甘肅自1949年以來的工業發展，主要靠的是優勢資源特別是礦產資源的開發。但目前境內重點資源出現嚴重短缺局麵，據《1997年中國區域發展報告》分析，甘肅省的資源稟賦條件按4分製得分僅為0．81分，在全國各省區屬於“非常好、很好、好、一般、差”5個等級中的第四等即“一般”級。更深層次的一個問題是，隨著知識經濟的發展，傳統的優勢資源對於經濟發展的貢獻和重要程度將逐漸下降，改革開放以來我國一些自然資源相對富集省份經濟每況愈下，而東部一些“資源窮省”反而突飛猛進，變成“經濟強省”的事實，說明這種趨勢正在進一步加劇。
（二）經濟結構的嚴重畸形導致要素收益水平低下，影響了要素積累和吸引的能力。
製約甘肅工業化進程的深層次原因在於落後、低效、計劃色彩濃厚的經濟結構。這種結構的畸形性除整體性的產業層次低下以外，還表現在三個方麵：
1．工業內部結構極不合理，資源開采、初始加工業和重工業所占比重過大。
這樣的工業結構決定了它們的主要產品大多屬於基礎性的上遊產品而非最終消費品，產品加工程度不高，附加值低。相反甘肅的主要消費品則是發達地區的附加值較高的深度加工品。在與發達地區的產品交換中，一方麵低價賣出了自己的能源、原材料等很多無法再生的資源，另一方麵高價買進了發達地區的日用品和耐用消費品，如此一進一出，造成了省內稀缺資源和要素的大量流出與浪費。
2．產業關聯度低，比較優勢和效益難以發揮。
與發達地區相比，我省經濟的產業關聯度很低。一是工農業長期處於兩條軌道各自運行，特別是以采掘業、原材料初始加工業為主的工業結構與農業呈現嚴重的“兩張皮”現象，本地農村不能為本地工業品提供有效的市場，本地工業也難以解決農產品賣難和農村剩餘勞動力就業的問題，整個區域市場無法有效啟動。二是甘肅的大中企業多是中央直屬的軍工、能源、原材料企業，其產業鏈條主要在全國分布，與地方小企業聯係少，對地方經濟的輻射帶動很弱。三是一個省範圍內產業科技水平相差甚遠，城市高科技設施和人才不能服務十分落後的工農業生產，從而造成了科研機構科研人員過剩與地方企業極需適用人才和技術奇缺並存的局麵。
3．國有老企業與民營新企業比例嚴重失調，造成機製轉換難，企業經營效率低。
甘肅的主要工業基礎是“一五”、“二五”和“三線”建設時期建成的國有企業。這些老企業除了曆史包袱沉重，技術改造難，產品更新換代難以外，更為頭痛的是計劃經濟的烙印太深，機製轉換困難，在市場經濟條件下適應性差，競爭力弱。而發達地區的企業中民營經濟和新企業比重較大，這些企業大多本身是改革開放的產物，先天適應市場競爭。就這樣不同的企業經營機製又造成了地區要素生產率的差距。2000年全國國有及非國有限額以上企業每百元工業增加值創利潤17．99元，甘肅省僅為4．07元，相差3倍多。
由於要素流動遵從利益最大化原則，畸形的結構勢必引起我省要素的流出大於流入。
從信貸資金的流動看，一是國家專業銀行改為商業銀行後，經營目標轉為利潤和效益最大化，銀行為了最大限度地規避風險，獲取利潤，不得不千方百計壓縮風險較大的貧困地區貸款。二是國家規定無論什麼銀行，對項目貸款必須要求有一定比例的資本金支持。由於我省自有資金十分缺乏，就是有好項目也難以籌措到規定比例的資本金，使很多項目的貸款更難落實。
從資本要素的流動看，新興的資本市場主要靠上市公司和股票發行等調節地區間的流動。而公司上市和股票發行，又有國家法定的企業規模、經營績效和資本數額，由於很難達到這種“底線”，甘肅不但不能通過資本市場有效聚集資金，反而又使一部分自有資金通過購買發達地區的股票、基金等流出。比如1994—1999年全國平均每省每年上市公司為4．9家，甘肅隻有1．67家；1999年全國資本市場融資總數為820．28億元，而甘肅僅為9．01億元。
從利用外資水平看，甘肅由於多種因素造成資金收益率較低。2000年全國實際利用外資493527萬美元，甘肅省隻有6235萬美元，在全國各省中居第24位。
從人力資本要素流動看，由於我省的企業環境、工資待遇、生活條件等遠遠落後於發達地區，高素質的專業技術人才早在改革開放之初，就形成了“孔雀東南飛”現象。近年隨著高校畢業生就業製度的改革和學生就業觀念的轉變，大批甘肅自己培養成長的優秀學生大學畢業後紛紛湧向發達地區，由他們引起的人才資源流失和人力資本投入的隱性外流對我省發展後勁的損失更是難以估價。
（三）製度與組織的嚴重缺陷導致要素內蓄力不足，從而使工業化發展缺乏內在動力。