武宗朱厚照皇帝無意殺劉瑾，張永也沒有想要致劉瑾於死地。劉瑾被捕以後，仍然窺測皇帝的心理，企圖挽回危局。劉瑾裝出一副可憐巴巴的樣子給朱厚照皇帝遞了白條子，哀訴自己被捕時赤身被縛，無衣弊體，乞求皇上開恩給他幾件舊衣服。武宗朱厚照心軟了，立即賜劉瑾舊衣百件。張永知道此事後，萬分恐慌，他擔心劉瑾會東山再起卷土重來。為此張永立誌決心將劉瑾處死。
禦史寧杲也上奏朱厚照皇帝說：“劉瑾係內官重臣，朝廷柱石，切不可隻憑流言定罪，故請陛下派人去劉府查抄，拿到確鑿證據方可定罪。”張永極力說服武宗朱厚照皇帝親自去劉瑾府第看一看，以免冤枉“好人”。
武宗朱厚照在臣僚們的鼓動下親自帶領錦衣校尉擺駕劉府，查看劉瑾叛逆的罪證。結果武宗朱厚照皇帝看到的查抄清單是：
黃金二十四萬錠又五萬七千八百兩；白銀五百萬錠又一百五十八萬三千六百兩；寶石二鬥；金甲二副；金鉤三千副；八爪金龍袍四件，蟒衣四百七十件；奇珍寶玩，無計其數……
武宗朱厚照親眼看到了搜出的私製皇帝玉璽一顆及各種違禁品，尤其是看到劉瑾經常手持的扇子中還密藏著兩把鋒利的匕首時，勃然大怒：“劉瑾這狗奴才，果然要造反！”立即下令將劉瑾關進監獄，三堂會審。
嚴懲審訊劉瑾在午門外進行，文武百官陪審。由刑部和錦衣衛監行。但當時滿朝文武都對劉瑾心有餘悸，大多數官員出自劉瑾門下，居然不敢抬頭審問他。刑部尚書劉璟因害怕劉瑾竟不敢說一句話。旁列的眾公卿也無一人敢上前問訊。隻有駙馬蔡震站起來，大聲斥責劉瑾：“我是國戚，並非出你門下，有資格審你？”
蔡震按慣例命錦衣衛士將劉瑾先棍杖四十。衛士們齊聲響應。四十棍打得不同一般，五棍為一組，一組一換人，共換八人；每組打的部位也不在一處，第一組棍打前胸，第二組棍打後背，第三組打膝蓋，第四組打雙腿……四十棍打完後，劉瑾仍然虎不失威，他低頭片刻後抬頭張望四周說：“在座的滿朝大小官員都是我提拔的，請你們不要忘記我的恩德！”一聽此話，蔡震怒斥道：“朝廷用人，怎麼能說是你起用的？掌嘴！”錦衣衛士掌嘴二十，血順著劉瑾的嘴角流下來。接著蔡震問，劉瑾答。經過拷打問訊後，劉瑾才供認對製造穿甲、宮牌、禦寶及各種違禁之物。
審判結束後，武宗朱厚照下令將劉瑾千刀萬剮，淩遲三日，砍下頭顱示眾。並將劉瑾的供狀和判決書、處死劉瑾的圖形張貼全國各地，以儆效尤。處死劉瑾的消息傳開後，各地百姓奔走相告，拍手稱快。京城官民更是人心沸騰，紛紛前去圍觀法場。凡是受到劉瑾迫害的官員親屬也都趕到京師觀看劉瑾受刑。按大明刑法，劉瑾當受3357刀。刀斧手行刑每十刀一歇一吆喝。剮下的肉片如指甲蓋那般大小。下刀是從胸膛前後左右部位開始的。初動刀時，還有鮮血流出，流下一寸多長，後來就沒有血往外流了。頭一天共剮357刀，但劉瑾還沒有死，晚上被關進順天府宛平監獄，還喝了兩碗稀粥。第二天，繼續行刑。因頭一天劉瑾嘴裏老是念叨宮內之事，就用麻布塞住他嘴。數十刀後，就絕氣了。此時，太陽剛剛升起，同監斬禦史奏明朝廷，劉瑾已死；刀爺手又奉旨將劉瑾碎屍萬段，先剁去四肢，再梟首，最後開腸剮肚。刀斧手當胸一斧，胸膛開裂。原來被劉瑾殺害的人家，爭取其肉，以祭亡靈；還有人用錢買下從劉瑾身上剮下的肉，祭祀冤魂；甚至有人生吃劉瑾的肉以泄憤怒……
劉瑾被處死後，其重要族人、逆黨都被殺死。張彩死在獄中，屍體被亂刀砍得粉碎。狐群狗黨中的內閣大臣焦芳、劉宇、曹元以下，尚書畢亨、朱恩等60餘人分別被降職或流放。
武宗朱厚照又按朝臣的建議，下令將劉瑾變更的製度改正過來。後來在新進士柴奇的建議下，將抄劉瑾全部家財作為修理白茆塘和瓦浦的水利工程費用。
翻開大明朝的曆史，縱觀明武宗朱厚照時期社會上曾流傳著朝廷裏，有兩個皇帝一個姓朱，是“坐的皇帝”，一個姓劉，是“立地皇帝”，從事實來解剖作見證。
劉瑾是明武宗朱厚照正德初年的司禮監太監。他與穀大用等七人結為“八虎”，擅權自用，操縱朝綱。又在東、西廠外設內行廠，緝拿官民，氣焰衝天；殘酷地鎮壓異己，結納私黨，迫害百官；又大量侵奪民產，大興土木，搞得天下民怨沸騰。甚至聽信術士妄言，企圖篡奪皇位。陰謀敗露後被明武宗朱厚照腰斬於市，落了個千刀萬剮的。