當晚，汪文言就被打死，偽造的供詞呈了進去。楊漣、左光鬥二人各栽贓兩萬，魏大中栽贓三千，禦史袁化中栽贓六千，太仆少卿周朝瑞栽贓一萬，陝西副使顧大章栽贓四萬。魏忠賢得到偽證之後，馬上派人逮捕六人下獄，全部任由許顯純肆意拷打。六人血肉模糊，卻沒有一個人肯承認。左光鬥在獄中私下對他們說：“他想殺我們，不外乎兩種辦法：我們不肯誣供，一直把我們打死；或者半夜讓獄卒將我們偷偷害死，然後以病死相報。照我想來，同是一死，不如暫且誣供，等移交法司定罪的時候，再將事情說出來，或許可以重見天日。”其他人也都點頭，等到再次審訊時，便一同承認了。哪知魏忠賢陰險得很，並不把案子移交法司，隻是命許顯純追贓。左光鬥幾個人後悔自己失算，已經來不及了。
過了幾天，楊漣、左光鬥、魏大中都被獄卒害死。左光鬥、魏大中死後均體無完膚，楊漣死得最慘，耳朵裏被穿了無數鐵釘。獄率隻用血衣裹著他們扔到棺材裏。一個月後，袁化中、周朝瑞也被害死，隻有顧大章還沒有死。魏忠賢認為所有的人都已經死了，就將顧大章移交給鎮撫司定罪。顧大章料定自己不能再生，就將弟弟顧大韶召到獄中，和他訣別。顧大韶哭著出去之後，顧大章懸梁自盡。當時的人稱楊漣、左光鬥等人為“六君子”。
六人死後，魏忠賢仍催促撫按追贓。左光鬥的兄長左光霽自盡身亡，左光鬥的母親在痛哭中逝世。魏大中的長子魏學洢得知父親在獄中斃命的消息，悲痛欲絕，強打精神將棺材拉到故鄉埋葬，日夜痛哭，滴水不進，最終命喪黃泉。趙南星、李三才一同坐罪削官，並被追贓。沒過多久，趙南星被遠戍，後來病死在戍所。吏部尚書崔景榮於心不忍，六君子尚在的時候，曾請魏廣微上諫阻攔。魏廣微也算天良未泯，竟然聽了崔景榮的話，上了一道解救的奏章。魏忠賢得知後大怒，將他召入府中，當麵嗬斥。魏廣微汗流浹背，連忙拿出崔景榮的書信，表明心跡，魏忠賢仍然謾罵不止。魏廣微離開後，遞上辭官的奏折，不久便與崔景榮一起被罷免。閣臣中如朱國楨、朱延禧等人，雖然沒有反對魏忠賢，但也不肯極力趨奉，於是被相繼罷免。魏忠賢又引用周如磐、丁紹軾、黃立極為禮部尚書，馮銓為禮部侍郎，入閣辦事。丁紹軾和馮銓都與熊廷弼有過節，就以楊、左等人貪贓坐罪，不殺熊廷弼不足以服眾為名，將熊廷弼斬首棄市，並將首級傳示邊境。可憐一員朝廷良將，竟然因為觸怒了太監，死得不明不白。