自伊斯蘭教傳入後，佛教和印度教的影響逐漸減弱，信徒越來越少，目前其教徒主要集中在巴厘島、龍目島及爪哇中部和東部一些地區。從民族上看，除巴厘、龍目島居民和部分爪哇人外，還有不少華人也信仰佛教。在一些華人集中的大中城市都可見到華人的佛教廟宇。曆史上傳到印尼的佛教屬於大乘教派，也有密宗教派。但如今印尼的佛教各教派都或多或少地受到印尼的原始信仰及印度教的影響。巴厘島幾乎未受到伊斯蘭教的影響，是印度教在印尼的最後一塊陣地，島上印度教寺廟比比皆是。巴厘和龍目島的印度教教徒過去長期保留著婆羅門教的種姓製度，直至印尼獨立後才漸漸消失。巴厘人信仰的印度教已融人了當地的傳統習俗，不同於正宗的印度教，因此人們習慣上稱它為“巴厘印度教”。
伊斯蘭教在佛教和印度教之後傳入印尼。公元13世紀時，印尼沿海(尤其是蘇門答臘北部)港口城市在海上香料貿易中蓬勃發展，成為東南亞地區海上交通要衝和東南亞與西亞、中國進行貿易的必經之路和集散地。許多信仰伊斯蘭教的波斯人和古查拉人以及少數真臘人和占婆人在貿易和日常交往中把伊斯蘭教傳入了這些港口城市的上層社會。不久蘇門答臘北部的巴賽國、八兒喇國(現在的亞齊特區)便成了伊斯蘭教的天下，成為向東南亞傳播伊斯蘭教的據點。接著馬六甲伊斯蘭化，成為向東南亞各國傳播伊斯蘭教的中心。15世紀，爪哇北部沿海新興的萬丹國、淡目國、蘇門答臘島北部的亞齊國以及蘇拉威西南部的高阿國都已接受了伊斯蘭教。
後來伊斯蘭教聖人馬立克·伊卜拉欣等人去爪哇內地廣泛宣傳伊斯蘭教，至16世紀時，爪哇大部分地區都已處於伊斯蘭教影響之下。伊斯蘭教所以能夠在印尼許多地區傳播開來，主要原因是它主張經商及財產的私人占有，非常適合當時印尼各地新興貴族及上層人物的胃口。此外，最初傳入印尼的是伊斯蘭教的蘇非派，它帶有濃厚的神秘主義色彩，與印尼人原先信仰的印度教、佛教中的神秘主義成分有許多相似之處，因而印尼人對新傳來的宗教並不感到陌生。在西方殖民者入侵並統治印尼後，伊斯蘭教的發展曾出現過停滯，但在19世紀時，印尼全國，尤其是在蘇門答臘島掀起了伊斯蘭教複興運動，主張淨化、發展伊斯蘭教，使伊斯蘭教在印尼廣泛傳播開來，以致成了今日印尼最大的宗教。
印尼的伊斯蘭教徒主要是遜尼派沙斐儀教法學派，他們遍布蘇門答臘島、爪哇島、加裏曼丹沿海及蘇拉威西南部地區。就民族而言，爪哇族、巽達族、亞齊族、米南加保族、馬來族及布吉斯族中信伊斯蘭教的人最多。其中亞齊族信徒最為虔誠，其次是米南加保族。在這兩個民族集中的亞齊特區和西蘇門答臘省，伊斯蘭教色彩非常濃厚：有伊斯蘭經堂教育，有正規的伊斯蘭教小學、中學乃至大學；人們的民族服裝色調、樣式樸素，女人的服裝很少裸露，相當多的女教徒戴麵紗；教徒們大都嚴格履行伊斯蘭教的“五功”，並把去麥加朝聖作為自己的終生願望。在爪哇島，伊斯蘭教氣氛及虔誠教徒所占比例，總地來說均不如上述兩地。有些教徒平時很少盡其宗教職責，有的甚至連最基本的念功和拜功也很少去做，隻是在遭遇不幸或遭受災難時才想起禱告，祈求保佑，一如我國俗話所說的：“平時不燒香，臨時抱佛腳。”天主教和基督教新教是由西方殖民者帶入印尼的。16世紀初，葡萄牙人率先到東方尋寶，用武力征服了戰略要地馬六甲，從而打開了西方人進入印尼的大門。緊接著荷蘭人、西班牙人及英國人飄洋過海從東、西兩個方向來到印尼做香料生意。16世紀末，印尼淪為荷蘭殖民地。隨著歐洲人對印尼經濟的掠奪和政治上的占領，西方文化和宗教也開始在印尼傳播。19世紀末和20世紀初，羅馬天主教和基督教新教的傳教士紛紛來到印尼，以頑強的毅力深入到印尼受印度文化和伊斯蘭文化影響較小的島嶼進行宣傳，使一些當地人成了天主教徒和新教徒(主要是加爾文派)。
基督教新教和天主教因在印尼傳播得較晚，所以教徒不多，大多分布在伊斯蘭教、印度教及佛教影響較小的地區，如蘇門達臘的巴達族部分地區、門達威群島、加裏曼丹內地、蘇拉威西北部、東努沙登加拉的大部分島嶼以及伊裏安查亞地區。但近年來，隨著西方文化在印尼影響的擴大，大城市中的知識分子階層及華人信仰這兩種宗教的教徒人數呈現增長趨勢，不少教徒連名字也都歐化或基督化了。
孔教和道教則是由移居印尼的華人傳入的。直至現在，信仰孔教和道教的主體仍然是華人，但在爪哇島和巴厘島也有少部分當地人信仰這兩種宗教。