軍事上的連遭挫折更是雪上加霜，使整個局勢充滿危機。天命十一年，後金軍在寧遠城下遭明兵重創，這是努爾哈赤興兵以來第一次大失利。從根本上說，這是他的失策。明將利用漢人和蒙古人對後金的仇恨心理，曉以民族大義，故能眾誌成城，擊敗後金兵的強大攻勢。
麵對如此危局，皇太極毅然決定實行改革。他不囿於祖宗之法和傳統習慣，對父親的遺策作了全麵調整，有繼承，有發展，也有改變，展現了一位傑出政治家的雄才大略。
政策的調整
首先，皇太極知道，漢官漢民備受虐待是禍亂之源，因此對努爾哈赤歧視漢人、壓迫漢人、殺害漢人的措施適時做出調整，提出“治國之要，莫先安民”。他宣布，凡國內漢官漢民即使從前想逃跑的及“奸細”往來的，事屬已往，不再追究，結果“逃者皆止，奸細絕跡”。他強調“滿、漢之人，均屬一體，凡審擬罪犯、差徭公務，毋致異同”，“滿洲、蒙古、漢人視同一體”，“譬諸五味，調劑貴得其宜。若滿洲庇護滿洲，蒙古庇護蒙古，漢官庇護漢人，是猶成苦酸辛之不得其和。”他采取具體步驟，從多方麵來改善漢人的政治、經濟狀況，調和滿、漢之間的矛盾。他將漢人的壯丁分屯別居，把漢族的降人編為民戶，放寬對逃跑人員的懲治，於是“民皆大悅，逃者皆止”。此外，皇太極優待漢官，籠絡漢族士人，說“士為秀民，士心得，則民心得矣”，下令對漢儒實行兩次考試，選拔428名秀才，發揮他們作用，起用一部分人到文館中工作。皇太極這樣調整政策的結果，“民心大悅，仁聲遠播”。這些調整政策，順應民心，得到了漢族人民的認同。
皇太極十分重視學習漢族文化。他認為明羅貫中所著《三國演義》含有豐富的戰略、戰術思想，對於指揮打仗很有借鑒作用。他命令翻譯這部書為滿文，使之培育了一代又一代清朝將領。大學士達海（1595~1632年）是滿洲正藍旗人，滿文、漢文兼通，有“滿洲聖人”之稱。他受命翻譯了《孟子》、《通鑒》、《六韜》。皇太極令他翻譯《三國演義》，達海接受了任務，但沒譯完就死了。大學士範文程等受命繼續翻譯，直到順治七年（1650年）才譯完，並頒發全軍。譯者接受了鞍馬、銀幣的獎賞。
與對待漢族不一樣的是，皇太極主要著力於籠絡蒙古貴族，與他們進行聯姻，以達到合作結盟的政治目的。崇德元年（1636年）四月，皇太極即皇帝位，稱“寬溫仁聖皇帝”，定國號為大清，改元為崇德元年。七月，定五宮製，立清寧宮為中宮皇後，大福晉博爾濟吉特氏正位中宮，東宮為關雎宮宸妃，次東宮為麟趾宮貴妃，西宮為衍慶宮淑妃，次西宮為永福宮莊妃。這“一後四妃”，都是蒙古族人，都姓博爾濟吉特氏，分別屬於蒙古察哈爾部和科爾沁部。皇太極還把次女下嫁給林丹汗的兒子額哲，命令叔父舒爾哈赤的兒子濟爾哈朗娶林丹汗的遺孀蘇泰太後為福晉，命令長子豪格和二兄代善、七兄阿巴泰分別和蒙古察哈爾部聯姻，構成錯綜複雜的姻盟，以達到聯合蒙古的目的。
皇太極重視農業生產，停止妨礙農業生產的建築工程，禁止屠殺牲畜，禁止滿人擅取漢人財物，禁止放鷹糟蹋莊稼，實行“三丁抽一”政策：一家三丁，一人出去打仗，兩人留下從事生產，以保證勞力。這些措施，發展了農業生產，使後金經濟有了很大發展。
皇太極還重視風俗習慣的改革。例如滿洲有亂倫婚俗：嫁娶不擇族類，父死，子可娶後母；兄死，弟娶嫂子等。皇太極下禁令，永遠禁止娶繼母、伯母、叔母、兄嫂、弟婦、侄婦。
失利寧錦
皇太極的最終目標是奪取明朝天下，他知道明朝雖屢敗於後金，國力大為削弱，但畢竟在中原地區綿延了數百年，根基牢固，並不是輕易就可以戰勝的。努爾哈赤在寧遠之敗不久死去，皇太極一上台，就致函寧遠巡撫袁崇煥，傳達了講和的意思。袁崇煥針鋒相對，回信提出了講和的條件，要後金從占領的遼東地區退出。在講和的問題上，雙方都沒有多大誠意，皇太極不過是想爭取時間對朝鮮用兵，而袁崇煥也在爭取時間加強防禦。
後金天聰元年（1627年）正月，皇太極命大貝勒阿敏、貝勒濟爾哈朗、阿濟格等統率3萬軍隊東征朝鮮，在朝鮮土地上點燃了戰火。阿敏羅列朝鮮不遣使吊努爾哈赤之死等7大罪狀，率兵猛攻，占領平壤。朝鮮國王李倧棄京城，帶著妻子逃到了江華島，派其弟原昌君與後金講和。三月，阿敏和朝鮮在江華島殺白馬黑牛，焚香盟誓，定下“兄弟之盟”。後金大掠三日而返。後金對朝鮮的勝利，從納貢和開市中獲得了一定的物資利益，但更重要的是，這次勝利破壞了朝鮮與明朝的同盟關係，解除了後顧之憂。
在與朝鮮簽定“兄弟之盟”後，皇太極將軍事觸角伸向了明朝的遼西地區，以實現他一統天下的宏圖。