將企業作為一個組織形式與利益主體，從微觀角度研究銀行內部的組織形態和經營管理，仍是業界與學術界廣泛關注的領域，而在BaselⅡ下的風險管理問題一直是近年銀行風險管理的熱門話題，風險管理既是商業銀行內部管理的重要內容，也是銀行監管的應有之義。
（一）商業銀行公司治理
1994年起，四大國有銀行開始向商業銀行轉變，1998年四大國有商業銀行開始實施資產負債比例管理，由此，國有商業銀行的公司治理問題開始凸現。2006年主要國有商業銀行成功上市，國有商業銀行的公司治理進入新的階段。
1.公司治理結構
楊洪波梳理了近年來有關銀行公司治理問題的研究文獻，發現大多研究都突顯銀行的特殊性，以及由此產生的特殊公司治理對銀行的重要作用。他認為一味強調監管和加強投資者保護似乎無法帶來預期效果，而強化信息披露製度、充分發揮私人部門專業化的自選擇機製對於完善銀行內部治理具有重要意義。
吳棟等通過考察商業銀行股權結構與銀行效率的關係，探討了我國商業銀行股權結構的選擇問題。他們采取SFA方法估計了我國14家商業銀行1998～2005年成本效率、標準利潤效率和可替代利潤效率，考察這些商業銀行股權結構與銀行效率的關係，結果表明，國家在戰略性地調整商業銀行股權結構時應采用國有法人股的方式，而不是國家直接持股的方式，允許具備一定條件的外國戰略投資者充當商業銀行的第2和（或）第3大股東在減持國有股過程中，相當多因素未清楚前，國家對4大國有商業銀行仍應絕對控股，控股比例最好在58%～74%，對其他商業銀行持股比例最好不要在10%～12%，以避免銀行效率陷阱。
鄭誌剛等從法律監管、市場競爭、公司控製權市場、媒體作用和稅務實施等外部公司治理機製和大股東作用、董事會和監事會、薪酬合約設計和利益相關者利益的平衡等內部治理機製兩方麵對國有商業銀行治理機製的有效性進行簡單評估，表明國有商業銀行無論是外部治理機製還是內部治理機製都存在巨大的改進空間，它們在股權結構、董事會和監事會、薪酬合約設計和職業關注以及利益相關者利益的平衡等各個方麵或者與所有行業公司治理平均水平持平，或者低於所有行業的平均水平。
2.激勵機製
易行健等對我國銀行業客戶經理績效評價和機理機製進行了探討。研究發現，模擬利潤考核是否有效的關鍵在於模擬利潤是否能夠準確反映客戶經理的各項活動對銀行利潤的貢獻。理論上，如果模擬利潤完全反映了商業銀行的真實利潤，那麼可以實現對客戶經理的最優激勵。但事實上，由於提高模擬利潤的精確性需要商業銀行支付信息搜集和處理成本，因此模擬利潤通常隻是真實利潤的一個近似反映，這時就會存在模擬利潤的激勵扭曲效應，導致最優激勵的無法實現和客戶經理努力的無效配置。因此，給定我國某一商業銀行信息搜集和處理能力以及信貸風險管理能力，可能存在一個最優的模擬利潤精確度水平，也可能無解，即目前我國某些商業銀行目前並不適合選擇模擬利潤作為考核客戶經理的績效指標。利潤模擬的方式多種多樣，存在不同的技術水平，國內銀行應該在考慮自身信息搜集和風險管理能力的基礎上采用合適的方法，而不應該一味追求先進。從長遠而言，我國商業銀行提高信息搜集和處理能力以及風險管理能力是確保客戶經理模擬利潤考核有效性提高和減少客戶經理努力無效配置的關鍵。
盧唐來等認為股權激勵有可能出現失效問題，即如果對商業銀行股權的評價標準選取不當，可能會使管理者無功受祿，侵蝕銀行的股東權益，激化管理者與員工的矛盾，但若對其進行完善，它仍不失為一種商業銀行長期激勵的好辦法。由於銀行是經營貨幣的特殊行業，本質上是經營風險，為此，考慮到一般期權激勵中存在的問題，作為衡量商業銀行績效的指標至少應扣除資本成本和風險成本，EVA正是這樣一個反映了商業銀行真實業績的指標，因此他們建議建立以EVA為核心的商業銀行股權激勵機製。商業銀行EVA=稅後淨營業利潤-經濟資本×經濟資本目標回報率。這裏的經濟資本也叫風險資本，是一個風險概念，具有下麵一些特點：首先，經濟資本是銀行管理層為評估業務風險而設的一個虛擬資本，隻是一個管理參數；其次，經濟資本是一個抵禦非預期損失緩衝器；最後，經濟資本的風險敏感性高，銀行對經濟資本的要求會高於法定資本及監管資本計算出的資本要求。
劉斌等探討了銀行家、企業家精神與商業銀行成長之間的關係。他們首先從企業家理論和貨幣銀行理論兩個維度對銀行家的內涵進行了界定，認為銀行家首先是企業家，如銀行家是市場機會的發現者、是社會資源的整合者、是金融創新的促動者、是社會風險的管理者、是商業銀行的卓越領導者，然後由於銀行業的特殊性，銀行家還具有一般企業家所不具有或少有的一些特征，如銀行家是社會信用的人格象征、是市場經濟的守門人、是風險管理專家、是社會責任的承擔者、是理性的創新者、是政治和經濟嗅覺敏銳的思想家。接著討論了銀行家能力、企業家精神與商業銀行成長之間的內在邏輯關係，揭示了銀行家對於商業銀行成長的重要作用。企業家精神對於商業銀行成長的促進作用包括微觀、中觀和宏觀三個層麵。最後，指出企業家精神的形成，並不是完全導源於企業家個體的天賦，企業家精神的形成還受製於經濟體製、法律框架與社會文化等製度環境。中國銀行家及企業家精神缺位因素包括體製性因素、產權因素、管理因素、市場因素和激勵因素。在此基礎上，提出了中國銀行家及企業家精神培育的策略選擇：營造良好的製度環境；進一步完善商業銀行的公司治理機製，建立銀行家產生的體製基礎；建立和完善銀行家的激勵機製，包括產權激勵、薪酬激勵和聲譽激勵；完善對銀行行長的約束和監管體係；全麵提升銀行家素質。