第三個方麵，是書院教育本身存在著日益明顯的弊端。晚清的書院教育基本都是隻有大小之別，而無遞升之製。學院僅以膏火多寡分別學業優劣，而且均以攻讀“四書”、“五經”代聖人立言、善作八股文試帖詩而成名，考取功名，所培養的人才僅備封建朝廷之官員及佐吏，並無應時應世之需求，從而反映出書院教育育才方式陳舊的弊端。還有，缺乏統一的體製規範，以及教風士氣的日漸敗壞，成為書院教育日趨廢靡的另一弊端。書院士子的優劣均以有無膏火為準則，其年齡大小無任何限製，有九歲已進學者，也有年逾六十而仍肄業書院者。在晚清世風日下的形勢下，治學之製漸趨敗壞。出現山長不複講學，隻顧貪圖私利；為學者誌趣卑陋，常常悠閑滋事。書院的歲需膏銀、堂課小課獎銀和掌院儲金及其他經費，全由當地官府定奪，並無規章可循，因而肄業生員往往利用各種規紀風範的廢弛，僥幸取得膏銀，在考試中挾卷嬉遊，舞弊百出，或隨意抄襲，紊亂學規，致使書院教育大雅掃地，這表明膏火製度已變為書院教育的一大弊端。以上各種弊端的日益嚴重，必然導致各地書院的衰敗情況。
清政府在內憂外患、國勢日衰的困境中，為改變封建教育的頹廢局麵，曾多次下發通諭，令各省督撫“嚴飭地方官興複書院”、“增設義學”，並“通飭教官務當敬教勸學”。雖然在國勢衰敗的形勢下，一般官員對清廷諭令視若具文，但也有部分官員積極呼籲，力圖振興。其中陝甘總督左宗棠即遵循清廷告誡之意，采取措施，躬行實踐，自1866年調任陝甘總督後，即著力於興複傳統的教育事業，使蘭州的書院教育一度出現複興局麵。
左宗棠自將官邸移住蘭州後，一麵極力籌措公款，一麵勸令官紳捐廉助學，修蘭山書院的房舍，捐養廉銀為膏火費，並親自檢查生員作業。責令院長整頓內務，使蘭山書院校貌學風為之一新。同時還通令各府州縣興複書院，恢複義學、私塾。於是在全省範圍內大規模修葺和新建了五六十所書院，左宗棠還遵照當時書院的章程，親往蘭山等書院，定期主持“官課”，評閱試卷，檢查甄別製度，幫助延聘講習，規定凡甄別合格者，按其品學優次和正課、副課數額，分別發給膏火銀及官課、小課獎金，以資鼓勵。
左宗棠複興書院教育的舉措，顯然屬於恢複舊學的範疇。與此同時，他也十分注重農墾蠶桑，倡導實業教育，不斷引進和學習西學西藝。這些舉措，是洋務派“中體西用”思想體係在教育領域的體現，存在著無法克服的矛盾和缺陷，從而導致了書院製度在當時的曆史條件下最終無法得到繼續存在和發展。複興書院在當時特定的曆史條件下雖有一定的積極意義，但也無法挽救書院衰落的命運。甲午戰爭後，變法圖強、振興中華的呼聲響徹全國，在維新派的推動下，清廷頒布“明定國是”詔令，尤其“首以興學為言”，並接連頒發了廢除八股、改試策論、開辦各級新學堂、派員出國留學、翻譯外國書籍等各種法令，同時通令各省州府縣，“即將現有之大小書院，一律改為兼習中學西學之學校。”於是原有書院製度便成為眾矢之的，興辦近代新式學堂成為眾望所歸的合法行動。即使曾經反對維新運動的一些守舊官紳也始知“改革為不可緩”的當務之急。在上述形勢下，蘭州的書院在改建、改設和新學堂創辦的過程中逐步被廢棄。到了清末，著名的蘭山書院和求古書院等或被改設為師範學堂，或被其他實業機構所占用，書院之名從此消失。
在中國古代教育發展史上，作為最基礎教育形式的社學、義學以及私學，一般不納入封建官學製度之內，被視作是地方官學的補充。社學和義學和私學大多設於鄉鎮村落，是城市儒學、書院教育的補充形式。社學多設在鄉村，是由當地紳民捐資創辦的地方學校。明、清時，府州縣皆立社學。明正德年間，蘭州衛指揮同知周璜創設社學；明萬曆間，莊浪衛城（今永登）及各營堡均有社學，分文社學和武社學兩種，設有教讀、鄉約、老人等教職人員，教讀文、武學童。清康熙七年（1668年），甘肅巡撫華善在蘭州創建東社學和西社學；乾隆年間，皋蘭縣龍泉裏鄉民梁建中、石玉樞等籌建龍泉裏塾。社學一般有自己的學田，學生人數也不太多，教學也因時而定，辦學方式靈活。例如，乾隆十一年（1746年），皋蘭知縣閻介年（1671年），按學生的程度，把該縣五所社學分為三種類型：蒙館，收初學的兒童，講授《四書》、《小學》；經館，從蒙館中選拔聰穎學童升入，專治經義文章；文館，從經館中選拔可造之才講授文藝，以便為將來更高一層的深造創造條件。