開始是同治八年，慈安、奕訢和同治帝聯合起來按祖製處死了安德海，一時中外無不稱頌，而慈禧的心中卻留下了積怨。同治十一年關於給載淳立後一事，雙方又再起爭執，意見相左。慈安所爭的阿魯特氏後來被立為後，而慈禧所爭的鳳秀的女兒隻屈居慧妃之位，慈安獲勝，慈禧記恨，雙方矛盾加深。同治帝死後，慈禧費盡心機立醇親王之子4歲的載湉為帝，本想趁皇帝年幼，一手遮天，把持朝政，誰料光緒帝入宮後，因慈安太後性情溫和，不像慈禧那樣嚴厲，所以小皇帝喜歡親近慈安太後，對慈禧卻相當地疏遠。這使慈禧感到恐懼。要是小皇帝被慈安唆使來反對自己，威脅自己的地位，該怎麼辦？慈禧的恐懼心理，隨著光緒帝年齡的增長，與日俱增，對慈安的防範心理也日漸急切。雙方矛盾漸如水火，因此便有種種關於慈安是慈禧害死的推測和傳說。
據載，鹹豐帝臨死前，曾交給慈安太後一道密諭，要她好好約束葉赫那拉氏。慈禧聽說後，行為便不太敢張狂。光緒朝時候，慈禧再度垂簾，慈安對政治有倦怠意，不多過問政事，有時甚至不出來垂簾攝政，慈禧更加縱恣無度。她一人召見廷臣，有事竟不複稟慈安，慈安太後內心多有不平。光緒七年發生的一件事讓慈安太後瞠目，這一年慈禧驟患重病，遍征中外名醫醫治均告無效，惟有薛福成的哥哥薛福辰給慈禧太後診脈後，得其病因，開藥慈禧太後服用後，病得痊愈。後得知薛福辰所開藥劑均為產後滋補之藥，慈安知慈禧失德，決定好好勸勸慈禧，讓她保全皇家體麵。一日，擺酒宮中，慶賀慈禧大病痊愈，憶及協力清除肅順及同治十餘年的垂簾聽政事，慈禧悲不自勝，話語很討慈安的歡心。慈安聽後，也對慈禧坦誠相見道：“你我都是年過半百之人，不知何時均要去見先帝了，幸得20餘年來你我能同一條心。既然這樣，我也不瞞你，先帝升天之前，曾交給我一物，是關於妹妹的，現在看來是沒什麼用的了。此事不要聲張出去，以防外人懷疑我姐妹二人表麵上和好而暗地裏互相嫉妒。”說完從袖中取出文宗遺詔，給慈禧看。慈禧看後，麵色頓變，慚愧不已。慈安見慈禧有真心悔過之心，索要過函文，隨即於燈燭上燒了。慈禧又是羞慚又是憤怒，表麵上仍做感激涕零狀，內心竊喜。以後時日裏，慈禧對慈安甚為恭敬，慈安以為是自己的規勸起了作用，孰知慈禧已有歹意。
又據說，慈禧欲害慈安的念頭始於慈安親見了慈禧的不軌行為。立載湉為帝，並非慈安之意，後垂簾聽政製度建立，慈安則多持齋念佛，長居宮中，朝中事實際由慈禧把持，慈禧從此為所欲為。當時都門有位唱戲的武生叫楊月樓，得到慈禧的專寵，隨意出入宮禁，每次進宮即恒久不出。一日，慈安有事欲告知慈禧，突然前往慈禧居所，適逢慈禧不在，卻見楊月樓袒臥於慈禧的床上，慈安驚懼，叫來宮中婢奴，授意此事不得張揚。後慈禧處死楊月樓，慈安雖久驚怒，實際並未追究，慈禧更加疑懼。遣宮婢多次進獻慈安食盒，慈安不疑，受而食之，不久即死去。
又有一說，稱是因李蓮英起事。李蓮英因得慈禧太後寵幸，仗勢胡為。一日慈安太後乘輦車過某殿，李蓮英與小太監角力，對慈安置若罔聞，慈安怒以杖責之，並到慈禧住處教訓了慈禧一頓。慈禧不服，兩人鬧翻。不幾日，即傳慈安暴崩一事。
當時民間流傳的說法有多種，但多數經不住仔細分析。張爾田指出：慈安的病況，可詳見翁同龢日記，哪裏有食盒外進之猜疑？二十年來，排滿思想，深入人心，時人不痛詆清代則不快，即使是光緒帝的日講起居注官惲毓鼎的《崇陵傳信錄》也斷不可信。學者金梁也在《清帝外紀·清後列傳》中，對慈安焚燒遺詔和慈禧進獻毒盒事，提出質疑：“手敕既然焚毀，敕語內容又從何而知？食盒外進，又有誰見到了呢？”
這麼說，慈安的死就與慈禧無關了嗎？也不盡然。當時的翁同龢、張之洞等人根據種種跡象，也心存疑惑。
翁同龢的日記中留下了諸多疑點。皇帝皇後生病，按清祖製，應先由軍機、禦前大臣詳細了解情況後傳禦醫，然後禦醫診斷、開藥方，藥方應交軍機、禦前大臣傳視，以顯示慎重。而慈安九日患病，當日並未見醫方發下，這是為什麼呢？慈安因偶感風寒，卻不到一天就驟然崩逝，死後第二天公布的五個藥方，均未說明致病原因，這又是為何？死後第三天，似乎為了消除人們的疑慮，所發藥方才寫上“傷感過甚，諸症驟發”的含混言語，且藥方上也沒有禦醫莊守和的名字。凡此種種，不能不讓人生疑。