9月23日，在一周前還雄心勃勃積極發布變法法令的光緒帝在威嚴的慈禧太後麵前變得恭順謙虛起來。此時，北京城裏謠言四起，說光緒帝患了重病，也許很快就要去世了。接下來發布的詔令與光緒帝變法的願望背道而馳便沒什麼奇怪的了，顯然，發布詔令的並不是光緒帝自己。後來，他甚至不得不從自己口中說出一些令人震驚的且完全顛覆之前改革的論調。他被迫說：“朕此次推行的變法是為了給人們生活提供更好的條件……但朕從未強迫他們為維新而完全拋棄掉老祖宗給我們傳下來的東西。朕可以肯定大清的子民和官員會明白，推行變法其實是因為大清江山受到了威脅……真正的目的是通過裁撤冗員來節省財政開支。然而，朕卻發現有謠言稱朕試圖通過變法抹去大清所有傳統習俗，這使得朕收到很多關於變法的不合理的建議。如果這樣的情形再繼續下去，沒有人知道接下來局勢會變成什麼樣子。”
如果光緒帝的處境讓他不得不編造出這樣的話，那麼，他將來的情況可能會更不樂觀。在外國駐京公使參加完西山一年一度的慶典活動回京之後，恐怖的氛圍圍繞在他們四周。各種傳聞也讓舉國上下陷於不安中。
9月28日，康廣仁和其它五位維新誌士勇敢地麵對了他們殘酷的命運，在對慈禧太後的不斷咒罵聲以及對變法的堅定口號聲中，他們走完了人生的最後一刻。雖然他們倒下了，但是成千上萬的人會站起來，繼續他們未完成的事業。
第二天，光緒帝被迫頒布了一道詔書，其中公開譴責康有為所作所為嚴重違背了儒家自古以來的傳統信條，同時，聲稱變法乃是對大清的不敬，因此必須立即抓捕康有為。接下來是光緒帝對康有為胞弟康廣仁以及其他五位維新誌士之死的說明--“如果不立即處決他們，那麼更多的人將會卷入其中，朕之所以賜死他們，正是為了避免將來產生更多的事端。”
接著，戊戌變法的各項成果被毀滅殆盡。被撤銷的六個衙門得到恢複，被罷黜的官員也官複原職。除了京師大學堂和各省會的高級學堂被保留了下來，其他中低級學堂和教會學校則全被撤銷。變法中最有積極意義的一項：老百姓可以通過督察院上書皇上的舉措也被取消了。而《強學報》因為“不僅對朝廷無用，反而還煽動民眾反動情緒”也被嚴令禁止。在非常短的時間內，因為企圖顛覆皇權，大清內所有新聞報紙被停刊，而報紙主編則被冠以“文學界的渣滓”這一惡名。光緒帝鼓勵新聞工作者自由言論的舉措，最後卻讓新聞工作者們遭遇不幸。
在推翻戊戌變法發布的法令的同時，為肅清朝中改良派勢力而展開的諸多調察，使整個北京城陷於恐怖之中。
此時康有為已經流亡海外，但與康有為有關聯的人卻難逃一劫？。甚至連阻攔康有為逃跑的炮艦的船長也因為沒能成功將其帶回而遭受牢獄之災。由於對康有為的極端憎恨，慈禧太後站在了改良派的對立麵，成為一個反對改革、仇視外國人的人。
維新變法運動之後，反洋人運動又卷土重來，並且聲勢愈發浩大。在1898年9月的最後一天裏，一個北京人一邊大喊：“洋鬼子，去死吧”，一邊襲擊了兩位駐京公使。兩位駐京公使其中一位是英國人，另一位是美國人。被襲擊的時候，他們和幾位女士正走在從火車站回家的路上。驚慌失措的公使團向天津發了一份電報，希望得到保護，接著，一個國際海軍陸戰隊成立了。
10月23日時，在距離北京八英裏處，一撥英國人在檢測連接北京和漢口的盧漢鐵路時，突然被攻擊。英國公使故意把此事放大，他們稱攻擊這位技術人員的不是一個中國暴民，而是一個中國士兵。
9月中旬，當慈禧太後回到朝中時，她命令董福祥率甘軍進京。甘軍是清政府非正規軍，信仰回教，從甘肅招募而來。董福祥是一個恃強欺弱的人，在陝甘回民起義時，積極率兵反抗大清，後來在陝北被左宗棠部劉鬆山擊敗，投降清軍，後改編為董字三營，先後跟隨劉鬆山、劉錦棠鎮壓陝西、甘肅、西寧等處回民起義，後來升為提督。
在慈禧太後的傳召下，他驕傲無比地來到北京，在覲見慈禧太後時自吹自擂，說自己可以把外國人打得落花流水。慈禧太後隻是微微一笑，告訴他攻擊外國人的時機還未來到。但是董福祥的“英勇驍戰”使得他蠢蠢？根據赫蘭教授所說，在北京的改良派大約有兩百四十人，他們之中有六十人是翰林學士，而朝廷最初的意願就是想讓他們所有人受到處罰。但是榮祿和慶親王對此進行了勸說，希望處罰能夠適中，因此，最後隻有他們的頭目受到處決。但我們仍然無法得知朝中維新運動的支持者到底受到了怎樣的處置。