巴克特裏亞是沙漠和綠洲的一個混合地帶，這裏住著遊牧民族和以農耕為主的民族。這裏農產豐富，而且也產砂金、銀子和紅寶石，同時以產名馬聞名。但是由於遊牧民族和農耕民族在生存方式等方麵的格格不入，時常引起爭端。農耕民族用泥土築成很高的圍牆，作為遊牧民族攻擊時的避難場地。當遊牧民族攻進來的時候，他們就帶著家畜一起躲在事先築好的城堡中。他們建有高塔，以便瞭望警戒。在這個地方隨處可以見到這一類的建築。可征服者亞曆山大不費吹灰之力就把它征服了。亞曆山大幾乎是在無抵抗的狀態下占領了巴克特裏亞的首都巴克特拉，並且控製了巴克特裏亞重要的據點，接著亞曆山大帶著勝利者的驕傲與自信揮師向北渡過歐克斯士河，繼續追捕貝蘇斯。
從巴克特拉到歐克斯士河畔是連綿80公裏的沙漠。19世紀末地理學家斯坦因曾越過這片沙漠的西邊，時值4月，他記錄下當時中午的溫度是63.5攝氏度，在下午兩點，沙的溫度是52.7攝氏度，這是人類無法適應的熱度，他的《中亞細亞探險談》一書中曾經記載過：感到整個沙漠就像會燃燒起來似的。而在早於斯坦因的2000多年前，亞曆山大的大軍便已經踏上了這片沙漠。
兩個月以前，亞曆山大的士兵們才剛剛越過了天寒地凍的興都庫什山，現在卻又進入了這片酷熱難耐的沙漠之中。一望無際的沙漠如同一片火海，在火焰般的烈日下，沙漠簡直要燃燒起來似的，白天行軍如同行走在烤爐上，地上的熱氣蒸發起像霧一樣的水蒸氣，使前進的道路看起來一片迷茫。士兵們熱得發昏，簡直像走進了地獄。不僅炎熱，這一片沙漠還異常幹燥，似乎能把一切自然界中的水分都吸收掉，包括人身體裏的水分，無論是人的口腔還是五髒六腑，仿佛所有器官裏的水分都會幹脫。最先是感到全身乏力，然後軟綿綿的，且精神渙散，站也站不穩，簡直連多走一步的氣力都沒有，整個人仿佛變成了人幹兒。經曆一番磨難考驗，亞曆山大的軍隊終於越過了炎熱的沙漠，到達歐克斯士河邊，這時候，整個隊伍已經變得非常淩亂而無秩序，指揮官很難控製士兵們的情緒。
在沙漠中，士兵們已經精疲力竭，糧食和飲水都很缺乏，通過沙漠之後，亞力山大讓士兵們休息一番，並加以補給。這次沙漠行軍亞力山大損失了不少將士，但是正史上卻沒有提到在沙漠中所曆經的種種苦難。
貝蘇斯知道亞曆山大即將抵達這裏，便叫手下把河上所有的船都付之一炬。亞曆山大到達的時候，隻好命令將士們將附近的樹木砍下來，造成獨木舟過河，或者將幹草縫在皮革裏麵做成浮筏，讓將士們分批乘著浮筏渡河。河的對岸又是一片荒涼的沙漠，隻有少數低垂的柳樹。亞曆山大不懼千難萬險越過冰封的雪山和炎熱的沙漠，而這時的貝蘇斯卻因為和自己的部下發生爭執，而被部下出賣，交給了亞曆山大。為了追擊貝蘇斯，經曆了那麼多的磨難，犧牲了那麼多將士，亞曆山大毫不猶豫地將他處死了。接著，亞曆山大繼續揮師北上。占領了馬拉罕達（今撒馬爾罕），他的大軍又繼續向東北推進，一直征服到耶克薩得斯河為止。
被征服的人雖然沒有反抗，但是他們的眼睛裏卻寫滿了敵意。當馬其頓的部隊出去尋找糧食的時候，遭到土著的襲擊；而北部的邊疆地區也出現了規模不小的叛亂。這些由當地居民所組成的遊擊隊勢力越來越大，最後竟集結了3萬多人群起抵抗亞曆山大。馬其頓軍隊不了解敵情，輕率地出兵，結果大多數的士兵都負傷而回，而亞曆山大本人也被敵人射成重傷，隻好暫時撤退。當東征軍再度把土著包圍之後，土著們仍然激烈地抵抗，有的人甚至從懸崖上跳下去，最後活捉了8000餘人，其中大部分都是婦女和兒童。