使日航員工的核算意識飛躍性增長的"部門獨立核算製度"是指……日航複興的雙引擎是"意識改革（日航哲學）"與"部門獨立核算製度"。部門獨立核算製度也因"阿米巴經營"而聞名於世，自2011年4月起正式被引入日航。
部門獨立核算製度是指京瓷創立後稻盛分割了日益膨脹的組織，並把經營交付給了擔任自己"分身"角色的領導。它是以追求極嚴謹的核算與培養領導人才為目的而策劃的，借稻盛的話來說，就是"將龐大的組織通過獨立的核算分為小的集團，並為那樣的小組織任命領導，以共同經營的方式來經營公司"（稻盛和夫著《阿米巴經營》，日經business人文庫）的經營管理體係。正在致力於研究阿米巴經營的神戶大學大學院三矢裕教授表示："這是向更多的人轉讓權限，大大提高組織成員經營參加度的做法。"在大企業中經常采用的事業部製與公司製中，公司的社長和事業部長對部門的利潤負有責任，並且，事業部的營業部門總被視為提高收入的利潤中心，而負責生產的工廠卻被視為消耗費用的成本中心。生產部門會以生產的原價將產品轉交給營業部門。
相反，在部門獨立核算製度中，隻要能控製好收益，組織就會越來越被細化。被細化後形成的小集團就是阿米巴，其最大的特征就是：所有的阿米巴都有銷售額與成本，即每個阿米巴都是可以通過"銷售額-費用=利潤"的公式來計算的利潤中心。為了方便公司內部的各個部門進行交易，還專門設置了"內部價格"。
這個體係就是"模擬中小企業"，據說是稻盛從對經營負全責而拚命努力存活的中小企業中得到啟示創造出來的。各個阿米巴的領導就是其社長，社長的任務就是最大限度提高阿米巴的利潤，為了提高核算，他們就必須自主思考並作出決策。自然而然地，他們的核算意識與經營參加意識就會獲得提高，從而就能達到培育經營者的效果。在部門獨立核算製度中，不可缺少的一點是作為提高核算時判斷依據的經營信息被廣泛公布並受到反饋。
為了最大限度提高自己的利潤，各個阿米巴就會產生想要從前一工程廉價買入並向後一工程高價賣出的動機，就有發生利害衝突的風險。在這種情況發生時，"哲學"規定了他們應該以怎樣的姿態和思維方式應對，因此，有人將"哲學"和"部門獨立核算製度"看作是兩件套，將其並稱為"阿米巴經營"。
"日航複興的兩大引擎"，事實上真的發揮了效用嗎？
每天都追逐數字吧
會計是經營的中樞，稻盛平時一直這樣強調。
"會計數字相當於飛機座艙中測量儀器的數值，必須發揮方向指示燈的作用促使經營者正確地達成目標。"當時，稻盛自己可能做夢也沒有想到，接受日航的董事長一職以後，這個寓言會變成現實。
在破產前的日航中，國內、國際營業本部隻對收入負責，而對支出沒有責任，因此，不僅收支的責任主體不明確，甚至想要拿到收支的實際數字都要花費不少時間。
掌握每條航線的收支耗費的時間從三個月縮短至一天稻盛等從外界投身於日航的新經營層向會計部門提出了被稱為"會計改革"的兩項要求。
第一是希望會計部門"每月"都能做出明示集團全體利潤與財務狀況的"共同決算"。另一個是希望會計部門"每天"都能明示每條航線的收支。
如果說會計數字相當於飛機上測量儀器的數字，那麼如果它不能非常正確地反映飛機接近實時的狀態的話，就會有做出錯誤操作的風險。
在破產前的日航中，每月決算的內容隻包括日航本體的"單體決算"。共同決算與每季度的決算公布相統一，每三個月進行一次。而每條航線的收支也一直是每三個月做一次彙總並向經營層報告的狀態。
會計部長榎原伸一表示，之所以會保持那樣的狀態是因為"被告知每月決算隻做單體的就行了，而且從來沒有像那樣對每條航線收支情況及時彙報的要求"。
因為從前沒有那樣的思維方式，也沒有過經驗，所以剛開始完全摸不著頭腦，不知道到底該怎麼做好。
即便如此，因為經營者說需要這些，所以我們也隻能盡力完成。
另外一個難關是因為對提前退休的征集，許多工作中心人員都離開了公司，但令人感激的是，那些人員充分地考慮了以後的工作，為我們留下了許多竅門。我真的非常感激。
雖說要以共同基礎來掌握數字，但事實並不如嘴上說出來那樣容易。
通過留在公司的會計部員工們的不懈努力，共同決算早在2010年5月就"部門獨立核算製度"被正式引入是在2011年4月。在此之前，會計改革就已經啟動了。
在東日本大地震中發揮效果的會計改革每條航線收支的掌握速度提高真正呈現效果是在2011年3月東日本大地震襲擊日本的時候。對國內航線負責的國內路線事業本部長菊山回顧了當時的應對方法。