因此，雍正遂想利用曾靜一案找出這種傳言的根源。湖南巡撫趙弘恩按照皇帝的命令，想盡一切辦法進行追查。終於查明，阿其那（允禩）等人在被發配去戍地的路上，沿途宣傳自己是冤枉的，散布胤禛（即雍正帝）謀父、逼母、弑兄、屠弟等流言，這樣雍正就找到允禩集團是“矯詔得位”輿論的散播者。為此，雍正一麵再次宣布允禩等人的罪過，一麵就曾靜所指摘他的十大罪狀逐條進行批駁澄清，發布了許多上諭，又命主持審理此案的官員杭奕祿對曾靜進行“多方勸導”，曾靜承認其反清是錯誤的，並寫出了表示懺悔的《歸仁錄》一書。至雍正七年（1729年）九月，世宗下令將論述這個案子的上諭編輯在一起，在後麵附上曾靜的口供和懺悔的《歸仁錄》，集成《大義覺迷錄》一書，刻版刊行，頒布於全國各府州縣學，使讀書士子都通讀知曉這件事。如果不知此書，一經發現，就將該省學政、該州縣教官從重治罪。同年七月，對此案作出最終裁決。因曾靜投書，才使清廷得以查出雍正“矯詔得位”的輿論根源，使百姓得知事情的真相。因此，雍正命將曾靜、張熙免罪釋放，並命刑部侍郎杭奕祿帶領曾靜到江南江寧、蘇州、浙江杭州等地宣講《大義覺迷錄》，然後秘密押送到湖南，在觀風整俗使衙門聽用。張熙則由尚書史貽直帶往陝西，在各地宣講《大義覺迷錄》，宣講完後送回原籍，在家候旨，以便隨傳隨到。
重懲呂係
雍正對曾靜師徒展示了令人不可思議的仁慈，而對呂留良一案的家人師生卻采取了極其殘酷的處理方式。
雍正九年（1731年），正式決定：將呂留良及其子呂葆中、嚴鴻逵三個已經去世的人掘墓，劈棺戮屍，梟首示眾；斬另一子呂毅中、嚴氏之徒沈在寬二人；呂和嚴的眾孫輩全部發配寧古塔給披甲人做奴隸；呂家財產全部沒收充官，作為浙江工程費用。已死的黃補庵的妻妾子女給功臣家為奴，父母祖孫兄弟被流放二千裏；呂氏著作的刻書人車鼎臣、車鼎賁、與呂留良交往的孫克用、收藏呂留良書籍的周敬輿均判斬首，秋後處決；呂氏門人房明疇、金子尚被革去生員的功名；陳祖陶、沈允懷等11人革去教諭；呂留良的同鄉朱振基在任廣東連州知州時，曾供奉呂留良牌位，呂案發生時，被革職嚴審，後死於獄中。
呂家悲慘的遭遇，受到很多人的同情，後來民間就編出了呂留良的孫女呂四娘為親人報仇、刺殺雍正的傳說!但是，對於呂氏著作，雍正也采取了一個很“特別”的處理辦法：
同年十二月，雍正帝下令內閣不要禁毀呂氏著作。
雍正認為，書無論怎麼毀，都不可能做到“徹底不被留傳給天下後代人”。所以倒不如像把曾靜當“反麵教員”一樣，把呂氏著作當成是“反麵教材”,“來討論其道德學問的真假”。這樣，呂留良的著作除了未刊刻之《備忘錄》《日記》、抄藏殘稿、信劄等外，都沒有被焚燒查禁。
同時雍正帝還命令大學士朱軾等人，將呂書《四書講義》《語錄》等進行逐條摘駁，編輯成書，刊印頒發各地學官，與《大義覺迷錄》一起向讀書人宣講。
呂氏學派不走運，遭到屠戮，但曾靜、張熙師徒也隻走運了幾年，兩顆被雍正暫保下來的頭還是被新繼位的乾隆皇帝砍了下來。
雍正十三年（1735年），雍正帝駕崩，乾隆帝繼位。25歲的新皇帝乾隆目睹了從曾靜謀反案到呂留良文字獄的全過程，但很明顯他與父親對這件案子的認識並不一致。雍正帝死後僅僅一個多月，他不顧先皇雍正保留曾、張二人性命的叮囑，下令湖廣督撫將曾靜、張熙拿解京城，淩遲處死，並將與這兩案有關的材料《大義覺迷錄》和呂氏著作等書籍一概收回，嚴禁流傳。這樣《大義覺迷錄》就成了清朝最神秘的書。
密健皇儲
清朝皇帝的繼承人問題，康熙以前沒有製度化。清太祖死後，因皇位繼承演出大妃生殉的悲劇，害得多爾袞從小失去母親；清太宗死後，尚未入殮，幾乎演出兵戎相見的慘劇；清世祖死後，倉促讓一位8歲的孩童繼位，大清出現一位英明的君主實屬幸運；清聖祖死前儲位未定，演出了雍正兄弟骨肉相殘的鬧劇。大清皇朝，是家天下，用什麼辦法在家族內確立接班人，是清朝建立100多年都沒有解決的問題。用嫡長製？雖可以避免兄弟之爭，但不能保證選優。明亡教訓，已有前車之鑒。用太子製？康熙為建儲之事傷透了腦筋，皇太子廢了又立，立了又廢，其他皇子們又分成幾派展開激烈鬥爭，勢如水火。康熙帝失敗的教訓，雍正已經親曆切膚之痛。雍正即位後，吸取以前的經驗教訓，結合自己爭奪皇位時的親身體會，始創了“秘密立儲”製度。
雍正元年八月十七日，他在乾清宮西暖閣召見總理事務大臣、九卿等朝中要員，講了一樁關係百年大計的問題：
我聖祖仁皇帝為宗社臣民計……於去年十一月十三日倉卒之間，一言而定大計。……今躬膺聖祖付托神器之重，安可怠忽，不為長久之慮乎？當日聖祖因二阿哥之事，身心憂悴，不可殫述。今朕諸子尚幼，建儲一事，必須詳慎，此時安可舉行？然聖祖既將大事付托於朕，朕身為宗社之主，不得不預為之計。今朕特將此事親寫密封，藏於匣內，置之乾清宮正中世祖帝皇帝禦書“正大光明”匾額之後，乃宮中最高之處，以備不虞。諸王大臣鹹宜知之。