1.培育和發揮相對區位優勢的製度創新
蘇北接受上海經濟、蘇南經濟輻射發展的相對區位優勢仍處於現有製度體製下的形成過程中，其顯性特征還不夠強，需要進行強製性製度創新給予培育。
（1）改革蘇北快速交通束建設和經營體製。蘇北高速公路、鐵路、機場、港口建設基本上是以國家、省、市政府為規劃和投資主體，外資和民營經濟所占比重很小，且缺乏經營創新理念。因此，有必要進行蘇北快速交通束建設和經營的市場體製改革。改革的基本思路是：突破傳統理論束縛，承認快速交通束是商品或準公共品，可以實行資本經營體製；廢除準入限製，即對資本的所屬權、所屬地和數量不作準入限製；變革經營體製，即實行股份公司經營體製；建立蘇北快速交通束建設和經營新體製，即統一規劃，廣籌資本（吸收政府、銀行、企業、個人、國外資本），放開經營，滾動發展。改革蘇北快速交通束建設和經營體製，有利於已建線路有效營運，更有利於新建徐宿、淮揚鎮、連鹽鐵路、滬南城際鐵路（含蘇通鐵路大橋）立項快速建設。管理京滬高速公路沂淮江段的江蘇京滬高速公路有限公司由“管理”向“經營”跨越，通車一年的通行費收入和綜合經營收入分別達11億和7000萬元。這就展示了建立蘇北快速交通束建設和經營新體製的生命力所在。因此，進行製度創新，有利於蘇北相對區位優勢的培育和發揮。
（2）建立蘇北高速公路集團（股份）總公司和蘇北地方鐵路集團（股份）總公司。蘇北高速公路集團（股份）總公司和蘇北地方鐵路集團（股份）總公司統一規劃、建設、經營蘇北高速公路、地方鐵路。蘇北高速公路集團（股份）總公司和蘇北地方鐵路集團（股份）公司按現代企業要求組建和營運。
2.培育和發揮高校促進產業發展和人力資源開發優勢的製度創新
培育和發揮蘇北高校研發力量聚集及其對產業發展和人力資源開發優勢，必須進行蘇北普通高校體製創新。
（1）政府加大對國家獨資興辦的普通高校的經費投入，改革普通高校由國家獨資興辦的傳統體製。蘇北普通高校發展所需要的經費的缺口很大。蘇北現有普通高校基本上是由國家和省、市政府投資興辦的，民辦資本雖然也進入普通高校（主要投資於高職教育），但其份額很小。一方麵，政府應增加對國家獨資興辦的普通高校的經費投入，以解決“建校貸款”歸還問題和發展所需要的經費問題。另一方麵，要加快蘇北普通高校發展，必須改革傳統體製，允許和鼓勵民營企業和個人投資於普通高校。國有公辦普通高校可以改製，堅持國有公辦，允許國有民辦，也可試行國有校辦（學校建設投入可歸投資主體所有）。吸收大量民有資本是蘇北普通高校快速發展的重要條件。應通過改製使蘇北普通高校發展獲得大量資本。另一方麵，改革國有公辦普通高校管理體製，引入競爭機製，充分調動教師、管理幹部的教學、科研、管理積極性。
（2）創建普通高校省和市共建、區域聚集新體製。實行蘇北普通高校省和市共建體製，即省負責辦學管理和國有公辦普通高校經費投入，市承擔普通高校校區用地的零價格或低價格購買的經費支持或市儲備土地劃撥和市域普通高校聚集的校區規劃。實行普通高校省和市共建體製，能夠調動省和市辦普通高校的積極性，尤其是能獲得市對普通高校建校、擴校的支持。同時，實行普通高校省和市共建體製，有利於蘇北城市市區的普通高校區域布局和聚集，有利於建成“大學城”或“大學園區”，有利於發揮普通高校研發力量聚集優勢，有利於推動高科技產業園區的發展。因此，應著力創建蘇北普通高校省和市共建、區域聚集新體製。
3.培育和發揮農業產業化經營優勢的製度創新
農業產業化經營是市場經濟條件下，解決蘇北農業和農村經濟發展深層次矛盾和問題的現實選擇。因此，發揮農業產業化經營優勢，應進行區別於傳統農業生產方式和組織形式的誘致性製度創新。
（1）創新農業產業化經營體製。實施農業產業化經營，核心的問題是農戶聯係市場的經營體製創新。蘇北農業的最大特征是農戶分散經營和缺少大市場。因此分散經營農戶與大市場的連接就成為蘇北農業產業化經營體製的重要內容。具體說來，根據蘇北農業和農村實際，蘇北農業產業化經營應具有鮮明的創新特點，可以推行以下創新模式：一是“農戶+龍頭企業+市場+地方政府扶持”模式。其中，龍頭企業得到地方政府支持（資助）是“做大”的重要條件，應充分發揮蘇北地方政府扶持龍頭企業的作用。二是“農戶+龍頭企業+農業經紀人+大市場”模式。農業經紀人是影響蘇北農業產業化經營的不可或缺的重要力量。因此，應有切實可行的措施，大力發展農業經紀人隊伍。三是“農戶+龍頭企業+農業科技中介組織+寺市場”模式。農業科技組織是蘇北農業產業化經營科技含量提升的重要力量。大力發展農業科技中介組織，能夠有力地推動蘇北農業產業化經營體製創新。