欲動，最終攻擊了第一批與其接觸的外國人。
後來，在公使團的施壓下，慈禧太後不得不有所行動，在外國人麵前判處了一些人。但是對於董福祥而言，這件事並沒讓他有所損失，反而使他在北京的影響力越來越大。
在外界麻煩不斷的同時，朝廷也籠罩在恐怖之中。據說，光緒帝被押送到頤和園瀛台，軟禁在一個三麵環水的島中。還有一說是光緒帝被關押在紫禁城蓮花湖中的一個小島裏，隻有一個吊橋作為出入通道，還有太監全天候監視。這些太監都是慈禧太後精心挑選的，直接受她控製。10月5日，14個太監被慈禧太後認為“不忠”而被處以死刑。三天後，又有幾個太監被斬首。在接下來的一周裏，其他太監僅僅因為沒有得到慈禧太後指令就給光緒帝送衣服也遭受同樣的命運。而深受光緒帝喜愛的劇團在給光緒帝表演之後神秘消失則引來人們議論紛紛。據說，在一些太監的幫助下，他們偷偷潛入宮中，帶給光緒帝一些洋裝，企圖幫助他逃跑，但是慈禧太後發現時，他們早就已經溜走了，慈禧太後隻有通過這些太監來發泄心中怨氣。
關於慈禧太後意圖謀殺光緒帝的故事有很多，尤其是官方公布光緒帝身體欠佳後，人們更堅定了光緒帝會被謀殺的說法。雖然到目前為止，這不過是一場滿族人之間的打鬧，並不會導致一場宮廷政變，但外國公使將此事放大了。
竇納樂（英國駐華公使）警告總理衙門，如果光緒帝突然駕崩，一定會造成嚴重的影響。於是，慈禧太後隨即發布一道詔令，邀請外國醫生到宮中為光緒帝會診。10月17日，法國公使派本國醫生多德福給光緒帝看病，雖然沒有檢查出任何問題，但長期幽禁已經導致光緒帝身體羸弱。
也許經過此次檢查，光緒帝會得到一些自由。10月底，關於光緒帝試圖逃跑的謠言在京城中傳開了。據說，光緒帝曾經試圖逃出瀛台，一群戰戰兢兢的太監一直追趕他到頤和園大門。在頤和園門口，光緒帝發現慈禧太後在此豢養的幾隻凶猛的動物正對他嚎叫。太監們跪在他腳下，邊哭泣邊懇求他不要再逃了，要不慈禧太後發現了，他們將小命難保。最後，光緒帝隻有轉身，默默地回到瀛台。再次聽到光緒帝的消息是在11月8日的時候，他與慈禧太後一起接見了日本使臣。值得注意的是，此次接見並不是在紫光閣--自1894年以來光緒帝接見外國使臣的地方，而是在慈禧太後的謁見堂。
因此，人們猜測慈禧太後企圖徹底除掉光緒帝。據說，後來榮祿幹預，光緒帝才僥幸逃過一劫。如果這是真的，那麼榮祿的以德報怨、寬宏大量令人敬佩。在此之前，光緒帝曾謀劃過殺害榮祿，因為袁世凱的告密才使他撿回一命。在危機時刻，他置光緒帝於不顧也是情理之中。人們極度懷疑，慈禧太後正為徹底掌控大權而想方設法除掉光緒帝。光緒帝的處境十分危險。
不管光緒帝處境是否危險，他都無法逃離痛苦的深淵。從他被慈禧太後幽禁開始，在人們眼裏，他就是一副可憐兮兮的模樣。光緒帝，一位年輕而熱情的夢想家，想起他積極推行、可以使大清強大起來的變法已被破壞殆盡，眼神中不免流落出悲傷。他在第一道變法法令中這樣寫道：“這是一次偉大而艱巨的，能使大清與西方列強並駕齊驅的變革。”但現在，一切已成為過眼雲煙。更殘酷的是，在宮中，他經常看到一些以自己的名義發布反對變法的詔告，在他看來，這些會對大清產生毀滅性的影響。他還目睹了共同致力於變法的親密夥伴遭受無盡的折磨，甚至失去生命，這同樣也是以光緒帝的名義發布的詔告造成的。但是現在，光緒帝卻被關押在一個小島上，為了防止隨從太監同情他，慈禧太後每天都會更換這些隨從太監，顯然，光緒帝在大清再也沒有任何影響力了。
有傳聞稱，處在如此悲慘境地的光緒帝，正為複仇那天的到來而仔細謀劃。光緒帝偶爾能得到與密友交談的機會，他說他現在所遭受的將來要加倍奉還給別人。現在，光緒帝尤其想奪回權力處置袁世凱。而對於慈禧太後，光緒帝隻想置她於死地，這也是他想對背叛他的人所做的。雖然威嚴的慈禧太後通過各種手段使得光緒帝的美好願望一個個破滅，但是光緒帝如此複仇會不會過於極端？也許光緒帝此時的心情也是異常複雜吧。積極樂觀的態度並不是困境中的光緒帝最需要的，他最需要的是能夠讓他大膽衝破黑暗，看到光明的勇氣。雖然光緒帝推崇打破社會生活中各個方麵的舊習，但是“孝順”在他心裏永遠也不會被抹去，在中國傳統中，孩子對養父母和親生父母應當一視同仁，光緒帝也是如此。