《煙台條約》簽訂不久，左宗棠呈上的關於西征軍攻克新疆烏魯木齊的奏報讓奕訢興奮了好些天。在報捷折中，左宗棠還特別提及軍機處和戶部籌措軍餉是勝利的主要原因，特別向奕訢表示了真誠的感激之情。西征軍的節節勝利，使盤踞新疆南八城和吐魯番的阿古柏政權惶恐不安，英國方麵想以代阿古柏政權乞降為名，阻止中國收複新疆，從而以新疆阿古柏政權為屏障，防止印度落入俄人之手。左宗棠的複函中透徹地分析了英人意圖的本質，並充滿必勝信心地稱：“無須英人代為過慮也”。奕訢見到前敵將帥有如此的見識和信心，就放手讓左宗棠全力收複新疆。光緒三年十一月十四日（1877年12月18日），淪陷12年之久的喀什噶爾重回祖國懷抱，之後，南疆諸城全部收複。
在維護國家主權的同時，奕訢還積極擴展機器大生產的領域，發展本國工業。就在改革事業初見成效之時，光緒二年，南方五省發生大水災並相伴隨著社會風氣的惡化，反對變革的清議派借此機會，以“災異說”攻擊朝政，稱當時朝政為以恭親王為首的樞臣所把持，腐朽拖遝至極，無法對當前災害采取有效措施；進而又以“華夏優越論”反對中國的近代化，以“道德”和“清議”壓製改革。改革再次遇到了重大的阻力。奕訢明哲保身，極力保持超然事外的態度。改革派人數雖多，呼聲卻很小。清議派因有慈禧做後盾，聲勢浩大，壓過了改革派。改革派人士很是失望。
光緒五年三月（1879年3月），日本悍然吞並琉球，並立為衝繩縣。光緒六年，中俄戰爭烏雲密布。之後籌建海軍，建設鐵路，越南、朝鮮問題等，都需要奕訢和總理衙門去交涉，一項項地去處理。
正當奕訢忙得不可開交的時候，光緒七年三月初十日（1881年4月8日）戌時（晚7時至9時），慈安太後鈕祜祿氏突然死去。對慈安太後究竟是怎麼死的，大家有種種的疑問，一時間傳說紛紜。
慈安在鹹豐二年立為皇後，慈禧當時不過為貴妃，位在慈安之下。鹹豐帝死後，慈禧的兒子載淳繼承皇位，母以子貴，慈禧也被封為皇太後。在等級森嚴的封建社會中，慈安的正宮皇後身份，與慈禧在名分上的差別，對慈禧的掌權形成一種威脅，使慈禧永遠不可能淩駕於慈安之上。慈禧與慈安之間的矛盾，就由此而產生了。
在鹹豐靈前的“禮節細故”之爭，兩宮太後都落得不高興；此後，這種爭端頻頻發生。光緒六年在致祭東陵的時候，又在禮儀上發生了激烈的爭執。這種爭執實際為地位之爭和權力之爭。多年來，兩人之間的矛盾一直或明或暗地存在著。
鹹豐帝死後，肅順等八大臣輔政，不太把兩位太後放在眼裏。這時的兩宮太後為了能除掉這個共同政敵，過從甚密，雖說或多或少都存在一定的矛盾，但在當時的情況下，比較容易化解。政變成功後，慈禧因懼怕祖製的嫡庶之分，小心謹慎不敢失禮，遇事均與慈安太後商量，以示對東宮的尊重。加之恭親王奕訢在中間調和，有話就直說，兩宮太後之間看上去是一團和氣。然而此後發生的一係列事情加深了兩者的矛盾，增加了慈禧對慈安的仇恨。