“狡兔死，走狗烹”。自胡惟庸案後，朱元璋便乘機大開殺戒，屠殺為朱元璋建立明朝立下汗馬功勞的功臣。
開國大將、涼國公藍玉，被錦衣衛告發謀反。朱元璋立即將其捕殺，並抄斬三族。凡與藍玉有接觸的朝臣，列侯均以朋黨為由族滅。藍玉案先後誅殺15000多人，把軍隊中功高位顯的元勳宿將，幾乎一網打盡。
除胡惟庸、藍玉兩案外，所剩無幾的功臣也先後被以各種罪、鞭死或砍頭。徐達，是朱元璋小時候的玩伴之一，在逐鹿中原，消滅元朝軍隊的戰鬥中屢立戰功。開國後，徐達小心翼翼地對待朱元璋這個玩伴，並將手中大權一並交出，以求保命。朱元璋雖沒有殺他，但趁他生最忌吃蒸鵝的背疽時，偏偏賜蒸鵝給他吃。徐達知道皇帝是在要自己的命，隻好含著淚水，當著使臣的麵吃下了蒸鵝。沒有幾天，徐達就辛酸地離開了人世。功臣馮勝、傅友德、廖永忠、朱亮祖等也因失寵，先後被處死。隻有湯和這個和朱元璋同村長大的放牛娃，主動吏出兵權，告老還鄉，從此閉口不談國事，才保住了終身。
朱元璋這種殺功臣立威，以猛治國的策略，自己雖然沒有公開，阡悔過，但在他臨終前，還是下令後人不準學習他這種做法。
公元1398年，朱元璋病逝，享年71歲。
惠帝朱允炆
(公元1377年～公元1402年)
在位時間：公元1398年～公元1402年
曾用年號：建文
諡號：無
廟號：惠帝
安葬地：北京西山
公元1377年，太子朱標的第二子朱允炆出生。
公元1398年，在祖父朱元璋去世後，朱允炆登上皇位，是為惠帝。
公元1399年，燕王朱棣起兵反叛。
公元1402年，朱棣的軍隊攻破南京，朱允炆自焚而死。(此乃一家之說)
朱元璋的長子朱標，當了25年的太子後，突然病死。其長子朱英早在父親之前就已死去，因而，身為朱標第二子的朱允炆便有機會成為明朝第二代皇儲。而在朱元璋的眾多子孫中，能與朱允競爭皇儲的，隻有他的四叔朱棣。
朱元璋很喜歡他這個四子朱棣，曾想在朱標死後將其立為太子。可是，朱元璋剛把這個想法說出來，就遭到眾臣的一致反對，朱元璋無奈，隻得決定立朱允炆為皇太孫，朱棣為此非常氣憤。
公元1398年夏，朱元璋病逝。22歲的皇太孫朱允炆即位，是為明惠帝。在聽說父親朱元璋的死訊後，朱棣立即南下，想最後看一眼疼愛自己的父親。但朱元璋臨死前曾留有遺詔，令諸王鎮守封國，不得來京。朱允聽說朱棣南下後，立即派人阻攔，促令他返回燕京。朱棣本來就對未能成為太子而憤憤不平，現在又遭阻攔，最後都不能望父皇一眼以盡孝心，更是懷恨在心。
朱元璋把自己的兒子分封到各地，本來是想加強皇權，但手握重兵的諸王都把新立的皇帝侄兒朱允炆不滿，對帝位虎視眈眈。朱允對此深感不安，經過一番深思熟慮後，他接受了一些親信大臣的意見，決定削藩，以加強中央皇權，並於心腹大臣秘密策劃削藩事宜。但此事很快泄漏，削藩的流言很快傳遍京師內外。朱棣聞訊後，立即上書稱病，暗地裏私製兵器，招兵買馬，企圖以武力奪取皇權。
朱棣的行動，也很快被朱允炆獲悉，於是再度與心腹大臣密謀。針對朱棣蓄謀已久，在諸王中實力又最強盛，朱允炆君臣決定先削周、齊等弱藩，先孤立朱棣，最後再廢黜朱棣。同時，為了防止朱棣起兵南下，先後命令謝貴、張信、宋忠、耿王獻等人屯兵北平四周，形成包圍之勢。
部署完畢後，朱允炆便於公元1398年秋開始削藩行動。首先削除的，是位於開封的周王。朱允炆密令士兵奇襲開封，捕獲周王及妃嬪等人，押回京後，將其廢為平民，貶至雲南。後又召回囚禁。公元1399年初，朱允炆借口有人告發岷王、湘王違法，下令將岷王廢為庶人，而湘王則全家自焚而死。接著齊王被削為平民，代王被囚禁。
連廢五王後，朱允炆便把矛頭指向來棣。這次是以朱棣兒子高煦擅殺吏民為借口，並將燕王府官吏於諒、周鐸在京城捕殺。朱棣見勢不妙，便假裝自己已瘋，以減輕建文帝的戒心，表示自己無力爭位。
朱允炆的親信大臣謝貴等雖相信朱棣的瘋病，但朱允炆已下詔，密令謝貴和北平都指揮張信裏應外合，逮捕朱棣。結果張信向朱棣告密，朱棣遂計殺謝貴等人，於公元1399年秋起兵造反。為出師有名，朱棣指責和朱允一起策劃削藩事宜的齊泰、黃子澄二人是奸臣，以清君側為借口。自稱舉兵為“靖難”。這就是曆史上著名的“靖難之役”。
朱棣起兵後，朱允炆並沒有正確認識到朱棣的實力，因而雄心勃勃地先祭告太廟，削去朱棣屬籍，廢為庶人，然後命耿炳文率軍討伐，結果耿炳文率領號稱30萬、實際上隻有13萬的人馬出征後，便有去無回。
朱允炆采納齊泰、黃子澄的建議，派李景隆率50萬人馬出征。結果朱棣誘敵深入，將李景隆誘到北平擊潰。李景隆兵敗的消息傳來，黃子澄害怕承擔誤薦之責，於是將消息封鎖，並向朱允炆撒謊說，李景隆在北平獲勝，但囚天寒難以用兵所以，暫退德州，等明年春天再戰。