然而，即位後的趙構早就決定南逃。李綱非常反對，於是對趙構說：“自古以來，中興的帝王都是起於西北，立足中原，控製東南。這大概是天下精兵健馬都在西北的緣故。如果陛下堅持前往東南，將會使中原的抗金將士大失所望，今後要收複北方失地就更加困難了。”但趙構不顧李綱等人的反對，堅持南下。在此之前，抗金將領嶽飛上書趙構，指責黃潛善、汪伯彥奸臣誤國，使中原軍民大失所望，建議趙構乘金人在北方立足未穩之機，親率大軍收複失地。結果嶽飛被削職。麵對這樣的皇帝，這樣的朝廷，不能有所作為的李綱隻得選擇辭職，趙構也順水推舟，貶李綱為觀文殿大學士。
就在趙構決意南逃的時候，北方軍民的抗金鬥爭如火如荼。抗金老將宗澤任東京留守兼開封府尹，積極與全軍展開鬥爭，黃淮地區還有紅巾軍、八字軍等著名的義軍頻繁地活動，積極抗金。金見中原抗金力量日漸擴大，於是決定再次用兵。而趙構卻乘船離開應天府，向南逃去。京師軍民聞此消息，相聚啼哭，深知恢複無望了。
公元1128年春天，趙構到達揚州，隨後在此安頓下來，開始過起了醉生夢死的生活，全然不管當時金兵的大舉南侵。公元1129年農曆二月，金軍逼近揚州，嚇得趙構趕緊騎馬而逃，向臨安(今杭州市)逃去。途中，經朝野上下的聲討，趙構迫於壓力，不得不“忍痛割愛”，罷免黃潛善、汪伯彥兩大奸臣。不久，宋軍在陳彥的率領下，渡江打敗金軍，收複了揚州，趙構的小朝廷才在杭州暫時安頓下來。
為了順應朝野上下的輿情，趙構從杭州北進江寧府(今江蘇南京)，並改江寧為建康府，作出把行都設在建康的姿態。同年六月，金以皇帝四子兀術為統帥，再次舉兵南下，準備捉拿趙構，消滅趙氏王朝。
早已決定將都城遷到杭州的趙構嚇得又從建康逃回臨安。途中聽說臨安失陷，被嚇得逃到海上呆了好長一段時間，直到金兵退走，趙構才結束海上朝廷的生涯，返回大陸。直到公元1132年，趙構的南宋朝廷才重回臨安。
金兵剛退，趙構又想乞和，便與秦檜勾結起來，加緊進行對金的議和活動。金兵一旦南下，趙構又不得不在全國人民同仇敵愾的抗戰聲中假惺惺地宣布抵抗。但隻要金兵退走，趙構又恢複他投降派的本色，為了向金搖尾乞憐，甚至不惜令秦檜以“莫須有”的罪名將抗金名將嶽父父子殺害。
嶽飛，字鵬舉，相州湯陰(今河南湯陰縣)人。早在趙構在相州組建大元帥府，招兵買馬之時，嶽飛便加人了趙構的勤王隊伍。年輕的嶽飛曾因越職上書反對南進而受到革職處分；因率部擅自行動而險遭軍法處決。公元1129年7月，麵對金軍的大舉進攻，留在北方的宋軍在杜充率領下南撒，屯駐建康，防守長江。同年10月，金軍兵分兩路，開始侵入江南。宋軍的江防戰線頃刻間便被金軍突破，杜充叛降。嶽飛則率部脫離杜充，自成一軍，在江南堅持抗金鬥爭，並在抗金鬥爭中逐漸建立起了一支以英勇善戰、紀律嚴明著稱的嶽家軍。公元1137年11月，金王朝廢掉了劉豫偽政權，並開始以議和的形式向南宋王朝發起了政治攻勢。
嶽飛聞知劉豫被廢，立即上奏朝廷，請求趁機北伐，收複中原。然而，當時的朝廷對立足東南已有了相當信心，趙構想學趙匡胤，搞第二次收兵權，先安內而後攘外。現在劉豫被廢，與金議和的主要障礙已不複存在，隻要趙構自己向金屈膝而跪，便可以得到朝思暮想的議和。因此，他對嶽飛的北伐請求不僅不屑一顧，而且深恨不已。但是，趙構也知道屈膝求和是不得人心的，盡管他決心力排眾議，決計求和，但擁有重兵的韓世忠、嶽飛、張浚的態度也不能不令他擔心。於是他下令召見三大將，以便做些說服工作。張俊投其所好，表示堅決支持議和，韓世忠則堅決反對。公元1139年，宋金第一次紹興議和成功，趙構、秦檜等人彈冠相慶，欣喜若狂。但隨後金於公元1140年夏撕毀和約，分四路南下攻宋。當金軍南下的消息傳到臨安，趙構從苟且偷生的夢中驚醒，裝出一副主戰的樣子。匆忙調兵遣將，進行抵抗。他下令嶽飛從襄陽出擊，牽製向淮南及陝西進攻的金兵，並恢複京師汴梁。
嶽飛奉命出師北進，先後攻下了潁昌(今河南許呂市東)、蔡州(今河南汝縣南)、洛陽等地。接著，他親自率領50000輕騎駐紮在團城(今屬河南)，與兀術帶領金軍最精銳的拐子馬決戰。嶽飛指揮將士持刀躍入敵陣，上砍敵人，下砍馬足，大敗金兵，取得了有名的郾城大捷。金軍在郾城之戰後，被嶽飛部隊的威風嚇破了膽，以至發出了“撼山易，撼嶽家軍難”的哀歎。
隨後，嶽飛揮師直撲開封。在開封城西南的朱仙鎮，屯集在這裏的十萬金軍一觸即潰，完全喪失了進行戰役會戰的勇氣和能力。然而也就在此時，秦檜知道嶽飛不肯從抗金前線撤兵，就先命令張浚、楊沂中等抗金將領率先撤退，然後以“孤軍不可久留’’為借口，請求趙構給嶽飛下達班師的命令。趙構竟每天連下十二道金牌，勒令嶽家軍立即退兵。嶽飛接到班師的命令，心中異常悲憤。他流著眼淚說：“十年之功，廢於一旦。”可他又不敢違令，隻好忍痛南撤。