馬得功見很難殺出鄭軍防線，便心生一計。他派人駕小船去見鄭鴻逵。馬得功曾是鄭鴻逵標下的守備，他利用這一層關係，派人傳話說：“雖然彼此間隔，不過是因為各司其職，但無時不掛念您。如今得功奉令過島，未曾擾一草一木，奈欲退無舟可渡，得功必死於此。得功死分所當然，但就恐怕島上人民因此就不能保全了。而且您的兄長在京，眷口在安平，其能安乎？不如寬得功夫片刻，假渡而歸，一舉兩得，得功幸甚，即您也幸甚。”馬得功的話軟中帶硬，鄭鴻逵權衡再三，還是決定放馬得功一條生路。他故意放鬆高崎的防守，並借給馬得功幾隻漁船，渡馬得功的軍隊回泉州。
鄭鴻逵派人飛報鄭成功，懇求班師回廈，拯救島上百姓。
鄭成功率部此時正在大興所。他本來不想回師，要奉勤王大義為先。怎奈消息傳入軍中，軍營內外一片哭聲，他們擔心島上家眷的命運。軍心不穩則難於繼續南下勤王，無奈，鄭成功回師廈門。
四月初一，鄭軍已到達廈門中左所，停泊在浯嶼。但島上出奇地平靜，清兵早已於幾天前就離開了廈門。
鄭成功聽說清軍離開廈門竟是叔父鄭鴻逵所助，大為憤怒，拔刀自斷其發，發誓一定要殺盡清兵。鄭成功下令不許鄭芝莞與鄭鴻逵與各親屬相見。他說：“渡清兵而來的，渡清兵而去的，棄城送給清兵的，都是鄭家的人，廈門遭殃，與清兵有什麼關係呢？”意指是鄭家自已的人害了廈門。
鄭鴻逵派人請鄭成功進城，鄭成功不同意，他說：“叔父與清軍通好，請我回城好像並沒有什麼好意。我不殺盡清兵，我們是沒有相見的日子的。”鄭成功又下令所有的鎮將一律不許到鄭鴻逵衙署去。鄭鴻逵也知道幫助清兵的過失，臉上無光，難平鄭成功之憤，便將軍隊帶出廈門，移駐金門的白沙屯，並寫信向鄭成功解釋原因。
鄭成功移駐廈門港，召集諸將評議廈門失守的功罪。對勇於與清兵作戰的，皆給予賞賜，對於棄城而逃的鄭芝莞，按軍令處斬，另外又殺了阮引，棒打了何德。
對於鄭成功不徇私情，嚴明執法，又獎懲分明，將士無不心服，鄭軍的紀律也更加嚴明了。
鄭成功為穩定廈門局勢，將鄭芝莞所運載的金銀財物做為軍餉，並加強防禦工事建設，分別調撥勁旅把守。這樣，島上人心大定，秩序井然，兵堅防嚴。
鄭鴻逵見鄭成功在島上處置有方，指揮得宜，慶幸鄭家的事業有了出色的繼承人，便把自己的船隻兵權都交給了鄭成功，自己則在白沙屯擇地築寨，廣構亭沼，藝花植木，笙歌自娛。鄭成功又重新部署了一下兵力，移駐於金門後埔紮營操練。
至此，鄭成功控製了鄭氏的全部兵權，東南沿海的鄭氏部隊都統一在了鄭成功的旗下。在此後相當長時期內，金廈一直是鄭成功抗清的堅強基礎，更大規模的抗清鬥爭即將開始。
鄭成功日夜操練兵馬，囤集軍餉，各項事務都已走上軌道。但一向號稱知兵善謀的施琅卻心懷貳誌。
由於施琅曾暗中誣告過別人，又在南下勤王時托辭不出征，引起了鄭成功的懷疑。在這之後，施琅因為鄭成功沒有提拔他，便不聽從鄭成功的命令，甚至公開與鄭成功做對。
鄭成功不露聲色，但他已感到施琅桀驁不馴、離心離德，將來必成禍患。
五月二十日，鄭成功下令在船兵將準備出軍，各鎮將提調其所轄部下，命人持令箭催促施顯貴到廈門。施顯貴到廈門後即被囚禁。並命人到施琅家捉拿了施琅，也軟禁了施琅的父親施大宜及其家屬。
施琅被關押在船上，使用詭計騙過了看守的人，幾經周折，在親戚的幫助下逃往內地。
鄭成功得知施琅逃脫後頓足而歎：“唉！吾不幸結此禍胎，貽將來一大患！”這話不幸言中，施琅終於投靠清廷與鄭氏為敵，那是後話了。