鹹豐十年（1860年）初，洪仁捦、李秀成等人在蕪湖召開軍事會議，他們一致認為應該集中兵力打擊江南大營。他們派精銳部隊從小道偷襲杭州，吸引江南大營分兵救援杭州，然後把偷襲部隊迅速撤回，再用優勢兵力出奇不意地集中攻打江南大營。十年（1860年）正月，李秀成揮師南下。二月，一舉攻破杭州。聞訊，江南大營果然派兵救援。李秀成同時放棄杭州，迅速撤師回朝。閏三月，李秀成、陳玉成等五路太平軍聯手猛攻江南大營，清軍頭目和春、張國玕敗逃至丹陽，太平軍步步緊追，張國梁撥馬出逃時落水溺死。和春逃至無錫滸墅關，陷入絕境而自殺身亡。從此，江南大營便不複存在。
鹹豐十年（1860年）四月，洪秀全在天京舉行會議，慶賀大軍攻破江南大營，並在同時又召開軍事會議。會議決定太平軍立即東征蘇南地區，然後在江南、江北分兩路大軍沿江西征，奪取武漢以緩解安慶局勢，被稱作二次西征。會後，李秀成擇師東征，克複蘇州等許多州縣，大軍開始朝上海進逼，開辟了蘇南根據地，建立了以蘇州為中心的蘇福省。
五月，李秀成發起了對上海的首次進攻。這時，盤據上海的外國侵略者不再假惺惺地搞什麼中立，而是幫助清軍進攻太平軍。美國人華爾糾合一些外國亡命徒組成洋槍隊進攻太平軍，但屢屢失敗，華爾也受重傷。當太平軍迫近上海城時，適值英法聯軍從天津撤至上海來援助清軍抵抗太平軍，於是，李秀成撤離了上海地區，退到蘇州。
鹹豐十一年（1861年）初，陳玉成和李秀成率軍發起第二次西征，以解安慶之圍，並使天京的安全不受威脅。陳玉成軍沿長江北岸從安徽入湖北。原約定李秀成軍沿長江南岸經江西進入湖北，兩軍於鹹豐十一年（1861年）三月在武漢會師。陳玉成的北路軍於鹹豐十一年（1861年）二月攻克離漢口隻有一百六十裏的黃州。當時，在漢口租界的英國參讚巴夏孔趕到黃州遊說太平軍放棄攻打武漢，說什麼太平軍如先攻打武漢，容易形成孤軍深入，有遭到夾擊的危險。又由於李秀成的部隊行動遲緩而未及時趕到，陳玉成竟搬師回朝去援救安慶，放棄了進攻武漢。李秀成則高估湘軍的實力，於是改變路線從徽州進入浙江轉攻江西，再進湖北，直到鹹豐十一年（1861年）五月才抵達。而陳玉成早已率軍回援安慶了。由於李秀成的延期會師和陳玉成急忙撤走，遂使第二次西征再次失敗了。
曾國荃率領湘軍猛撲安慶，在安慶外圍與太平軍展開最為殘酷的戰鬥。鹹豐十一年（1861年）八月，安慶失守，守城的太平軍16000多人無一人投降，全部戰死。湘軍屠城三日，全城男女老幼無一幸存。
安慶失守使天京失去了西部屏障，這對太平天國來說是一個慘痛的損失。但是，太平軍在東部戰場獲得重大勝利。鹹豐十一年（1861年）四月，李秀成的堂弟李世賢率部攻入浙江，不出半年，太平軍便占領浙東、浙西的大部地區。八月，李秀成從江南轉入浙江，十一月底攻克杭州，遂把浙江和蘇南根據地連成一片，成為天京東都的屏障，並保障了天京的物資供應。如果沒有蘇浙基地的開辟，太平天國最後兩三年的處境將難以想象。蘇、浙兩省曆來是中國最富庶的地區之一，也是清朝政府賦稅收入和糧餉的重要來源。曾國藩曾經驚呼：“現在浙、蘇兩省膏腴之地，盡為賊有，窟穴已成，根柢已固。”
然而，太平軍在東部戰場的勝利，卻阻止不了西部形勢的迅速惡化。陳玉成在安慶失守後，退回廬州。同治元年（1862年）初，他派部將陳得才、賴文光等率軍向西北遠征，他自己留在廬州與湘軍進行了3個月的血戰。三月間棄城突圍，被反複無常的團練頭子苗沛霖騙入壽州城內，並扣押了他，送至清軍勝保營內。勝保要他下跪，陳玉成怒目斥責說：
“你本是我手下的敗將，我怎能跪你？好不自重的東西!”勝保又對他進行勸降，陳玉成暴跳如雷，厲聲喝道：“大丈夫死則死耳，何饒舌也!”陳玉成大義凜然、堅貞不屈，五月英勇就義於河南延津，年僅26歲。廬州失守和陳玉成犧牲以後，使太平軍西部戰場完全失敗。湘軍乘機東下，步步逼進天京，太平天國的形勢越來越危險。
天京變亂後，天王洪秀全遭受重大打擊，而他的封建思想和宗教迷信卻越來越嚴重。
他更加脫離群眾，不理朝政，不了解下情。他常常寫一些讓人摸不著頭腦甚至是自相矛盾的詩句或順口溜作為詔令頒發下去，結果朝廷上下無章可循，一片混亂。他一味迷信上帝，寧肯相信上天，也不相信人，總是企圖依靠上帝的聲威來防範他人篡權。他一度把“太平天國”改為“上帝天國”，後來又改稱“天父天兄天王太平天國”。同時，為了保住自己的地位，為了削弱李秀成、陳玉成的勢力，他便毫無節製地封王，使彼此互相牽製。因此，到太平天國失敗前夕，封王竟多達2700多個。結果造成矛盾重重，政令不一，滿朝文武競相追逐名利，明爭暗鬥，“動以升遷為榮，幾若一歲九遷而猶緩，一月三遷而猶未足”，於是朝野上下人心惶惶，各有他圖。