那時闖王高迎祥被陝撫孫傳庭所擒，押解到京城，淩遲處死，賊黨一起推舉李自成為闖王。李自成帶兵從陝西入川，剛出潼關，就被總督洪承疇以及川陝的兵馬南北夾擊。李自成所有的精銳被殺了個一幹二淨，連老婆孩子都不知去向。李自成逃脫後，想去投奔張獻忠。忽然聽說張獻忠已經投降熊文燦，沒辦法隻好竄到浙江、四川一帶，投入老回回的大營。李自成在床上養了半年的病，又帶著部下西去。
張獻忠之前投降了洪承疇，沒過多久就叛變了。這次為何又投降熊文燦呢？原來熊文燦來到襄陽後，沿途聯絡官兵，招安盜賊。張獻忠狡黠善戰，獨自率眾截殺，不肯聽命。總兵左良玉、陳洪範兩路夾擊，張獻忠一敗塗地，額頭上中了流箭，血流滿麵，險些被左良玉追上。賊目闖塌天與張獻忠有過節，竟然到熊文燦那裏乞降。張獻忠得知後，擔心他引來官兵，自己又負創過重，不能再戰。於是派人到陳洪範大營裏獻上重金，表示情願投降。張獻忠剛做盜匪的時候，曾經被陳洪範擒獲過。因為他相貌奇偉，被陳洪範釋放。這次他又找人來說，蒙陳大人的大恩，願意率領部下投靠官兵，並殺賊贖罪。陳洪範大喜，轉告熊文燦，接著接受了張獻忠。張獻忠來到熊文燦的營前，伏地請罪。熊文燦讓他起來，詳細詢問了其他賊兵的情況，張獻忠說自己能製服鄖陽、襄陽的賊兵。熊文燦信以為真，就命他繼續率領舊部駐紮在穀城。沒過多久，張獻忠招降羅汝才。羅汝才綽號“曹操”，狡詐程度不亞於張獻忠。二賊投降後，其他的賊匪非常沮喪。熊文燦非常歡慰，上疏請懷宗赦免，特旨準奏。哪知二賊並不是真心投降，隻不過是因為連戰連敗，走投無路，才借投降為名，暫時停止奔波，暗中仍然勾結爪牙，養精蓄銳。
中原稍稍有了喘息的機會，東北的戰爭再次爆發。清太宗征服朝鮮，大興兵甲。命親王多爾袞、嶽托為大將軍，率領左右兩路，分道攻擊明境，一直打入長城的青山口，在薊州會師。薊、遼總督吳阿衡戰敗而死，監軍官太監鄧希詔逃走，清兵乘勢攻入，直達牛闌山。此時總監高起潛正帶著明軍防守，高起潛根本不懂什麼兵事，平時作威作福，緊急時刻掉頭就跑。清兵順勢殺入，從盧溝橋直達良鄉，連拔四十八座城池，高陽縣也在其中。前大學士孫承宗在家養老，服毒自盡。他的十幾個子孫赤手空拳與清兵搏殺，殺傷幾十人後接連被清兵殺害。清兵又從德州渡河，南下山東，攻破十六個州縣，並攻進濟南。德王由樞是英宗的兒子見潾的六世孫，在濟南襲封，竟被擄走。布政使張秉文巷戰中箭，力竭而亡，妻子方氏、妾陳氏一同投入大明湖殉節。巡按禦史宋學朱及副使周之訓等人，或被殺，或自盡。隻有巡撫顏繼祖被楊嗣昌調到德州，途中與清兵錯過，因此免禍。但濟南的防兵大多跟著顏繼祖北去，城內空虛，這才導致倉促間失守，因此不能不歸罪於楊嗣昌。
楊嗣昌又邀宣大總督盧象昇帶兵支援。盧象昇的父親剛剛去世，盧象昇屢次上疏辭官，朝廷不許，隻好移孝為忠趕到京師。盧象昇聽說楊嗣昌與高起潛有議和的意思，心裏非常不滿。正巧懷宗召見他，便憤然說道：“皇上命臣督兵，臣的意思是主戰。”接著又說起了防守抵禦的規劃，懷宗一再點頭，並命他與楊嗣昌、高起潛商議戰守的事情。三人的意見當然不合，盧象昇幹脆上疏請求懷宗，讓他與楊、高二人分管兵權，互不幹涉。朝廷就將宣大、山西三路兵馬交給盧象昇，山海關、寧遠的兵馬交給高起潛。盧象昇被升為尚書，他感念皇上厚恩，準備向涿州進發。不料楊嗣昌竟然親自來到軍前，與他商討和議，勸他不要輕易開戰。盧象昇說：“你們堅持要議和，怎麼不想想城下乞盟的恥辱。長安的口舌如鋒，難道不怕重蹈袁崇煥的覆轍嗎？”楊嗣昌被他這麼一說，頓時麵紅耳赤，半天才說道：“照你這麼說，直接拿上方寶劍殺了我好了。”盧象昇又憤憤說道：“盧某既不能奔喪，又不能殺敵，上方寶劍應當先殺自己！”楊嗣昌說：“你還是免了！但願你不要用謠言陷害人。”盧象昇說：“周元忠到邊境講和，往來好幾天，全國皆知，難道還能隱瞞？”楊嗣昌無話可說，隻好怏怏而去。