為了遏製奢侈之風，嘉慶身體力行，帶頭倡導節儉。他把乾隆巡遊地方時各地官員修建的許多行宮給作價賣掉，剩下的也不許刻意修飾。嘉慶在公元1809年巡幸五台山之前，曾向地方官員打了招呼，要求在途中不得大肆鋪陳，務必追求儉樸。
嘉慶帝在整頓吏治方麵花費了很大的力氣，長期以來，腐敗墮落的吏治一直殃國害民，為害匪淺。他曾專門撰寫了《義利辨》、《勤政愛民論》等文章，頒示給群臣。還對貪官采取了嚴厲的懲治措施。嘉慶曾將經管湖北的軍需供應而虧空銀兩20多萬的湖北襄陽道員胡齊侖判處極刑；將謊報縣裏戶口，侵吞大量賑災銀兩，並毒死了要揭發其罪行的查賑官員李毓昌的江蘇淮安府知縣王伸漢和與之狼狽為奸，掩飾劣跡的知府王毅兩人處死；將因為貪婪卑汙的總管內務大臣廣頭、巡漕禦史英綸先後處以絞刑；將造假印、寫假條，從戶部冒領了數10萬兩白銀非工部書吏王書常處死，有關大員祿康、費淳等人也遭到降黜。
在大力懲治貪官的同時，嘉慶也破格提拔和重用了一批為官清廉、勤勉稱職的官員。其中四川南充知縣劉清就是受到嘉慶青昧的一位。嘉慶在審訊被俘的白蓮教起義軍首領王三槐時，得知劉清居官很得人心，百姓稱之為“劉青天”。在對劉清考察了一番之後，嘉慶決定將他提拔任用。劉清後來曆任四川建昌道員，山西布政使等要職，並在鎮壓四川白蓮教起義的過程中發揮了不小的作用。
但是，嘉定懲治腐敗與整頓吏治還是不夠徹底。他的性格偏軟，對曾多次姑息寬容了部分貪官汙吏。因此，吏治腐敗墮落的局麵並沒有多少改觀。
嘉慶在當政的20多年裏，對自己的要求是非常嚴格的。他每天都要孜孜不倦地處理繁多的政務，從不懈怠。
嘉慶在把精力用於整頓吏治的同時，也不得不麵對不斷發生的農民起義，其中最大也是最有影響力的便是在川、楚、陝爆發的白蓮教起義。就在嘉慶即位的當年(公元1795年)，這場起義便爆發了。
白蓮教的教義宣傳世界上存在著明、暗兩種對立的因素，它們分別代表善良、合理和罪惡、不合理，兩種因素一直進行鬥爭，但最終光明一定會戰勝黑暗。白蓮教的教徒自認是“無生老母”的兒女，應當同生死，共患難。災難深重的貧苦百姓，為了尋找精神上的寄托，紛紛加入了白蓮教。與現實相聯係，白蓮教徒們提出了“清朝已盡”、“日月複來屬大明”等口號。清政府發現白蓮教的發展對自己的統治構成了威脅，下令嚴拿白蓮教徒，地方上的貪官汙吏趁機掀起了一股敲詐勒索百姓的歪風。經常以搜捕白蓮教為名，肆意搜刮民財，還暴虐貪橫，殘害百姓。對人稍有懷疑，就動用酷刑，將人釘在牆壁上，或者用鐵錘猛敲身體，令人肝膽欲裂，痛不欲生。
白蓮教起義爆發後，嘉慶帝花費了10年時間，才把起義徹底鎮壓下去，但清政府耗費了2億白銀用作軍餉，嚴重地動搖了清朝的統治基礎。從此，清王朝陷入了武力削弱、財政窘迫的尷尬境地。之後，嘉慶帝又花費了大量人力物力和財力，投入到鎮壓天理教起義的戰爭中去。天理教起義後，還曾潛入北京，在內線太監的引導下闖入宮中，然後到處砍殺，直到今天，隆宗門的匾額上還留有當年農民起義軍射上去的一個箭鏃。後來勢單力薄的起義軍被聞訊前來的官軍包圍，經過一番苦戰後，大部分英勇犧牲，正在承德避暑山莊的嘉慶得知後，立即下令對起義軍進行血腥鎮壓。
就在嘉慶帝被國內的農民起義搞得焦頭爛額的時候，他所統治的這個泱泱大國已經成為西方殖民者覬覦的重要目標，英國艦隊就曾在澳門和廣東口岸出沒，並曾登上黃埔，英國士兵和水手還進駐廣州13個行商館。麵對英國人如此囂張的行動，嘉慶表現出強硬的態度，對這些人不惜動用武力。後來英國殖民者不得不遣使到中國談判，結果又發生了令人啼笑皆非的阿美士德使團事件。公元1816年，英國遣阿美士德等人，帶著一些外交、商務上的要求來到北京，要求朝見嘉慶，嘉慶允諾予以接見，但就在接見之前清朝官員與阿美士德等人在朝見禮節上發生了爭執。清朝官員把阿美士德使團當作貢使對待，而英國人堅持不行三跪九叩大禮，雙方形成了僵局。嘉慶也十分生氣，下令把英國使節立即遣送回國，負責接待的一班大臣也被嚴加議處。
這時，鴉片已開始進入中國。西方殖民者為了扭轉在對華貿易中的不利地位，贏得巨額利潤，開始不擇手段地將大批鴉片運進中國。鴉片的大量輸入使中國國內財政、軍事、人民生活等方麵都受到嚴重損害，嘉慶對此認識得相當清醒，采取了多種戒煙措施。嚴禁外國貨船夾帶鴉片，嚴厲打擊鴉片販子。
對於西方傳教士在華的活動，嘉慶也予以多方限製。對傳教士進行驅逐的同時，還下令銷毀了一批西方傳教士的經卷，懲處了對西方傳教士約束不嚴的內務府大臣。