他成立了一個專門保衛自己的侍衛隊，然後設立了很多分管各種事務的專門機構，並將自己的心腹任命為這些機構的負責人，完全控製了這支部隊。通過這套製度，鐵木真很快造就了一支十分強大的軍隊。
鐵木真還在運用各種機會，讚揚將士們征戰、殺掠的行為，以便使全部落都把這些行為看成是最受人尊敬的美德。在部落輿論的影響下，鐵木真掌握了一支最精銳的快速鐵騎，擁有一批英勇善戰的將帥和指揮官，這支部隊具有嚴格的組織紀律性，將士們個個馬術精湛，戰技高超，能夠吃苦耐勞，敢於衝鋒陷陣。鐵木真還製定並實施嚴格的紀律和製度，以便使他們更適合於大兵團活動，從而為統一蒙古奠定了基礎。
新建立的以鐵木真為首領的乞顏氏政權日益繁榮起來，鐵木真的好友劄木合無法容忍一個新的強大勢力的出現，便伺機要鏟除鐵木真。恰好劄木合的弟弟因搶掠鐵木真家臣的馬群被射殺，於是劄木合便借機發動了十三翼之戰。這是鐵木真統一分貴賤，皆不得免。凡15歲至70歲的男子都要服兵役，隨時根據命令自備馬匹、兵仗、糧草，由本管千戶長率領出征。“上馬則準備戰鬥，下馬則屯聚收養”。蒙古政體己轉變為封建的領主分封製。
成吉思汗任命親信大臣木華黎為左軍萬戶，命他管轄蒙古東部直到大興安嶺廣大地區的所有千戶。博爾術為右軍萬戶，管轄蒙古西部直到阿爾泰山地區的所有千戶。納牙阿為中軍萬戶，統領全部護衛軍。萬戶、千戶、百戶等各個等級之長，都是世襲的，但如果不稱職或不忠於成吉思汗，就會另換他人。他們這些官吏是蒙古大國帝王的臣仆，也是高踞於普通牧民頭上的統治階級。成吉思汗就通過這樣一套機構，利用這些官吏來管理他的大蒙古國。
蒙古國的最高統治集團是成吉思汗的“黃金家族”，全蒙古百姓都是他們的臣民。按照分配家產的體例，成吉思汗將百姓分配給諸子、諸弟。千戶製度是成吉思汗防止舊貴族複辟的重要措施。任何千戶長，不管地位多麼尊崇，都是皇室的臣仆。那顏階級是成吉思汗“黃金家族”統治人民的支柱。
為確保至高無上的汗權，成吉思汗建立了一支更強大的由大汗直接控製的常備武裝~~親衛軍。親衛軍是一支國家常備軍隊，也是皇家的忠實衛隊。成吉思汗很清楚建立一支精悍的、忠實於自己的親衛軍，對於保存和發展自己的勢力具有非常重要的作用。成吉思汗以自己的獨特方式，樹立起了皇權的威嚴。成吉思汗規定了嚴格的護衛輪流值班製度。成吉思汗令其最親信的四傑博爾忽、博爾術、木華黎、赤老溫四家世襲擔任四個護衛之長，地位居於千戶那顏之上，擔任著中央政府的職能。他們還常作為使者出外傳達旨意，處理重大事務。其調任外官，多擔任重要職務。因此，充任衛士成為那顏階級做官的最便捷的途徑。由於這些兵士又都是各千戶、萬戶、百戶長的子孫，成吉思汗把他們控製在自己身邊，同時也是為了控製住各級官吏。親衛軍成為成吉思汗整個大蒙古國軍事力量的核心，是自己對外征戰時最精銳、最可靠的中軍，
成吉思汗建國以前，蒙古人還沒有文字，靠結蘋為記或刻木記事。成吉思汗在消滅乃蠻部落之後，起用了乃蠻可汗掌管印章的精通本國文字的畏吾兒人塔塔統阿，塔塔統阿用畏吾兒文的字母來拚寫蒙古語，創造了蒙古文字。成吉思汗命令全蒙古貴族的子弟都要向他學習文字，並用它發布命令，登記戶口，編集成文法(大劄散)，記錄所辦案件等，成為加強統治的重要輔助手段：
公元1206年，成吉思汗任命其養子失吉忽禿忽為大斷事官，大斷事官實際上是蒙古國的最高行政官，相當於漢族官製中的丞相，又命失吉忽禿忽審斷刑獄詞訟，負責懲治盜賊，察明詐偽，施以刑法。
在蒙古國這些政權機構的建設過程中，成吉思汗表現出非凡的組織才能和政治謀略：構建了蒙古帝國的基本骨架，為他在更大範圍內進行擴張戰爭奠定了基礎。
統一蒙古後，征服鄰國就成為成吉思汗的主要目的。黨項貴族建立的西夏政權成為蒙古人征服的第一個目標，這不僅出於掠取大量財富的考慮，更重要的還有戰略上的原因。成吉思汗早巳謀劃著進攻全國，但金當時無論從政治、經濟、軍事等方麵，都要比西夏更強大，西夏經常要向金朝納貢稱臣：如果先取金國，西夏很可能在全國的指使下，從西側攻擊蒙古軍。為免除西夏可能構成的側麵威脅，成吉思汗經過再三考慮，力排眾異，決定首先攻擊西夏。
公元1205年春，成吉思汗滅乃蠻後率軍第一次侵入西夏，攻破邊境城堡力吉裏寨，毀其牆壘。但此次主要的目的是掠奪財富。公元1207年秋天，成吉思汗借口西夏不願納貢稱臣，第二次侵入西夏，很快就占領了兀剌海城，搶奪了大批人口和駱駝、羊馬，西夏彙集右廂諸路軍抵抗，蒙古軍不敢深入，於次年春天退回。成吉思汗的這次進軍僅僅是一次實力偵察，為大規模的進攻西夏，熟悉地理環境收集情報。經過兩年的周密籌劃，成吉思汗在1209年春天才真正開始對西夏進行大規模進攻。