後來，各路援兵依次趕到，其中有一個巾幗英雄，是石駐宣撫司的女總兵秦良玉。秦良玉是忠州人，曾經嫁給宣撫使馬千乘，馬千乘病死之後，秦良玉因為通曉兵事，就代他做了統領。奢崇明一直欽佩她的英名，起兵的時候曾經厚贈秦良玉，想讓她暗中幫助。秦良玉對來使說：“你沒聽說過我秦氏世代忠貞嗎？我兄長秦邦屏、秦邦翰奉旨援遼，都戰死沙場。隻有我弟弟秦民屏負傷歸來，現在傷已痊愈，我正準備帶著他誓死報國，你們這些逆賊，敢來壞我的名聲！”說完，將所贈金銀全部退還來使。來使出言不遜，秦良玉立即拔出佩劍，將他砍成兩段。秦良玉率領部下的精兵，與弟弟秦民屏、侄子秦翼明等人偷偷趕到重慶，然後將兵馬分成兩隊。一隊由秦翼明率領，屯守在南坪關，截擊賊兵的退路，還留下一千多人，打著旗幟護守忠州，作為南坪關的掎角。自己帶著三千精銳，沿江而上，直逼成都，在離城幾裏的地方安營紮寨。奢崇明父子見援兵趕來，馬上分頭攔阻，並率兵輪番攻城。從初冬一直到暮冬，一年就要結束了，奢崇明仍然屢攻不止。
春節剛過，賊兵的攻勢鬆懈下來，朱燮元剛剛下城休息，忽然城上的守兵大喊：“旱船來了，請主帥速速登城！”朱燮元急忙上城樓，隻見下麵有數千名悍賊，從林中鼓噪而出，擁著一個像大船一樣的東西。這船有一丈多高，長約五百尺，裏麵築了好幾層樓。上麵站著一個人，披發仗劍，中間還載著數百人，各自帶著弓弩毒箭。大船用牛牽著，馬上就要逼近城池。看到那東西比城樓還高出好幾尺，守城的老弱婦孺頓時大哭起來。朱燮元急忙安慰他們：“不妨，不妨，這是呂公車，可以馬上攻破的。”隨即命令守兵，“我已經備下巨木，一直擱置在城下，無論大小全部取來！”守兵們趕忙將它運來，由朱燮元親自指點，長的做杆，短的做軸，軸上麵有粗繩，轉動起來可以發出大炮，大炮的彈丸都是一千多斤的石塊。這邊裝好大炮後，那邊的呂公車剛好趕來，第一炮轟過去，擊毀了車旁邊的雲樓；第二炮轟過去，不偏不倚，正中那披發仗劍的賊目。這滿車的人都靠他一人指揮，他被擊斃後，車中的人都成了傀儡。朱燮元又用大炮擊牛，牛負痛逃回，衝破了賊兵的陣勢。朱燮元乘勢出擊，大殺一陣，隨即回城。
奢崇明父子仍然不肯退兵。這時，有人報稱賊兵的將領羅乾象願意棄暗投明。朱燮元就派人請他前來。羅乾象來了之後，朱燮元便在城樓上和他喝酒，喝得酩酊大醉，又讓他和自己一起就寢。羅乾象見朱燮元如此信任自己，感激不盡，發誓以死相報。朱燮元和他約好，讓他誘奢崇明登城，然後設下埋伏等待。羅乾象離開後，果然就在當晚帶著奢崇明登城。奢崇明見事情不妙，轉身逃走，伏兵追出來的時候，隻抓住了他的幾名隨從。羅乾象縱火焚營，奢崇明父子在倉促間逃到瀘州。成都解圍後，羅乾象率兵投奔明廷，朝廷升他為四川巡撫。之後大軍又接連收複州、縣、衛、所四十多座，然後乘勝攻打重慶。
這時候，重慶已經被樊龍占據了九個多月，賊兵守衛森嚴。從二郎關到佛圖關是出入重慶的要道，樊龍派了幾萬賊兵扼守，連營十七座。總兵杜文、監軍副使邱誌充、楊述程等人率兵進攻，連戰不下。秦良玉建議從小路繞出關後，然後兩路夾擊。朱燮元聽後非常讚同，馬上命秦良玉帶領部下，從小路繞去。賊兵隻顧前不顧後，沒料到後麵竟來了一位女將軍，鐵甲銀槍，騎著一匹白馬，在營後麾軍直入，亂殺亂砍，無人敢擋。前麵的杜文等人這時也殺入賊營，敵兵阻攔不住，大潰而逃，官兵連破二郎、佛圖兩關，直搗重慶。樊龍出戰不利，守了幾天，因為糧道被斷，城中沒有食物，隻好開門逃走。誰知跑了不到一裏地，就聽到四麵八方都是“樊賊休走”的聲音。