組織創新是增強企業核心能力，實現無形資本再造的關鍵環節，沒有它，甚至連技術創新都不能很好實現。組織創新應遵循組織結構適應於戰略的原則，並從三個方麵著手：一是要突破傳統層層分級職能製的束縛，構建靈活、高效、扁平式的新型企業組織。這種企業組織是以加快信息傳遞為基礎的，一方麵組織適應信息溝通的需要；另一方麵，利用信息技術發展大幅精簡企業中間管理層。二是以人為中心，以流程為中心，實行分權化。“以人為中心”就是通過改變組織成員的態度和人際工作關係來達到改進組織績效的目的；“以流程為中心”就是將“過程”作為構件來構建組織，即把過去的專業職能部門轉變為以任務為導向、充分發揮個人能動性和多方麵才能的過程小組，這種組織稱為“過程組織”；“分權化”是針對“集權化”而言的，它有利於分散決策，提高決策效率。同時，它要求變革和精簡機構，加寬管理幅度。三是加強團隊建設。核心團隊由企業核心部門的人員組成，直接麵向顧客，資產專用性較強，因而體現出較高的組織效率。企業可根據自己的特點，分別圍繞研究與開發、生產和營銷來組建核心團隊。四是內部行為市場化。將市場交易原則引入企業內部，在各生產部門、輔助生產部門、R＆D部門、營銷部門、後勤服務部門和信息部門等之間實行獨立核算，以開展有償交易。這種市場化的企業內部組織不但使組織結構扁平化，而且顯著提高了經營效率。正如德魯克所注意到的，企業內部的競爭比企業外部更加激烈。內部組織的市場化能從根本上克服科層組織的官僚主義，消除各部門間“混吃大鍋飯”的現象，能激發出組織的活力與創造力。特別是對承擔技術創新的團隊來說，更便於發揮其積極作用。由此可見，以扁平化為重要特征的組織創新，不但是改進企業效率的關鍵，而且是提高企業核心能力，實現無形資本再造的基礎。
三、管理創新與無形資本再造
管理是人類分工的產物，也是現代企業生產經營活動的核心。管理需要不斷創新，隻有創新，才能進一步提高管理效率，提高企業效率和效益，提高企業核心能力，為無形資本再造創造前提條件。企業管理創新是一項複雜的係統工程。從係統的觀點來看，企業管理創新是指企業的管理者不斷根據市場和社會變化，利用新思維、新技術、新方法、新機製，創造一種新的更有效的資源組合範式，以適應和創造市場，促進企業管理係統綜合效益的不斷提高，達到以盡可能少的投入獲得盡可能多的綜合效益的目的的具有動態反饋機製的全過程管理。企業管理創新應能涵蓋市場經濟要求充實的新的管理層麵和內容。這不僅體現在對科學管理的繼承和完善上需要更新崗位設計和重組工作流程，更體現在對經營觀念、經營戰略、管理規範、管理方法和管理技術以及企業文化整合上進行的係統性調整。企業管理創新作為一項係統工程至少應包括以下七個方麵的內容。
（一）管理理念創新
從國際環境看，自20世紀90年代以來，世界企業開始掀起新一輪的管理變革浪潮，新的經營理念和管理學說應運而生。從國內環境看，經濟體製尚處於轉軌期，政企分開的製度環境正在建設過程中，企業製度雙軌製並存並呈膠著狀態，傳統的管理思維和方式方法還在頑強地發生作用。但從現代企業製度要求的管理科學的高度看，必須摒棄越來越不適宜的經營管理思想，完成以下轉變：管理績效的評價標準要從是否遵循長官意誌轉變為綜合效益的完成量；管理的內容要從管理方式是否需要強化、管理形式是否需要更加嚴格轉向崗位職責、工作流程、規章製度的科學性和有效性以及對於資金、人才、時間、物質的使用效率的實質性控製管理方式要從家長專斷型的隨意管理轉向基於廣泛谘詢的、遵循決策程序的科學管理，從事無巨細的越級幹預到注重決策和預算的權責明確的層級管理；管理的機製要從對企業員工的形式化約束轉向建立互動式自我教育與激勵型行為規範；管理的目的要從單純完成企業利潤目標轉向對內維持和諧穩定的一致性，對外增強持續不斷的適應性；管理的心態也要從追求一勞永逸轉向動態和持續創新。凡此種種都是從小生產意識向社會化大生產管理理念的革命性轉變。管理理念的創新重在用新的策劃、新的技巧、新的形式打破陳舊平衡，敢於標新立異，貴在圍繞社會效益、眼前利益和長遠利益，形成管理特色。
（二）戰略創新
經營戰略是對企業長遠發展的全局性謀劃。在早期的企業管理中沒有經營戰略，它是經濟市場化進程中的必然產物。戰略管理應該是企業的自主行為，在傳統的計劃經濟體製下，企業不是獨立的經濟主體，故沒有自己的經營戰略和戰略管理。現代企業製度的建立要求填補這個空白。經營戰略是一種以變革為實質的概念。國有企業要想在激烈變化、嚴峻挑戰的環境中求得生存與發展，就必須通過不斷革新來創造性地經營企業。也就是要通過實施具有創新實質的經營戰略，使企業實現內部和諧運作與外部持續適應的雙重目標。經營戰略創新所要解決的本質問題：①應該創新什麼？②應該向什麼方向創新？③應該創新到什麼程度？④如何實現這些創新？國有企業經營戰略大體可分為三個層次：總體戰略、經營單位戰略和職能部門戰略。國有企業的管理者應樹立“戰略隨著環境走，能力跟著戰略行”的觀念，采取戰略分析、戰略製定、戰略選擇、戰略實施等步驟，通過采用SWOT法（這裏S是指企業內部的優勢，W是指企業內部劣勢，O是指企業外部環境的機會，T是指企業外部環境的威脅）對企業經營收益、風險、利潤相關者的反應、市場前景等作出評價，並領導、組織、管理好經營戰略創新的過程。
（三）製度創新
有了良好的組織結構，還需要有科學的規章、嚴密的程序做保障。目前還有相當一部分國有企業管理職責設計比較粗糙，管理環節之間缺乏明確的程序，規章製度常常停留在紙麵上，職工民主管理往往流於形式，決策隨意、製度不嚴、無章可循、有章不循，違章不究的現象時有發生。在建立現代企業製度過程中，既需要對基礎管理進行補課，又需要根據經營戰略，對管理規範和業務流程進行調整和動態更新，使企業在采購、研發、生產、銷售、財務以及後勤保障等各個環節都建立起合理的規範和工作流程，把創新滲透到各個環節，作為經常性的主要管理職責，以適應市場競爭的要求。要積極借鑒國外企業現代管理規範，探索和形成一整套有中國特色的現代企業科學管理製度。從目前看，需以ISO係列質量保證體係建立為契機，創新管理規範。