此時熊廷弼已經奉命出關，進次閭陽驛，聽說廣寧失守，料想來不及支援，就退到大淩河。王化貞狼狽回來，一見熊廷弼，就放聲大哭。熊廷弼笑著說：“六萬兵馬一舉蕩平，現在戰事如何啊？”王化貞邊哭邊說：“還求經略速速發兵。”熊廷弼說：“遲了，遲了。我隻有五千兵馬，現在全部交給你，請君抵擋追兵，護送百姓入關！”話音未落，就有探子來報，說孫得功已經投降滿洲，錦州以西四十多座城池全部失陷。熊廷弼急忙將手下的五千人交給王化貞，讓他斷後，自己帶著副使高出、胡嘉棟等人，燒毀關外的積蓄，護送十萬難民入關。失敗的消息傳到了京中，一班言官不分熊廷弼、王化貞的曲直，說他們一概有罪。熹宗糊塗得很，馬上照準，命人將他們押到京城，交給刑部下獄。張鶴鳴懼罪辭官，當即被罷免。
禦史左光鬥看到邊境的問題越來越棘手，特意推薦老成練達的孫承宗督理軍務。熹宗就升孫承宗為兵部尚書，兼東閣大學士，另外派王在晉為遼東經略。王在晉上任後，請朝廷添築重關，增設四萬守兵。僉事袁崇煥反對，去和葉向高商量，葉向高決定不了。孫承宗認為王在晉不足以勝任，自願督師。熹宗非常高興，就命他督師薊遼，並賜給上方寶劍，親自為他餞行。孫承宗到關外後，訂立軍規，明確每個人的職責，築堡修城，練兵十一萬，打造了幾百萬鎧甲、兵器，開墾屯田五十頃，兵精糧足，關外立即成了重鎮，大有一夫當關，萬夫莫開的陣勢。滿洲兵不敢藐視。
天啟元年，四川永寧土司奢崇明犯上作亂。奢崇明表麵上淳厚樸實，內心卻陰險狡詐。他的兒子奢寅桀驁不馴。朝廷那時候募兵支援遼東，檄文傳到四川，奢崇明父子應招前去，並先派頭目樊龍、樊虎等人趕往重慶。巡撫徐可求查核士兵的時候，見有老弱病殘夾雜在其中，就準備淘汰一些。可樊龍不服，一定要如數支付餉銀。徐可求嗬斥了他幾句，樊龍竟將許可求殺害，還殺死了道府總兵官二十多人，占據重慶府城。當時四川已經安定了很久，守備鬆弛，各路官員都被他們殺死，重慶附近的百姓紛紛逃跑。樊龍等人乘機出兵，攻下合江、納溪，並報告奢崇明父子，讓他們速來接應。奢崇明父子踴躍前來，破瀘州、陷遵義，震驚整個四川。播州楊應龍的餘孽也立即響應，勢力日益猖獗。奢崇明居然懸旗僭號，偽稱大梁，設立丞相以及各級官職，麾兵進逼成都。
蜀王朱至澍是太祖的第十一個兒子朱椿的第八世孫，他見城內的守兵寥寥無幾，急忙調集遠近的士兵，卻隻召集到一千多人。正巧左布政使朱燮元奉旨入朝，來到城北。蜀王久仰朱燮元的大名，在這軍務吃緊的時候，哪能錯失良機，趕忙帶著百姓去追朱燮元。朱燮元見百姓非常懇切，便慷慨返駕，入城誓師，接著與右布政使周著、按察使林宰等人鼓勵兵民，登城固守。不料敵寇已經攻來，把成都圍得嚴嚴實實。朱燮元加緊防守，命令士兵放炮扔石，晝夜不得鬆懈。賊兵的盾牌被炮擊毀，雲梯被大石砸斷，屢攻不能得手，反而死傷了數百人。那時正是冬天，濠水幹涸，賊兵就用柴草填滿壕溝，上麵又築起竹屋，借此躲避火炮和巨石，並暗中派弓箭手向城頭射箭。朱燮元早已準備好竹簾，撐架起來，擋住敵人的弓箭。半夜又派壯士出城，縱火焚燒，上麵倚據的賊兵不被燒死，也被摔死。亂賊無計可施，隻好向城裏射信，煽動百姓。當時有兩百多名奸人準備內應，被朱燮元一一查出，斬首示眾。雙方相持了十多天，城池始終沒有被攻下。