1.合作方式
所有化解衝突的方式中，合作解決無疑是最有效、最平和的一種。特許關係雙方就衝突的原因、各自應負的責任與後果進行洽談或協商，最後達成雙方都能接受的方案，化解衝突。合作方式解決衝突的益處在於不僅能夠保留特許人與特許加盟商之間的長期合作關係，還會由於雙方在衝突解決過程中的頻繁溝通，消除他們以往在一些問題上的爭議和懷疑，在某些方麵達成共識，這樣關係就得到了增強，而不是削弱。近來出現了一種合作解決爭議備選方案（ADR），這種方法傾向於“非正式協商”，而不是通過正式的仲裁或訴訟。它通過一個獨立的第三者協調雙方立場，最後達成雙方都可接受的解決方案。由於特許人與特許加盟商都認識到，持續且相互依賴的特許關係在傳統的法庭裁決做出之後，很難再繼續維持，所期望的“雙贏”事實上成了“雙輸”，所以這種解決爭議備選方案日益受到特許連鎖經營業界人士的青睞。
當然，解決爭議備選方案和尋求雙方都能接受的合作解決方案並不是在任何情況下都適用。當特許一方對另一方造成嚴重損害或有一方嚴重違約時，例如，特許連鎖經營的知識產權受到威脅，這種解決方案就不適用。此外，當信任和溝通完全崩潰，雙方隻存在法律關係時，解決爭議備選方案就不怎麼有效了。從特許人和特許加盟商的雙方利益考慮，最好在雙方還存在一些商業和個人關係的基礎時，著手處理衝突。因為在這一階段，中間調解人還有可能使衝突雙方達成可接受的解決方案，從而使雙方關係得以維持。
2.法律方式
如果特許人與特許加盟商的關係真的到了相互無法共處的地步，那麼按照特許合同中有關爭議解決條款和所適用的地方法律法規，對簿公堂就成了最後選擇。當然這是任何特許人與特許加盟商都不願意看到的結局，因為這樣一來雙方都要投入許多精力、時間和金錢。在法律麵前，特許人與特許加盟商將力爭所能，把有利於自己而過錯在於對方的證據擺出來。最後不管判決如何，他們都會深感疲憊，深引為戒。
盡管誰也不願意看到這樣的情形，但為了維護自己的合法權益，在對方確實嚴重違反合同約定或承諾，損害特許體係利益或侵犯法律法規時，訴訟也將是保障單方權益的合理的或必要的途徑。例如當特許加盟商擅自改變體係商標，或把體係的知名商標用於其他未被授權的領域，或特許加盟商的經營嚴重影響了體係其他加盟店的業務或體係的整體形象，特許人對特許加盟商提出警告或處罰都難以糾正特許加盟商的錯誤行為時，特許人對特許加盟商進行起訴也是正當行為。因為此時的特許人代表的是整個體係包括其他特許加盟商的利益，雖然最後這名不合格的特許加盟商被趕出了特許體係，但特許人捍衛了其他大多數特許加盟商的權益。而當特許人違反了合同約定或原則時，特許加盟商也有權對特許人提起訴訟。
我們已經知道，特許連鎖經營合同往往是由特許人起草的格式合同，這種合同偏重於保護特許人的利益，因此訂約雙方表麵上的平等為事實上的不平等所代替。特許加盟商即使認為某些合同條款不夠公平合理，也很難對其進行修改。因此對特許連鎖經營合同要更強調自願、公平、有償的一般原則以及善意和公平交易的默示條款。
國際商會（International Chamber of Commerce，ICC）1998年4月15日出版的《國際商會標準特許連鎖經營合同》（ICC Model Franc hise Contrac t，以下簡稱《標準合同》）第二部分第七條“誠信原則”規定：“雙方在合同的解釋和履行過程中應遵循誠信原則，尤其應盡量對對方勤勉、忠誠與合作。”任何一方違背公平、誠信原則，另一方即可根據法律規定要求對方賠償損失。例如，美國三大快餐巨頭之一的地鐵快餐（即 SUBWAY，賽百味快餐）在20世紀90年代以來卷入的數百宗訴訟案中，其中依照合同原則和善意交易的默示條件要求特許人賠償的案件占有很大的比重。