2006年，國務院發布了《關於解決農民工問題的若幹意見》，是我國第一次以政府名義發布的全麵係統地解決農民工問題的指導性文件。此後，甘肅省也相繼出台了一些相關的政策法規，如《甘肅省政府解決農民工問題35條意見》、 《甘肅省建設領域農民工工資保證金管理辦法》等，並於2007年召開了農民工工作聯席會議。這些舉措有力地保障了農民工權益，改善了農民工就業環境，取得了明顯成效。但是，城市農民工麵臨的問題仍比較突出，主要集中在社會保障、維權、心理健康以及發展問題等方麵。
(一)城市農民工的社會保障問題
1．農民工存在嚴重安全生產隱患，缺乏真正的工傷保險。通過調查發現，77．8%的農民工沒有參加任何社會保險。參加工傷保險或有工傷醫療補助的僅占9．8%。農民工所從事的行業，很多是高危行業，意外傷害和職業病侵擾在所難免。農民工出現工傷接受初次醫療後，用人單位與這些傷殘人員一般再無瓜葛。至於醫療以外的傷殘待遇，如護理費、輔助器具費(假肢等)和傷殘撫恤金及補助金等項目幾乎沒有。在被調查的農民工中，享有醫療費報銷的僅占12．9%。
2．農民工存在嚴重的失業風險，缺少失業保險。在被調查的農民工中，59．5%的人曾有過失業的經曆，這一比例要比城鎮登記失業率(2006年為3．6%)①高得多。這是因為農民工在非正規部門工作的比例大，加之正規部門的二元用工製度，所以他們麵臨著極大的失業風險。但是在被調查的有用人單位的農民工中僅有2%的人享有失業保險。
3．農民工難以支付大額醫藥費，缺乏疾病醫療保險。在調查中，有77．5%的農民工在打工期間生過病，有些人甚至多次生病，45%的生病達3次以上。農民工生病後有77．2%的人花錢看病，20%的人超過了1 000元，13．5%超過2 000元，10%的人看病花費在5 000~20 000元。一旦患大病，便會失去工作機會，回家治病，而這又常常導致剛剛脫貧或已走上小康的農戶”因病返貧”、”因病致貧”。
4．城市農民工自我養老意識淡薄，缺少社會養老保險。調查發現農民工關於養老問題的打算呈現出明顯的年齡組差別，真正考慮到自身養老的人多是高年齡組的人。但也僅有4．1%參加養老保險，後顧之憂難以解決。20年後，這批農民工逐步進入老年階段，屆時他們的老年生活將麵臨嚴峻挑戰。
(二)維權問題
隨著政府對農民工1=資、維權等方麵的進一步重視和宣傳，農民工的工資、福利待遇和勞動權益問題正在得到改觀。在調查中，當其權益受到侵害時，有37．3%的農民工會向勞動監察部門投訴，17．3%的會向媒體尋求幫助，6．5%的找律師為自己討回公道。
但必須看到，當前農民工勞動權益得不到保障的問題依然嚴峻，有38．4%的農民工仍然采取忍氣吞聲的辦法，不以申訴，主要原因：一是農民工合同簽訂率低。調查中，65．6%農民工認為簽訂合同對自己的權益有保障，但隻有28．6%的農民工與單位簽訂了合同。沒有簽訂的原因中，有18．9%是單位不簽，37．1%認為自己是單幹，27．7%是自己不願意，想幹就幹，不想幹就走，還有16．4%不知道合同為何物。二是維權體製不健全。目前，涉及農民工的高發侵權案件，主要是工傷和勞資糾紛。按照《勞動法》規定，勞動爭議案件必須經過勞動仲裁，才能向法院起訴。但現行勞動爭議仲裁時效60日的規定太短，使得眾多農民工延誤維權的時機。此外，仲裁、訴訟環節過多，必要程序全部走完一般需要1~2年，有的到案件終結時用人單位已不存在或相關責任人已無從查找，迫使農民工到處申訴告狀。三是很難正常行使民主權利。農民工在企業裏缺少主人翁地位，勞動工資集體協商製度沒有得到執行。許多民營企業特別是中小企業還沒有建立工會組織。一些公有製企事業單位，把農民工劃入另冊，與原有的城鎮職工待遇差別大，有的還不能參加職工(代表)大會，不能行使正常的民主管理權利。四是侵犯人身權利的事時有發生。有些企業對農民工實行”封閉式”管理，限製人身自由，有的采取扣留身份證、搜身檢查等非法手段，有的甚至隨意體罰、打罵農民工。
(三)心理健康問題