（2）公積金使用效率不高，違規使用情況嚴重。在現行體製下，由於因缺乏資金投資手段和渠道造成資金大量沉澱，使用率不高。截至2003年9月，約有1375億元個人住房委托貸款餘額（約占歸集餘額的40％）沉澱在銀行，沒有發揮效益，造成了職工利益的損失，加大了資金保值的風險，這不符合資本受益原則。另外，由於住房公積金沒有營運的目的和機構，這塊資金實際在住房製度改革成為了地方政府可支配的資金，當地政府部門為了形象和政績挪用、占用住房公積金就是理所當然的事情，不良債權的形成，也不可避免。有些地方因公積金占用嚴重，不能收回，為了維持運轉已停止給職工計息，公積金製度的信譽遭到了衝擊。
（3）公積金管理工作不規範。按《條例》規定，住房委員會是住房公積金管理的決策機構，但大多數地方沒有健全住房委員會製度，以致公積金的管理實際上是地方政府分管領導說了算。目前存在的違規發放住房建設項目貸款、擠占挪用住房公積金、違規分配和使用增值收益等問題，根源就在於此。此外，在公積金管理中心的內部管理上也因缺乏競爭機製和目標模式造成機關作風，加上缺乏專業人員，使住房公積金管理因服務不善，造成信譽和形象受到影響，長此以往，將使公積金製度失去活力、缺乏競爭力。
2．發展和完善我國住房公積金經營管理體製的思路
（1）改進住房公積金繳存方法，增加住房公積金的總體規模。
①實行彈性公積金繳存製。我國地域廣闊，居民收入水平和住房需求狀況不一，而住房公積金的繳存比例卻是全市統一的，繳存比例適應性差。如果允許職工在全市統一規定的繳存比例基礎上，自行確定住房公積金的繳存比例，將會增加住房公積金的歸集額。因為住房公積金存款免征利息稅，一些有金融投資意識或急需改善住房條件的職工願意增加住房公積金的繳存額。
②在有條件的單位可追加住房公積金。在實行住房公積金製度以前，國有企業實行住房實物福利分配。在實行住房公積金製度以後，住房實物分配開始向貨幣化分配轉化。貨幣化分配的資金包括企業為職工所繳納的住房公積金，實際上來源於原先企業用於為職工建房或買房資金的一部分。為了提高職工的住房購買能力，盡快解決職工住房問題，在一些效益好的單位可追加住房公積金。具體辦法就是單位給職工所補助的住房公積金超過職工個人所交的公積金份額。
③依靠法律手段大力推行住房公積金製度。對於單位來講，資助其職工繳存住房公積金是應盡的義務；對職工來講，單位的資助部分是應該享受的權益，任何單位都不應剝奪。隻有通過使住房公積金歸集工作的法製化，才能推動和促進各種經濟成分，特別是非國有經濟成分建立住房公積金製度，在法律的約束下，凡是與企業簽訂勞動合同的個人，都應繳納住房公積金，企業也必須為職工承擔同等數額住房公積金。同時加大住房公積金繳交環節的監管力度。由政府部門牽頭，組織財稅、房改、審計、金融等部門參加聯合監管，對拒不執行國家房改政策，擅自不建立住房公積金製度，不交、欠交或截留挪用公積金的單位進行必要的處罰。
（2）實行存貸掛鉤，使住房公積金的使用更合理。我國的住房公積金在貸款時，隻注重借款人的支付能力，卻很少評估他對住房儲蓄的貢獻。這種做法會產生收益分配不公問題，同時加大了住房儲蓄長期融資的風險。我國的住房公積金，實行“低存低貸”。住房公積金貸款的使用人享受的住房公積金貸款與商業性貸款的利差，實質上是公積金繳存者“低存”損失的資金收益。更為突出的是，那些沒有能力從公積金取得貸款的儲戶，許多是中低收入群體，相反，那些能盡可能地將公積金低息貸款用足的人，常常是社會中的中高收入者。形成了大多數中低收入者用自己的儲蓄為少數中高收入者購房提供補貼的扭曲格局。這種住房公積金儲蓄與貸款的不對稱運作機製所帶來的風險也是顯而易見的。解決這個問題的方法在於借鑒德國住房儲蓄銀行模式，逐步改革住房公積金製度，具體見本章。
（3）充分發揮公積金的住房保障功能，重點解決中低收入家庭購房困難。由於目前全國各地的房價節節攀升，普通的家庭尤其是一些市政動遷戶無力承擔巨額的購房款，因此，決策者應當大膽創新，充分利用住房公積金，使中低收入家庭改善住房條件。具體的手段包括：
①結合各地實際情況，及時調高公積金貸款比例。由於房價上漲，原先個人住房公積金貸款的最高限額也應當作出相應調整。