為了保證捉拿鼇拜行動的順利進行，在行動之前，康熙還不露聲色地將鼇拜黨羽以各種名義先後派出京城，以削弱其勢力。
康熙八年（1669年）五月中旬，一切安排就緒。康熙於十六日親自向善撲營做動員部署，並當眾宣布鼇拜的罪過。隨即以議事為名將鼇拜宣召進宮擒拿。當時鼇拜全然沒有覺察到異常情況，一如往常那樣傲氣十足地進得宮來，甚至於看到兩旁站立的善撲營人員時也沒有產生懷疑，因為在他看來，年輕的康熙不會也不敢把他怎麼樣，因而將善撲營人員聚集宮中看作是康熙迷戀摔跤遊戲的一種表現，根本沒有想到自己很快就要成為階下囚。
康熙待拿下鼇拜等人後，親自向議政諸王宣布了鼇拜的有關罪行：營私結黨“以欺朕躬”；禦前隨意嗬斥大臣，目無君上；打擊科道官員，閉塞言路；公事私議，“棄毀國典”；排斥異己等。總之是“貪聚賄賂，奸黨日甚，上違君父重托，下則殘害生民，種種惡跡難以數舉”，要求議政王大臣會議勘問。
以康親王傑書為代表的議政諸王，原本不滿鼇拜的專橫跋扈，現在見皇上已擒拿鼇拜並令其勘問議罪，所以很快就列出鼇拜欺君擅權、結黨亂政等三十款大罪，議將其革職立斬，其族人有官職及在護軍者，均革退，各鞭一百後披甲當差。
處理意見上報康熙後，康熙又親自鞫問鼇拜等人，並於五月二十五日曆數其“結黨專權，紊亂朝政”等罪行後，宣布：鼇拜從寬免死，仍行圈禁；遏必隆免重罪，削去一應爵位；畏鼇拜權勢或希圖幸進而依附鼇拜的滿漢文武大臣均免察處，並於六月七日降諭申明：“此等囑托行賄者尚多……俱從寬免”，從而有效地防止了株連，穩定了人心。凡受鼇拜迫害致死、革職、降職者均平反昭雪，已故輔政大臣蘇克薩哈等人的世職爵位予以世襲。因而此案的處理頗得人心。
議處鼇拜、廢除輔政大臣體製後，重要的批紅大權收歸皇帝之手，康熙從此便堅持自己批閱奏折，“斷不假手於人”，即使年老之後也是如此，從而防止了大臣擅權。康熙還從鼇拜事件中吸取教訓，嚴禁懷挾私仇相互陷害。
康熙智除鼇拜，一方麵除去了自己親政的最大障礙，同時對其他權臣起了震懾作用。整個事件的處理非常周密、完滿、妥貼，充分顯示了青年康熙在政治上的成熟。
[智慧方圓]現代領導學中十分強調合理授權，其實要點全在“合理”二字，因為在中國曆史的各朝各代，不管朝廷管理機構如何變更，領導者的風格如何多樣，沒有一定的授權任何事都辦不成，管理機構的運轉便沒有效率。問題的關鍵是如何把授權控製在合理的範圍內，而對於必須由自己掌握的核心權力是一絲一毫不能放鬆的，這是個有方無圓的原則問題。