1959年1月，江隆基在經曆了北京大學的風風雨雨之後，奉調來到甘肅，任蘭州大學黨委書記兼校長。這一時期，是“左”的偏差越來越嚴重的時期。江隆基在蘭州大學工作期間，認真貫徹黨的教育方針，堅持理論聯係實際，發揮教師主導作用，以教學為中心，注重開展教學、科研與生產勞動相結合，在專業設置、學科建設方麵，甚至對各科教學大綱、教學計劃的製定上，都做了大量的工作，為蘭州大學進入全國高等學校的先進行列奠定了堅實的基礎。
蘭州大學自新中國成立後，在西北教育部和國家高等教育部的直接領導下，經院係調整和教學改革，學校的麵貌有了很大變化。特別是1953年蘭州大學被確定為教育部直屬重點綜合大學後，加強了師資力量，增加了教學、科學研究設備和校舍建築的投入，學校規模逐步擴大，辦學條件有了明顯改善。但是，由於“左”傾錯誤的幹擾，1957年下半年開始，蘭州大學遭到人為的嚴重破壞，正常課堂教學幾乎完全被生產勞動所代替，教學與科學研究工作實際處於停滯狀態，打亂了教學秩序，攪亂了人們的思想，大大挫傷了廣大師生員工的工作積極性。江隆基正是在這種艱難的環境中承擔蘭州大學領導重任的。他到任後，立即深入實際，作了大量的調查研究，並根據條件從整頓教學秩序入手，開始了全麵的整頓工作。
江隆基指出，學校教育培養人才，是通過學校教育中的教學活動實現的，教學活動是學校的基本活動，“學校教育必須以教學為中心”，至於說“政治掛帥”，是指中國共產黨的領導地位和馬克思主義的指導作用而言，並不是要求以政治代替教學，也不是政治活動越多越好。科學研究、生產勞動以及學校的其他一切活動，都應該圍繞教學這個中心去進行。他進一步指出，教學活動的主要特點是教師運用課堂教學等教學手段，將已有知識、技能傳授給學生。學生獲得知識、技能的基本途徑是“細心聽課，認真讀書”。至於“實踐——理論——實踐”的公式，是指人們認識過程的一般規律而言，“絕不能生搬硬套地放在學校的教學中，讓學生事事通過實踐，生產勞動越多越好。”他還說，學校教育並不是不要生產勞動等實踐活動，而是要納入教學計劃，有一定的課時；學校也不是不需要辦工廠，而是要結合專業、切合專業的需要，具備一定的條件，不能隨意掛個牌子就是工廠。他還特別強調，學生學習一定要重視書本知識，絕不應當輕視理論的作用，輕視書本的知識。教學秩序是教學活動的必要前提，沒有穩定的教學秩序就不可能進行有效的教學活動，就不可能達到預期的教學目的。為了使穩定的教學秩序落到實處，江隆基提出了“三固定（穩定）”原則，即固定的教學日曆，固定的課程表，固定的作息時間。
學校教育的目標，在於以合格的教學質量培養合格的人才。江隆基明確指出，教學質量是衡量學校教育的基本標準，因此，學校教育應當將不斷提高教學質量作為經常性的中心工作。他提出並采取了加強黨對教學工作的全麵領導、充分調動教師和學生的積極性、健全規範教學環節、建立健全各種規章製度等一係列的措施，使蘭州大學出現並逐步形成了穩定的教學秩序，良好的教學環境，正常運行的教學活動，確立了以提高教學質量為中心的規範化管理體製。
在教學大綱和教材建設上，江隆基基於對“教學大綱在決定課程內容、貫徹教學計劃和保證教學質量上有著重要的作用，而教材建設則是提高教學質量的關鍵”的認識，於1959年在蘭州大學開展了修訂教學大綱和編寫教材的具體工作，使所開設課程都有了新修訂的教學大綱，力求充實和革新教學大綱和教材的內容，提高其科學性和思想性，並認真貫徹了馬列主義思想為指導、理論聯係實際、反映近代科學最新成就和與有關課程相互配合的四項原則。
在教學方法上，江隆基認為不斷研究和改進教學方法，是提高教學質量的主要條件之一，必須遵循已被實踐反複證明了的以教師為主導、以教學為中心的教學常規。遵循前人總結的行之有效的諸如因材施教、循序漸進、教學相長、教學與生產勞動結合、理論與實踐結合、教師與學生結合、專業教育與思想教育結合、學習必須依靠個人的努力等教學原則。就教學活動而言，他總結出必須要把握課堂講授、實踐、實習、輔導答疑、習題課和現場教學各個環節。就課堂而言，他認為“課堂講授是教學過程中最基本最主要的教學環節，一切其他教學環節都必須圍繞著課堂講授進行”，從而概括提出了課堂講授的標準、要求和具體措施。
綜合大學是培養在理論科學和基礎科學方麵從事研究工作或教學工作專門人才的高等學校，是一個國家文化和科學發展的重要標誌。江隆基結合蘭州大學作為全國重點綜合大學的實際，提出了大力加強基礎教學、積極開展科學研究、創辦有特色的綜合大學的辦學思路。他明確指出，社會主義教育是全麵發展的教育，德育、智育、體育幾方麵都得到發展是一個要求全麵發展的方針。其中主要是要擺正德育和智育的關係，或者說是政治與業務、紅與專的關係。在學校教育中，政治教育的內涵，主要是培養學生具有馬列主義世界觀、人生觀和共產主義的道德品質和思想作風，其途徑是進行係統的馬列主義學習，以及時事政策教育和社會活動。他強調，學生的紅不僅應該表現在政治思想的進步上，而且應該表現在出色地完成學習任務上。高等教育是專業教育，專業學習是基本的、大量的，所以，全麵發展必須以專業教育為基本。