公元前332年，亞曆山大動員全體將士去搬運沙石，又從山中砍下許多木材，準備在海上建造一個工程浩大的堤防，使陸軍能夠順利地攻進島上去。太爾城的市民嘲弄亞曆山大此舉是愚公移山，他們向亞曆山大的軍隊發動火攻，燒毀了亞曆山大的攻城塔，而尚未建成的堤防也一夜之間被春季洶湧的海潮衝毀了。亞曆山大改變了策略，他將兩艘大船連接起來，上麵裝有攻城用的巨錘，不停地撞擊堅硬的城牆。太爾城市民頑強地抵抗，使盡了各種方法來對付亞曆山大。太爾城從城裏投出裝有鐵鉤的繩子，企圖將亞曆山大的攻城錘拉倒，他們又把灼熱的沙子倒在攻城兵士的身上，兵士們的皮膚被燙得起了水泡，疼痛使他們無法繼續攻城。到了後來，亞曆山大也感到疲憊不堪，甚至有那麼一陣子他幾乎有放棄的打算。經過七個月的圍攻，太爾城已經彈盡糧絕，無法繼續抵抗，他們一直盼望的波斯艦隊也遲遲沒有出現。正是焦頭爛額的時候，城池一處的牆壁被擊破，亞曆山大攻入城中。
太爾城戰爭的失敗使波斯王第二次向亞曆山大提出和解，這次除了有巨額的賠償金，還提出亞曆山大可以把波斯王的公主納為妃子，彼此締結友好同盟，同時，波斯王表示願意割讓領土。帕曼紐認為，現在這個局麵已經很令人滿意，是應該接受波斯王求和的時候了，他說：“假如我是亞曆山大，就會接受議和，我不希望再冒無謂的風險。”亞曆山大聽了這話，用挖苦的語氣嘲弄地說：“假如我是帕曼紐，我一定會接受的。”就在這個時候，大流士聽說他的王後死於難產，亞曆山大以王後之禮將她厚葬。國破家亡的打擊使大流士痛下決心，一定要一雪前恥。
亞曆山大沿地中海南下，到了最南端的卡薩時再次遇到了頑強的抵抗。卡薩自古以來就是非常繁榮的商業都市，以買賣香料為主，這兒有一位阿拉伯的傭兵將領非常頑抗，他占據著一處易守難攻的有利據點。亞曆山大再度使用攻擊太爾城的種種方法來進攻卡薩。亞曆山大還在附近山丘建築了一個和敵人城牆同樣高的軍事據點，並用攻城塔向對方進攻。同時，亞曆山大在通向敵人的地方挖掘了一條地道，希望使對方的城牆陷落損壞，這真是一項大規模的工程。不過這個方法最終有了效果，卡薩的守衛軍在激戰兩個月後終於投降了。
就這樣一路披荊斬棘，戰果累累，很快他們便到達了尼羅河三角洲。當地的埃及人十分憎恨波斯人的統治，當他們得知亞曆山大打敗了波斯，都熱烈地歡迎亞曆山大的到來，因此亞曆山大沒費一兵一卒就完全征服了埃及。
當年的波斯侵略者搗毀了許多埃及的神殿，並且屠殺了埃及人所尊敬的聖牛，把牛的肉拿來吃，埃及人對波斯人的憎恨程度可想而知。可是他們卻不得不懾服於波斯的淫威之下。與波斯對埃及人民的欺淩和奴役相比，亞曆山大的作風和當年的波斯王簡直有天壤之別，亞曆山大對埃及人的傳統和信仰非常尊重，因此埃及人對亞曆山大有著深深的感激，甚至把他看成將埃及人民從痛苦中解救出來的救世主。公元前331年，亞曆山大在三角洲的西岸發現了一個港口，他覺得這裏非常適合建設一個新興城市。他請來了當時一流的建築師，還參加了新城的規劃工作，並且指定廣場上神殿的位置，為這個新城付出了很多心血。最後他將這個新城市命名為“亞曆山大港”，這也是亞曆山大東征後歸國的時候在地中海沿岸留下的最大規模的建築群落。
完成了對埃及的占領，這次的東征也告一段落。一個接一個的勝利使亞曆山大的信心如權勢一樣越來越膨脹，這也使他變得更加獨裁。這一階段戰爭的最大成果就是亞曆山大對自己的肯定。伊蘇斯戰後，波斯王大流士對亞曆山大求和的時候亞曆山大就以“亞洲之王”自居，要求波斯王以臣子之禮來對他說話。在這兩年間，亞細亞沿岸的許多都市在波斯艦隊的煽動下都陸續叛亂，亞曆山大逮捕了不少親波斯的民眾。當時，亞曆山大準備讓哥林多同盟來判決，而他當初所提出的尊重自治的宣言現在卻被他的專製思想所取代，隨著自身實力的越來越大，他對身為哥林多同盟的盟主已不再有興趣了。
對新都市的建設和政治問題處理到一定階段之後，亞曆山大在公元前331年和他幾個好朋友到沙漠中去參觀阿蒙神殿，同行的還有一些使節。當他們進入了沙漠地帶之後，吹到臉上的熱風和漫天的黃沙使他們一行迷了路，到了最後，不但找不到水，連吃的東西也沒有了。正在絕望的時候，鳥和蛇成為他們神秘的引導者，經過了三個星期的摸索，他們終於找到了阿蒙神殿。這件事情給亞曆山大更增添一層神秘色彩，其動機令後人產生許多的揣測和遐想，甚至出現了許多誇大的解釋。一些人認為亞曆山大這次和朋友們深入沙漠自有其政治目的，那就是他必須和外交使節們界定好國界，進一步確定友好關係。而除了政治原因，亞曆山大此行會不會有其他目的呢？亞曆山大本人對未知的事情充滿了強烈的好奇心和難以壓製的衝動。這可能也是使他甘冒千辛萬苦而急於解答他內心問題的另一動力。在他的心中有一種強烈的神秘力量支持著他，使他充滿了自信，相信自己受神的恩旨而擁有不平凡的命運。他曆盡千辛萬苦到這麼荒僻的地方去參拜阿蒙神，可能是希望神給他答案，告訴他征服世界的可能性有多大，自己是否真是神的兒子，這些都希望能從神那裏求得答案。