我國二元經濟結構轉換過程中的產值結構與就業結構轉換的嚴重失衡，造成我國二元經濟結構轉換過程中的結構性扭曲。從工農業產值構成看，到80年代末，我國的工業已占國內生產總值的3／4，已基本實現了農業社會向工業社會的轉變，然而從就業結構來分析，到90年代末期，我國的第一產業仍占勞動力份額的1／2，基本上還是一個以農民為主體的農業社會。
就業結構與產值結構嚴重偏離，說明勞動力在社會各個產業之間的轉移還存在著較大的阻礙；同時，也表明不同產業間的勞動生產率水平存在著較大的差距。從這個意義上說，就業結構的轉換嚴重滯後於產值結構的轉換，是我國二元經濟結構存在的直接原因。
2．第三產業發展嚴重滯後於經濟發展
除日本以外的大多數發達國家的經濟結構轉換都表現為由第一產業向第二產業、第三產業依次漸進的結構演變模式。發展中國家與發達國家相比則表現為第三產業的超前發展，錢納裏等人的多國模型表明在發展中國家的經濟結構轉換過程中，“工業就業的增加，遠遠低於農業就業的減少，因此，勞動力的轉移主要發生在農業和服務業之間”。與此相反，我國二元經濟結構轉換過程中存在著第三產業發展嚴重滯後的特點。
我國產值結構中第三產業所占的比重，不僅遠遠低於中等收入國家的水平，甚至低於印度等低收入國家的平均水平。
而我國就業結構中第一產業就業份額過高，又和第三產業就業份額過低直接相關。我國1999勞動力就業結構中第三產業的就業結構僅高於1988年的泰國和1991年的巴基斯坦，卻低於80年代末、90年代初的其他各國。如果以我國90年代初的就業結構來進行比較，則我國第三產業的就業份額是上述各國中最低的（1991年我國第一、二、三產業的就業比重分別為60％、21．3％和18％）。
3．城市化發展嚴重滯後於工業化進程
從曆史上看，城市化與工業化是一個相互影響、相互推動的發展過程。在一國的工業化發展過程中，勞動力、資本和技術等生產要素不斷向第二、三產業轉移，與此同時，在空間結構上則不斷向區位條件相對優越的地點聚集，這種伴隨著工業化而產生的人口聚集效應是城市化發展的根本動力。錢納裏發展模式表明，在低收入區內，城市化率超過工業化率，但差異不大，在人均GNP大於300美元時，城市化率明顯高於工業化率。
在我國經濟發展與結構轉換過程中，工業化與城市化相互關係表現出與上述城市化發展規律完全不同的特征：我國的城市化進程嚴重滯後於工業化水平。1999年我國製造業比重為42．7％，不僅大大超過了處於工業化中期國家的水平，並超過了工業化後期國家的平均水平達10個百分點，而城市化指標僅相當於工業化中期的水平，為30．98％。
中國二元經濟結構轉換的特征既受傳統工業化道路和傳統經濟體製的影響，也取決於改革開放以來通過農村工業推進二元經濟結構轉換的非城市化發展道路。二元經濟結構轉換過程中的就業結構滯後於產值結構的轉換與第三產業發展滯後是直接相關的。塞爾昆在《工業化和經濟增長的比較研究》中發現，在工業化過程中隨著人均國民生產總值的不斷提高，服務業相對製造業來說。其就業彈性係數不僅大於1，而且呈現連續遞增的發展趨勢，與第二產業相比第三產業能夠吸收更多的勞動力就業。由於第三產業發展滯後，嚴重地影響了我國工業化過程中對農業剩餘勞動力的吸納能力。導致就業結構的轉換嚴重滯後於產值結構的轉換。而第三產業發展滯後的直接原因是由於二元經濟結構轉換的非城市化道路所造成的城市化發展滯後。這是因為第三產業與第二產業相比更依賴於城市化的進展。與第二產業不同，第三產業所提供的產品、服務具有生產與消費的同一性，它不像第二產業所提供的物質產品那樣可以在產地以外銷售和消費。因此，第三產業隻有在人口較為密集的城市才會有較大發展，而在人口密集度較小的農村由於受到需求不足的製約，發展第三產業與第二產業相比，成本高收益小。因此，要進一步推進中國的二元經濟結構轉換必須加速城市化發展進程，以帶動第三產業的發展，促進農村剩餘勞動力向非農產業的轉移。