1.經濟利益方麵
特許人與特許加盟商最容易因經濟利益而產生糾紛與衝突。贏利性是特許人與特許加盟商所共同追求的目標，並且也是維係他們之間關係的物質基礎。他們之間關係的好壞歸根到底在於經濟利益上是否滿意。特許人與特許加盟商之所以會在經濟利益上產生衝突，主要是因為雙方沒有就以下一些方麵達成諒解：
（1）加盟商特許分店的經營業績達不到他們的預期。當加盟商下定決心在特許合同上簽字時，他們就已經對加盟店的經營進行了規劃和製定了目標，那時他們堅信特許體係的實力，相信特許體係能夠給他們帶來很好的收益。但如果在經營一段時間之後，他們發現每月或每季的銷售額增長並不大，卻還需要定期向特許人支付特許權使用費，他們就會產生懷疑，就會頻頻向特許人詢問或抱怨：為什麼我的經營業績會出現問題。其實，許多特許體係和專業的特許連鎖經營谘詢機構向意欲加盟特許體係的個人或企業提出過忠告：特許連鎖經營對於大多數特許人和特許加盟商來說都不是一個快速致富的商業機會。當然其中會有一些人很快就富起來，但許多特許人都認為他們的業務將是一項長期投資，並且他們盡量回避那些隻對快速掙錢感興趣的潛在的特許加盟商。事實上，如果特許加盟商在資金和心理上沒有做好業務長期停滯不前的準備，他們就不應從事特許連鎖經營。幻想一夜變成百萬富翁的特許加盟商是非常不現實的，特許連鎖經營和任何商業機會一樣，需要特許加盟商付出努力、耐心與信心去經營。
（2）後期特許費用過高，特許加盟商難以承受。特許加盟商在加盟時需要繳納一筆加盟費，並且在後續經營管理中還需要持續向特許人支付必要的費用，其中包括定期的特許權使用費、銷售收入中3%~5%的廣告基金、後期培訓費、谘詢顧問費等等，這些項目對於特許加盟商來說，或許是必須的投入，因為這是特許人給予特許加盟商支持所得到的合理回報。但對於一名在業務上剛剛起步或業務經營尚不算興旺的特許加盟商來說，這種負擔是沉重的。尤其是在特許加盟商經營上陷入困境，一方麵資金周轉不靈，另一方麵需要向特許人支付相關費用，他們的感覺更是雪上加霜。這時，特許加盟商與特許人發生衝突的概率是非常高的。
（3）特許人的策略發生變化，給特許加盟商帶來額外成本。我們已經說過，一個特許體係中的重大經營決策基本上都是由特許人做出的，盡管為了體現決策的民主性，特許體係會以特許加盟商顧問協會、管理委員會等形式把特許加盟商團結起來，共同參與體係的決策，但眾多特許加盟商規模不一，經營業績差異很大，對於體係的要求以及與體係的關係不一，相互之間本身就存在著利益上的不一致，他們在與特許人談判時，力量分散，談判的結果眾口難調，難以滿足各方的要求。這種情況下，決策與個別人或小部分人的利益不相符，這些人反對特許人的決策，與特許人貌合神離甚至發生衝突的可能性也會很高。
2.支持係統方麵
支持係統是維係特許人與特許加盟商之間良好關係的紐帶。通過支持係統，作為母體的特許人把信息、管理經驗、優質的產品和服務、專利技術等源源不斷地輸送給特許加盟商，使後者得以健康發育和發展。並且在特許加盟商的獨立運作中，特許人還經常參與到特許加盟商的實際業務中去，適時地給予建議和協助，保證特許加盟店茁壯成長，增強他們抵禦風險的能力。如果缺乏特許人的支持，或特許人的支持不充分，特許加盟商將無法獨立參與市場競爭，生存就有可能受到威脅。一旦特許加盟商對特許人的支持產生不滿，特許加盟商就會埋怨特許人沒有很好地盡到在特許合同上約定的義務，許下的承諾，把經營上的失敗都歸罪於特許人的支持不力，而且特許加盟商會拖延繳納特許費用，並相應地也開始不履行自己的義務。
特許加盟商認為特許人支持不力可能會表現在以下一些方麵：
（1）培訓：方式不科學，課程設計不合理，講師素質不高，培訓時間安排不恰當等，導致特許加盟商的培訓效果不顯著，浪費了特許加盟商的時間與金錢；
（2）信息：信息溝通不及時，傳遞渠道不通暢，特許人隱瞞或不切實際地傳遞了一些信息，貽誤了特許加盟商的市場時機；
（3）貨品供應：原材料價格上漲，數量上難以保證，供應商或供應方式發生的變化使特許加盟商無法很快適應，導致特許加盟商在產品供應上出現臨時問題；
（4）財政：無法給予特許加盟商必要的資金融通，導致特許加盟商資金緊張；
（5）谘詢顧問：顧問提供的建議沒有使特許加盟商的經營得到改善。
此外還有其他一些方麵。總之，當特許加盟商對特許人的支持產生懷疑或不接受時，特許人與特許加盟商之間的關係就很容易亮起紅燈。
3.經營管理方麵
如果特許人的經營管理不符合特許加盟商的期望與要求，也很容易引起特許人與特許加盟商之間的衝突。特許人科學的經營管理將帶領整個體係向前發展。“管理贏天下”，無論以何種形式發展的企業，“領導層”的管理都主宰著企業及員工的命運。據美國鄧思和布茲特裏斯信用分析公司多年來對破產企業的調查分析，幾乎有90%都是由於管理不善造成的。在特許體係這樣一種所有權鬆散的組織中，特許人的經營管理更是意義重大。特許加盟商在加盟時，所看中的除了特許人在產品、品牌、技術等知識產權方麵的優勢外，還有就是特許人在多年發展過程中所積累起來的先進的管理經驗。特許加盟商看到特許體係的樣板店的經營業績，看到其他先期加盟的特許加盟商的經營報表，分析了特許人門店的成功率，確信特許人能夠在管理上很強有力地扶持他們成長，才會放心加盟。如果特許人管理上出現問題，特許加盟商將是最大的受害者，因為他們所仰仗的後盾失去了威力。這個時候，特許加盟商與特許人關係上出現問題也是很正常的。