幾個農夫互相看看，哭喪著臉，看起來非常可憐。另一個農夫補充道：“被弄成這樣，年貢都沒辦法交了，我們正在發愁呢！”家康心中一驚，問道：“你是說，是昨天晚上住在這裏的人幹的？”
農夫們紛紛點頭。家康心中很是憤怒，他曾嚴令不得殺人放火或踐踏農田，石田三成的西軍早在兩天前就逃光了，搶奪農民作物的一定是東軍的人，家康斷定這些人還沒走遠，果斷地命令家臣道：“把昨天住在這村裏的人都抓來，一定還沒有走得很遠。”
農夫們弄不清是怎麼回事，越發顯得局促不安。家臣們得令立刻向前追趕，一會兒就帶回來一隊大約有十五六個武士，家康冷眼看著他們，問他們是哪一隊的。
“是藤堂家的。”武士們回答。
家康讓農夫們指認，搶奪作物的是否是這些武士，農夫們仔細地審視每一名武士，然後點點頭。家康見狀立刻火冒三丈，本來藤堂在東軍中是相當不錯的一隊，都做出了這等事情，可見軍紀如何鬆弛了。家康怒目向武士們吼道：“你們毀壞了這附近一大片田地，我的命令你們不知道嗎？”他喘了一口氣，接著又說，“明知故犯，罪加一等，你們不要命了？”
武士們不斷地求饒，一個個都匐伏在地，但家康不為所動。藤堂高虎聞訊趕來為部下求情：“是我管理不嚴，就請饒他們一次吧！”
家康讓他們保證絕不再犯，就暫且饒過了他們，然後又給每個人發了一些錢，說：“這都是我屬下的不是，請收下這些作為補償吧。”
家康深知農夫每年納貢的痛苦。後來他就把人民分為四個等級，依次是：士（武士）、農（百姓）、工（工匠）、商（商人），將農夫提升到僅次於武士的地位。
因為途中受到信州上田城的真田昌幸、幸村父子的阻撓，從中山道走的秀忠在次月才趕上家康，家康聽了很生氣，斥道：“隻不過是受真田幹擾，就慢了這麼久，沒用的東西！”雖然家康表麵上斥責秀忠，但內心卻對真田父子極為惱怒。
快到大阪的時候，家康下令全軍暫停前進，因為他很擔心進大阪城後的事情，毛利輝元等人在那裏擁著秀賴，那些因恨石田三成而投靠自己的諸侯很可能在進城後就倒戈相向，因此，他先派使者去對秀賴母子說：“秀賴公年幼，澱君想必與此事無關，我對二位絕無任何懷疑，敬請放心。”
聽了家康的話，成天擔驚受怕的母子倆心裏的石頭才算落了地，於是也遣使到家康營中答謝。家康接著任命井伊直政、本多忠勝、黑田長政、池田輝政、福島正則、淺野幸長、藤堂高虎等人去向毛利輝元說明絕無廢除秀賴之意，因此請他退出大阪。毛利輝元見家康既已表明心跡，自己再沒有借口討伐家康，無奈隻得依言離開了大阪。
一行人便順利地進了大阪城。事情就這樣不費一兵一卒地解決了，家康深感欣慰。除了細川忠興的妻子卡拉夏，諸侯們的妻兒也大多平安無事。卡拉夏是一位基督教徒，她誓死也不做敵人的人質，最後自盡身亡。家康聽到這個消息，不住地向忠興致歉：“忠興，請原諒我！”
這時的石田三成化裝成樵夫四處逃亡，最終在北近江村被捕。西軍主要將領也已全部瓦解。
小西行長也在伊吹山麓被捕，安國寺惠瓊在京都的六條被捕。長束正家則逃回自己城裏自殺了。其他如島津義弘、長曾我部盛親都各自逃回本國，而宇喜多秀家則投靠島津到薩摩（鹿兒島縣）去了。
關原之戰改變了當時的政治格局，因為豐臣家其他各大老及奉行都是三成的黨羽，石田三成及其黨羽大勢已去，家康就成了唯一的執政者。
執政後的家康雷厲風行地下達了諸多命令。首先，戰爭結束不到一個月，他讓被捕的三成、行長、惠瓊，在大阪、堺、京都各市區內遊行示眾，然後於六條河畔斬首，並連同自殺的正家的首級，高懸在三條橋上。石田三成時年41歲。
接著，他又下達一連串的命令：
投降的上杉景勝削減俸祿90萬石，由會津發放到米澤（位於今山形縣）；毛利輝元的領地，由過去的八國改為周防、長門（位於今山口縣）兩國；佐竹義宜削減34萬石，由水戶（位於今茨城縣）發放到秋田；真田昌幸、幸村父子流放高野山內的九度山閉門思過。