僧格林沁於一月二十三日選精兵8000餘名，抵達高唐外圍，使圍城清軍信心大增。此時，李開芳得知林鳳祥部已覆沒，決定放棄高唐，僧格林沁從俘獲的太平軍人員口中得到李開芳等急欲突圍的情報後，便於一月二十九日夜，密令南麵清軍分開隊伍，假裝疏於防範，誘使太平軍由此突圍。李開芳沒有識破敵人的詭計，於當日午夜率軍南下。僧格林沁以馬隊500餘名銜尾緊追，李開芳率軍退到離高唐約五十裏的茌平縣馮官屯。
二月初一，僧格林沁率馬隊趕到，首先占據西邊二村，然後在四麵安放大炮，向馮官屯轟擊，將房屋盡行轟塌。但是，仍然無法進入屯內。最後，僧格林沁決定采用水灌法，讓大批民工挖一條全長一百二十餘裏的水渠（曆時月餘），引運河水至馮官屯。同時，僧格林沁一麵用大炮轟，一麵對太平軍展開誘降活動。北伐軍多次突圍都未能成功。李開芳率80餘人突圍，被清軍俘獲，後解送北京，於四月二十七日遇害。
至此，北伐最後失敗。北伐軍在兩年內橫掃六省，轉戰五千裏，但由於孤軍奮戰，後援不繼，最終沒有達到戰略目的，但給了清政府以沉重的打擊。
太平軍西征
西征的主要目的，是控製長江中遊地區，確保天京屏障和供給基地，發展在中國南部的勢力。西征作戰充分利用了水師的作戰特點，並采取了攻城據守、設官安民等與北伐截然不同的做法。
鹹豐三年（1853年）四月二十七日，夏官副丞相賴漢英率領首批西征軍近萬人，乘千餘號船離開天京西上。五月初六克安慶。之後繼續溯江西上，前往攻打江西省會南昌。
十八日占南康府，當地群眾將清朝府縣官員捆綁交給太平軍，並積極進貢錢米等物。二十日，到達南昌城下，開始攻城。同時組織船隊，征集糧食運往天京。然而由於主帥賴漢英過分輕敵，又不善捕捉戰機，南昌久攻不克。國宗石祥禎、國宗韋俊等率軍增援。但清方針對太平軍的猛烈攻勢，派湖北按察使江忠源督帶的楚勇，會同向榮從江南大營抽調兵力前往救援，以衛護江西糧餉基地。西征軍攻城曆時93天不果，被迫於八月二十日撤圍。賴漢英被召回革職。
緊接著，天王派翼王石達開於八月赴安慶一帶安民並主持西征全局。南昌撤圍的西征軍退返長江後，沿江返回安慶，以加強安徽方麵的兵力。一路於八月二十六日克九江，留殿右八指揮林啟容鎮守；其餘軍隊繼續前進，攻打湖北田家鎮。大敗清湖北防軍和來援的江忠源和楚勇水、陸軍後，西征軍乘勢於九月中旬占領了黃州和漢口、漢陽。十月初石達開命西征軍東撤，以部分兵力退保黃州、蘄州一帶，而以主力運載車輛輜重，返回安徽，與春官正丞相胡以晃、秋官正丞相曾天養等攻奪皖北。十月，連克桐城、舒城，進逼廬州。
清督辦安徽團練、工部侍郎呂賢基兵敗自殺。清廷又命江忠源為安徽巡撫，趕往廬州防守。
石達開於十一月初被召回天京，燕王秦日綱前往安慶代理。胡以晃主持皖北事務。十二月初十，太平軍集中優勢兵力，攻克廬州，江忠源投水自殺。太平天國在安徽20多個州縣建立了自己的政權。
皖北得手後，太平軍將目標轉到對湖北的攻擊。黃州前線兵力增至4萬餘人。鹹豐四年（1854年）正月十五日，在黃州大破清軍。清湖廣總督吳文洺等殞命。十三日，太平軍三占漢口、漢陽。隨即兵分三路。韋俊與國宗石鳳魁等率一萬餘人進圍武昌。五月二十一日，由陳玉成率五百勇士攀城而上，再克武昌。陳玉成從此威名大震。老將曾天養分兵一萬西取荊宜，攻占宜都、枝江、宜昌；少數人員甚至潛入四川，清兵又趕往巫山，將巫山封鎖。分兵南下湖南的是春官副丞相林紹璋等人。他的主要對手就是曾國藩精心編練的戰鬥力極強的湘軍。曾國藩為在籍侍郎，奉命幫辦湖南團練，但他卻全力編練一支不同於綠營的新式軍隊——湘軍。四年（1854年）正月，湘軍已練成陸營十三營，水師十營，並隨即出動，迎戰太平軍。三月，太平軍雖先在嶽州、後在靖港兩次擊敗湘軍，使曾國藩憤欲自殺，但林紹璋率領的軍隊在湘潭被湘軍包圍，幾乎全軍覆滅。六月，敗退嶽州的太平軍見湘軍大舉北犯，遂又命令進占常德、華容、龍陽各軍（宜昌一帶太平軍先已南下與之會師）東撤以待敵。但大戰結果，太平軍又連續失利，十九日再棄嶽州。這時，太平軍的有力將領曾天養在城陵磯不幸戰死，太平軍被迫退出湖南。太平軍在湖南戰場上的失利，一方麵是由於主帥林紹璋指揮無能，但也與太平軍戰線拉得太長，造成兵力分散有關，同時，武器裝備落後於湘軍也是一個非常重要的原因。正如曾國藩所說：“湘潭、嶽州兩次大勝，實賴洋炮之力。”林紹璋以覆軍罪被革職。