據曆史記載，經李蓮英和李鴻章之手，為修清漪園，以各種名義挪用的海軍軍費多達2000多萬兩。李鴻章啞巴吃黃蓮苦不能言，到中日甲午海戰時，北洋艦隊隻有七艘象樣的艦船，所用經費隻有700多萬兩，僅是被挪用軍費的三分之一。中日之戰，中國的失敗於此也就可想而明了。而監修清漪園的李蓮英，夥同立山，私吞經費達60餘萬兩，並且偷工減料，借機修私第，京城內有好幾處“李宅”。就在李蓮英一夥借。損公”肥私高興日子裏，都察院左都禦史朱一新上折嚴參李蓮英，稱言天津檢閱，李中堂具舟以禮迎接醇王往海上閱兵，醇王推辭沒去，李蓮英乘舟前往，李中堂與將吏誤為醇王駕到，跪地相迎；如此冒充王公，僭越禮法之徒，應立置重典。
慈禧太後看過折子，召見醇王。醇王驚恐地說：“無此等之事。”慈禧惱怒的說：“打狗還得看主人，竟參到我頭上來了！這朱一新著實可惡，將其革職，永不敘用。”
光緒十五年(1889)正月，光緒帝舉行大婚。一應的準備工作，從上年就開始了，慈禧太後指名李蓮英為大婚的“專司傳辦”。這其中的用心在於利用職務之便，挪用戶部、內務府撥的“大婚專款”去修萬壽山和昆明湖。光緒大婚費用1000餘萬，其中400萬被李蓮英挪用給立山去修園。光緒十四年(1888)底，紫禁城太和門失火，言路認為是天象示以警誡，慈禧太後才有所收斂。修三海與清漪園、總司大婚，所貪錢財太多，盈滿之懼，時刻縈心，唯恐言路上再把矛頭指過來，因而也順水推舟說：“幾件大事擱在一起辦，是顯得花錢多了些。”慈禧太後知眾怒難犯，且也“寅畏天威”，特地讓立山縮小園子的工程範圍。到光緒十五年初，工程總算完工，修頤和園及三海，耗資總計4000萬兩，是當時清政府一年財政收入的二分之一，依照慈禧之意，改名為“頤和園”。
頤和園在京城西北郊，包括萬壽山、昆明湖兩大部分，占地4300多畝，原為乾隆所修，後毀於英法聯軍入侵。重修之後的頤和園，有三層樓高的大戲台，相對著平行於戲台的三間大屋，供慈禧看戲、休息、待客；還有供慈禧燒香敬神的大佛堂。在李蓮英建議下，園內拉了電線，裝了電燈，夜晚，更顯其金碧輝煌。慈禧太後在這年2月，正式宣布撤簾歸政，移住頤和園。
自從光緒親政之後，每日要到頤和園去向慈禧太後請安，常接到來自頤和園的懿旨，如某官某缺叫某某人去。日子一久，光緒也就為親政後仍受牽製而不快。召對這類官員時，他又發現是良莠不齊，其中內務府所屬的司員多，心中疑惑：這些人肯定走了門路，在宮內自然是經李蓮英之手，可宮外呢？李蓮英並不常回家，走門路的人不可能進宮去找李蓮英。
光緒皇帝終於發現，是西直門外白雲觀住持高峒元。這位曾為“皮硝李”相麵指點迷津的“指路人”，與得勢後的李蓮英義結金蘭，高居長，李稱之“大哥”。慈禧太後歸政後，頗感寂落，李蓮英請來高峒元講神仙故事。高峒元善言能辯又善窺人意，吹乎得慈禧太後如在雲端一般受用歡喜，遂封高為“總道教司”。於是，李、高聯手，內外勾結，賣官鬻爵，肆無忌憚。那些投機鑽營之徒，聞得風聲，高峒元的道觀裏成了論定缺位肥瘠與價碼的交易場地。
王銘是靠內務府發財的木廠掌櫃，想過一把官癮，便通過內務府的官員走了高峒元的路子，送給高峒元12萬兩銀子，高自留3萬，其餘存在李蓮英的帳上。光緒帝在照例召見外放官員時，被目不識丁的玉銘驚呆了，更被李蓮英、高峒元通過太後而賣官的做法激怒了，下旨軍機處撤銷原議。這既違背了慈禧太後的懿旨，也使李蓮英極為難堪。高峒元對李蓮英說：“兄弟，咱們的飯碗長不了啦，兩三年之後，就是人家的天下。”
李蓮英忙說：“你是說景仁宮？她成不了氣候，內裏有我呢。”李蓮英所說的“景仁宮”，是指光緒寵愛的珍妃。光緒選後時，頗中意江西巡撫德馨的長女，慈禧太後卻強令光緒選自己娘家的侄女；為保侄女日後地位，又替光緒選了侍郎長敘的一對女兒封為瑾妃、珍妃。聰明伶俐、天真活潑的珍妃，給心靈孤寂的光緒帶來歡樂的氣息。大婚之後，光緒常留宿於珍妃居住的景仁宮。