書院對於考課的規定也很嚴格，規定官課一次不到者罰扣半月膏火，堂課一次不到者扣五錢膏火。鄉試應試時犯規者，扣半月膏火。詩中平仄錯訛者，每一字罰銀三錢。若有雷同抄襲槍替者，則要逐出書院，永不準其應試。若學生品行不端，荒廢學業，亦要逐出書院。
蘭山書院的考課及考核組織嚴密，獎懲分明。考課分官課、堂課兩種，每月進行三次考課，官課一次，堂課兩次。官課由省城官員出題、考試、閱卷、發獎銀，堂課由院長出題、閱卷，書院發獎銀。學生的考試成績分為甲、乙、丙三個等級，當時稱作“正課”、“副課”、“外課”，以等次分別給予不同數額的膏火銀。經考試甄別分等以後，正課連續列劣等三次者，降為副課，副課連列劣等三次者，降為外課；外課連列三次優等者，升為副課，副課連列三次優等者，升為正課，以此來獎優罰劣，這對促使學生勤於學業具有積極促進作用。蘭山書院自創建至清末期間，聘請了不少名人學者主持管理，其中影響較大的有乾隆年間在職的盛元珍、牛運震、張位、吳鎮、秦維嶽，以及嘉慶時的張澍、鹹豐時的吳可讀等。該書院曾為甘肅培養出一批舉人、進士。其中有一些先後擔任山長的飽學之士，均有著述青城書院及匾額問世，如牛運震的《空山堂集》，吳鎮的《鬆花奄集》，張澍的《二酉堂叢書》、《養素堂詩文集》、《五涼舊聞》、《涼州府誌備考》等，張國常的《重修皋蘭縣誌》等。這些著述均有較深的學術價值和豐富翔實的地方史料價值。
除蘭山書院外，求古書院、五泉書院、皋蘭書院也是蘭州地區的知名書院。
求古書院原為清光緒前全省武科校內場及學院科考、歲考的處所，即蘭州貢院。光緒九年（1883年），陝甘總督譚鍾麟始改名為“求古書院”。當時，書院除講授經、史、詞、章外，為適應時代之需，加授算術課程。至清宣統年間，改名存古學堂，1912年，又改辦“實業待行社”，其後，豐黎義倉、樂善書局、和通印刷館、大經織布莊等社會團體均在此開設。
五泉書院建於嘉慶二十四年（1819年），由甘肅布政使屠之申、皋蘭致仕翰林秦維嶽等人創立，舊址在城關區賢後街東端，是為蘭州府立書院，招收生員限於蘭州府所屬二州、四縣。五泉書院為坐北朝南並列三組建築，依次為牌坊、儀門、照壁、大門、講堂、退省齋、明道樓、東西廂房，東西兩側為四合院，西院上房山長居住，東院上房兼院居住。著名山長有盧政、馬世燾、劉爾炘等。光緒年間曾改為蘭州府中學。民國初年為蘭山道屬駐地，後改為五泉圖書館。皋蘭書院創建於道光二十二年（1842年），舊址在今城關區曹家廳，是為皋蘭縣立。書院坐北朝南，按中軸線由南到北依次為牌坊、照壁、大門、儀門、講堂、書房，兩側為東齋院、東齋房，西齋院、西齋房。據書院的製度規定，院長必須為舉人以上學士，方可延聘。光緒末年，皋蘭書院改建為皋蘭小學堂。
此外，清道光十一年（1831年），皋蘭縣青城鄉開辦了青城書院，創甘肅鄉辦書院的先例，至清末，蘭州地區共建書院10所。
書院教育在我國教育發展曆史上的重要作用是無可置疑的，它是中國封建社會中“為讀書人講道論德之所”，長時期內都是國家賴以培養人才的重要場所。但是自鴉片戰爭之後，書院教育終將無法擺脫衰敗的命運，其中的緣由大致有三方麵：
第一個方麵，是由於書院的教育體製與時代發展的趨勢不相一致。鴉片戰爭前後，資本主義列強的入侵及其“船堅炮利”的嚴重威脅與“西學東漸”的客觀形勢，促使了近代維新思想的產生。尤其是“師夷製夷”的口號更成為文化教育界促人深省的最強音。同時，經學學術領域裏主張經世致用、革新變法的學說越來越廣泛地激蕩著封建社會的正統文化。19世紀60年代後，隨著洋務運動的興起，洋務派官員舉辦洋務，創辦各種新式學堂，鼓吹“中體西用”，從一個側麵反映了時代運行的必然趨勢。在上述形勢下，傳統的書院教育無法適應時代演進的需求。當時，無論私辦、公辦，或規模大小，均以綱常名教、祖宗之法為本，尤其至明清時期，書院教育變成了科舉考試的附庸，不僅堵塞了近代自然科學進入書院教育的通道，而且禁止評論時政，成了禁錮人們思想和阻止社會發展的桎梏。因此，書院教育的衰落是曆史演進的必然結果。
第二個方麵，是清政府的日益腐化，更加速了書院製度的衰落過程。明代以前，書院以私立為原則，清朝以後則以官立為主。但清朝統治的腐敗不斷擴散到包括書院在內的各個領域。尤其是鹹豐、同治時期，由於各種慘重的封建剝削壓榨，以及強征苛派之苦，諸多生員學士被迫輟學，致使部分書院名存實亡，有的則因經費得不到保障而自行關閉廢棄。至於內部規章製度之混亂和士氣學風之敗壞，則更是清朝統治政權腐朽性所導致的必然結果。