七拐八彎到一個地方，進去後才發現找他的人正是軍統特務頭子戴笠。原來他在西農反對周伯敏的行動都在特務機關的掌控之中，而且他的行蹤一直有人暗中監視。戴笠當時對盛彤笙嚴加斥責，並警告說：“你今後好好教你的書，如再不安分守己，就對你不客氣了！”
在陝西的這兩年，是盛彤笙心情鬱悶和憤懣的時期。所處的環境十分險惡，周圍敵特遍布，稍有不慎，就有可能遭到逮捕。如遇不測，別的不說，僅就他四個幼弱的弟妹和宿疾纏身的雙親，都有賴他微薄的薪金來維持生活，工作一旦丟失，就意味著全家的災難。所以，他在學校一舉一動，不得不謹慎小心。國民黨為了控製學校，對高級知識分子實施懷柔政策，讓他們集體加入國民黨，發的黨證編號為“特”字號，即“特別黨員”。黨證上“介紹人”一欄填的都是“張繼”“戴季陶”二人的名字，他們都是國民黨的元老重臣，誰也沒有和他們見過麵，但管你同意不同意，知情不知情，事情就這樣搞定了，盛彤笙也成為一名國民黨黨員，這使他親身體察到舊社會政治的黑暗和舊知識分子陣容的複雜，也使他今後在處事上更為謹慎。解放後，盛彤笙總覺得這是自己曆史上的一個汙點，在曆次運動中受到審查和追問，總是難以過關，給他帶來了數不清的煩惱。他後來回顧為什麼解放後沒有加入中國共產黨，影響了自己的進步，在西北農學院的這一經曆，不能不算是原因之一。