神宗看到奏折後，不禁為難起來，馬上來到鄭貴妃宮中。鄭貴妃迎駕的時候，見皇帝怒容滿麵，心裏忐忑不安。神宗從袖子裏取出一封信，扔給貴妃叫她看。鄭貴妃不看也就罷了，看了幾行就急得花容失色，淚珠撲簌簌地往下流，然後在駕前跪下，邊哭邊說。神宗感歎道：“大臣的意思，朕也不便替你解免，你自己去求太子好了。”說完，徑直離開。鄭貴妃連忙到慈慶宮去見太子，向他哭訴，然後表明心跡，甚至屈膝拜倒。太子慌忙答禮，答應為她調解。鄭貴妃這才起身還宮。太子奏請神宗不要株連。於是神宗親自帶著太子、皇孫等人來到慈寧宮，召閣臣方從哲、吳道南及文武大臣入內，大臣們黑壓壓地跪了一地。神宗說：“朕自從母後逝世以來，悲痛無比。今年春天以後，腿和膝蓋都沒什麼力氣。每逢初一、十五，必定會親自到慈寧宮，到聖母的座前參拜，不敢有絲毫懈怠。最近忽然有個叫張差的瘋子，闖入東宮傷人，外麵於是有了很多流言。你們誰沒有父子，如此這般是想離間朕和皇子嗎？”說到這裏，又拉著太子的手說，“太子非常孝順，朕也非常愛惜他。”太子說：“張差瘋瘋癲癲的，將他正法就可以了，何必要株連其他人呢？大臣本都懷疑我們父子，你們可以無君，但本宮不能無父。況且我們父子之間相親相愛，你們是什麼居心，一定要讓我成為不孝子嗎？”神宗等太子說完，又對群臣說道：“太子的話，你們聽到了嗎？”群臣齊聲領命，接著叩謝而出。隔了幾天，罪案已經定下來，張差處死，馬三道等人流放，李自強、李萬倉不過打了幾棍了事。後來又將龐保、劉成杖死在後宮。王之寀被徐紹吉等人參劾，削職為民。神宗久居深宮已經二十五年，這次總算是朝見了一次百官。
過了一年，即萬曆四十四年，清太祖努爾哈赤在滿洲崛起，建元天命。後來大明國的國土被努爾哈赤的子孫唾手奪去，這也是明朝史上的關鍵一筆。相傳努爾哈赤的遠祖是金國的後人。金國被蒙古滅亡後，遺族逃到東北，在長白山下住了下來。清朝的史官為了頌揚聖明，說愛新覺羅氏的祖先是仙女吃了鮮果之後誕生的，後來他用柳條編成一個筏，乘筏渡河，來到一個村子。村子裏的人看見他漂到此處，非常驚異，就將他奉為主子。恰巧村子裏有一個老人喜歡他俊偉的模樣，就以愛女相配，此後他便安心居在那裏。村民們連接成一個堡寨，稱為鄂多哩城。從此子孫代代相傳，一直傳到孟特穆才移住到了赫圖阿喇。孟特穆的第四代孫子，名叫福滿。福滿有六個兒子，第四個兒子覺昌安生了好幾個兒子，其中第四個兒子塔克世是努爾哈赤的父親。努爾哈赤儀表非凡，勇略蓋世。那時，明總兵李成梁鎮守遼東，與圖倫城的尼堪外蘭合兵攻打古埒城。古埒城的主子阿太章京的妻室是努爾哈赤的堂姐。覺昌安擔心孫女的安危，就帶著塔克世率兵支援，結果死於亂軍之中。
努爾哈赤那時二十五歲，聽說祖父被害，大哭一場，發誓要報這血海深仇，於是揀了別人遺棄的十五副鎧甲，去攻打尼堪外蘭。尼堪外蘭屢戰屢敗，一直逃到明朝邊境。努爾哈赤寫信給明朝的官員，請求歸還祖父的棺槨，並將尼堪外蘭拿問。那時候，神宗剛剛繼承大統，不想動兵，就歸還了他祖父的棺槨，並封努爾哈赤為建州衛都督，加龍虎將軍的職銜。努爾哈赤北麵受封之後，因為尼堪外蘭還沒有交到，仍然派人前去索要。邊境的官吏索性拿住尼堪外蘭交給他。他斬殺了仇人，才與明朝通好，每年供上些物品，然後招兵買馬，拓展版圖。