張之洞覺得事情蹊蹺，曾致信李鴻藻：“此事實出非常，殮奠一事，翰林院一向是派人輪班前往的，但至今未見知會一聲，也沒聽說到底是派了誰去？”並請教李鴻藻，“現在是應靜候呢？還是應徑直前往呢？即使翰林院沒有被派，應當沒有大礙吧？敬請指示，不甚感激。”張之洞對慈安逝世後的殮奠的反常跡象也不知如何是好，所以寫信求教李鴻藻。事過多年，榮祿才透露了殮奠的秘密。當時榮祿任內務府大臣，慈禧避開了那些好“遇事生風”的翰林院，派榮祿親自前往殮含，並諭示榮祿：“爾等詳細視殮，勿令人有疑辭。”榮祿聽慈禧這麼一說，反倒膽戰心驚，殮奠時，未敢多看一眼，趕緊殮畢退下了。慈禧這種欲蓋彌彰的做法更顯示了背後藏有不可告人的隱密。
慈安喪葬事，慈禧令減殺禮儀。據翁同龢的日記記載，慈安的梓宮是用的楠木，但卻是由厚度不過一寸七、八分的多塊木頭拚成，這與慈安正宮的地位是不相符的。慈禧修園、自我享樂那麼舍得花銀子，對已作別人世的慈安卻如此地苛刻，不知居心何在。在諡號問題上，慈禧又一反曆代皇後所上諡法的規則，欲以“欽”字居首，以否定慈安的正宮地位。後翁同龢等人極力抗爭，說：“貞者，正也。此乃先帝所命也”，且穆宗同治帝尊崇慈安二字，天下人對此也熟聞，諡號中必須用“貞”、“安”二字。最終，在堅持下，慈安才得諡號“孝貞慈安裕慶和敬儀天祚聖顯皇後”。
至慈安崩逝，慈禧也不放過與她在地位上的爭奪，慈禧對慈安的仇視之心可見一斑。雖沒有確鑿的證據證明慈安就是慈禧所殺，但多方麵事實反映，慈禧難脫幹係。
慈安之死，對慈禧、奕訢均有影響。對慈禧來講，慈安的死為其專權掃清了道路。盡管慈安生前清心寡欲，極少參與政治，不像慈禧那樣有謀略和魄力，然而慈安的存在本身，對慈禧的專權就是一股巨大的威懾力量。有慈安在，慈禧就不敢那麼明目張膽、恣意妄為。慈安一死，政權盡歸西宮，慈禧可以惟己獨尊、專執國政而無所忌憚。從此兩宮垂簾局麵變為一宮獨尊，光緒帝還未成人，慈禧大權獨攬，人們尊稱她為“老佛爺”，慈禧開始成為名副其實的清王朝的最高統治者，奕訢的勢力也就更加削弱了。
慈安的死，無疑使奕訢在最高統治集團中少了一個可以依靠的力量。多年來，慈安和奕訢與慈禧之間均有矛盾，奕訢多以“嫡庶之分”為由，通過支持慈安壓製慈禧的囂張氣焰，慈安也多倚重和信任奕訢，無形之中，奕訢和慈安形成一種聯合力量，來共同對付慈禧。如鹹豐陵前的席次之爭，誅殺安德海等等。慈禧感到勢單力薄，也在努力培植自己的勢力。如在內務府、軍機處相繼安排進自己的人或者是牽製奕訢勢力的人。慈安在時，盡管奕訢曾屢受打擊，但因慈安的倚重，他依然能保住軍機處的位子、執掌軍機處大權；慈安一死，形勢大變，慈禧不再受約束，同時由於自己的黨羽勢力大增，她對奕訢也就不再顧忌了。
慈安的死，使慈禧位及最尊，慈禧培植的勢力也隨之抬頭，奕訢派勢力則相應遭到壓製。清議派攻擊他的改革，七弟奕譞也攻擊他崇洋媚外，這兩種力量的抬頭，使奕訢日益陷入孤立的境地。
七弟醇親王奕譞早就想奪取奕訢手中的大權，這可以追溯到同治年間。當時兩兄弟就因政見不同而不合，奕譞思想保守固執，對奕訢重用漢人、提倡向西方學習，表示不讚成。他曾向慈禧上折，“請擯除一切奇技淫巧，洋人器用”。對奕訢“外敦信睦，隱示羈縻”的外交政策，奕譞尤其表示反對，在1870年天津教案的處理上與奕訢發生過激烈的爭執，嚴厲指責和全盤否定奕訢的對外政策。1870年和1873年，奕譞曾兩次密奏慈禧和親政後的同治帝，兩折的意思分別為請求剝奪奕訢掌管的外交大權和表示對奕訢掌管軍機處中樞大權不滿。奕訢上奏抗辯，此事作罷，但恭親王和醇親王兩人因此隔閡日深。同治帝死後，光緒帝繼位，醇親王以太上之尊，依靠慈禧支持任用私人，結黨結派，勢力逐漸蓋過了奕訢。
慈安死後的一段時間，鑒於恭親王的諳練老成，長於外交，慈禧並沒有馬上逐他出軍機處。至1884年，中法戰爭爆發，清軍節節敗退，慈禧才算找到了一個恰當的借口，以奕訢為替罪羊，與奕譞合力，罷免了奕訢的一切職務，取得了雙方多年來矛盾鬥爭的決定性勝利。從此，奕譞取代奕訢，活躍於晚清的政治舞台上。當然那已是後話了。