明朝在薩爾滸戰役中遭到慘敗，迫使它從戰略進攻轉為防禦，直至退卻，但退到遼西地區，就不想再退了。整個遼沈地區被熊廷弼稱為“神京左臂”，京師、山海關、遼沈，形勢完整，臂指相連。遼沈失掉後，遼西首當其衝；遼西不保，山海關即失；山海關一失，京城就暴露於敵前，其危亡必在旦夕之間。因此，明廷采納孫承宗、袁崇煥等人的意見，在遼西地區派重兵鎮守，雙方在這一地區進行了長達十幾年的拉鋸戰，激烈爭奪每一個屯堡、軍事要塞和城鎮。
天聰元年（1627年）五月，皇太極首次率大軍征明，開始了與明朝爭奪遼西的拉鋸戰。
當時，皇太極派遣征朝鮮的大軍剛剛回到沈陽，他便得到一個重要情報：明軍正在加緊修築錦州、大淩河、小淩河諸城，在其周圍屯田耕種。這些城的修築工程是明軍積極防禦策略的一部分，由寧遠巡撫袁崇煥獨創部署。袁崇煥總結交戰以來的經驗教訓，築起了一道寧錦防線。他認為“恢複之計”在於“以遼人守遼土、以遼土養遼人，守為正著，戰為奇著”。依靠當地人民守衛自己的土地，依靠這裏的肥沃土地來維持人民連軍隊在內的生計；軍事上，防禦為主，出戰、進攻為其次。這一方針完全符合當時當地的實際情況，是阻擋後金的攻勢，漸圖恢複的有效措施。
皇太極意識到，這些地處遼西前鋒的軍事要地一旦修繕完整，會給他的進軍造成巨大的障礙。他果斷命令將士們連續作戰，力圖搶在這些城池完工之前，一舉攻克，以使袁氏的防禦體係付諸東流。
六日，皇太極留下貝勒杜度、阿巴泰守沈陽，自率大軍朝錦州進發。十一日兵臨錦州城下，對錦州形成包圍之勢，企圖迫使明守軍不戰而降。明平遼總兵趙率教和副將左輔、朱梅等堅守不屈，皇太極的如意算盤落了空。
皇太極下令攻城，戰鬥進行了一整天，後金傷亡慘重，而錦州城卻安然無恙。繼續又攻十幾天，還是沒有攻下來。幾次勸降信用箭射到城裏，也沒有回音；誘使出城會戰，明兵憑堅城據守不出。
皇太極無計可施，隻得留部分兵力圍攻錦州，自率主力轉攻寧遠（今遼寧興城縣城）。
坐鎮寧遠的正是名將袁崇煥，他已向朝廷請來各路援兵，出動水師在海上遙相控製，再派部將尤世錄、祖大壽率精兵4000增援錦州，他們剛要出發，後金兵突然來到，就在城外二裏安營，列槍炮，嚴陣以待。皇太極督代善、阿敏等領兵進擊。袁崇煥坐鎮指揮，放射大炮，後金兵一排排倒下，明兵也死傷大半，滿桂身中數箭。這一戰役延續到第二天，明兵發揮槍炮的威力，使後金繼續遭受重大損失，遊擊覺羅拜山、備禦巴希等被射死，貝勒濟爾哈朗、薩哈廉、瓦克達都受了傷。
寧遠不下，皇太極又返回錦州，再次攻城，已是六月四日。時值暑天，將士中暑很多，士氣、戰鬥力都在下降。皇太極知不可久留，決定班師。第二天，大軍開始從錦州撤退，整整持續了一夜，至次日黎明，經小淩河城，把明兵已修好的城牆和工事全部毀掉，然後揮軍引去。
此戰明軍防守成功，時稱“寧錦大捷”。“寧錦大捷”的取得，除了頑強的抵抗，主要還是袁崇煥的戰略發揮了決定性的作用。袁崇煥正確估量了敵我形勢：明兵不利於野戰，和擅長騎射的後金兵是無法較量的。隻有高築城牆，深挖城壕，堅守城池，用大炮轟擊，以製敵取勝。此種戰略，正好限製了後金兵發揮優勢。
寧錦之戰的失利，使皇太極意識到明軍的防守仍有巨大力量，在短時期內，他是無法攻克遼西的，但不能攻取遼西，便進不了山海關，更別提奪取北京了。在遼西受阻之後，皇太極決定改變進攻路線，首先掃清前進路上的障礙——蒙古。
明末清初，蒙古分成三大部落：漠北蒙古即外蒙古、漠南蒙古即內蒙古、漠西蒙古即厄魯特蒙古。漠南蒙古位於明朝和後金的中間，曾經和明朝簽訂一同抵禦後金的盟約。漠南蒙古察哈爾部的林丹汗是元太祖成吉思汗的後裔，每年接受明朝廷給的大量“歲賞”，同後金對抗。皇太極在對付蒙古問題上要有所進展，必須製服這個勁敵。後金天聰二年（1628年），皇太極親率大軍進攻林丹汗，俘獲11000餘人，追到興安嶺。這次出征，後金既打擊了大敵察哈爾，也進一步鞏固了對已歸服的蒙古諸部的統治。更重要的是，皇太極在遼西受阻之後，又通過征服蒙古，找到了進攻明朝的新路線。
反間計除袁崇煥
袁崇煥馳衛北京
袁崇煥擊敗皇太極，獲得寧錦大捷後，上奏崇禎帝，說山海關一帶防務鞏固，已不足慮，但薊門單弱，須防敵人從西路進攻。朝廷沒有多加理會，他再上第二道、第三道奏章。
崇禎下旨交由部科商議辦理，但始終遷延不行。天聰三年（1629年）十月，清兵果然大舉從西路入犯，避開山海關，繞道內蒙古，進攻北京城，這一切都在袁崇煥料中。
明朝初年為防備蒙古人，對北方邊防全力注意，修築長城，設立遼東、薊州、宣府、大同、太原、陝西、延綏、寧夏、甘肅九大邊防軍區，即所謂“九邊”。東起鴨綠江，西至酒泉，綿延數千裏中，一堡一寨都分兵駐守。但後來注意力集中於遼東，其他八鎮的防務就廢弛了。明太祖本來建都南京，成祖因為在北京起家，將都城遷過去。在中國整個地形上，北京偏於東北，和財賦來源的東南相距甚遠。最不利的是，北京離長城隻有100多裏，敵軍一破長城，快馬半天，就兵臨城下。金元兩朝以北京為首都，因為它們是來自北方的遊牧民族，不敢深入中原，如果有變，就可以立刻轉身逃回本土。明朝的情況卻不一樣。