銅山西崩，洛鍾東應。張居正一死，宮內的馮保變得勢單力孤，加上太後歸政已久，也不願問起朝政。宮裏的太監蠢蠢欲動，想把馮保扳下台去。於是總找機會在神宗麵前說馮保的壞話。神宗本來就對馮保很不滿意，一經挑撥，馬上猜疑起來。禦史江東之又率先參劾馮保和錦衣同知徐爵狼狽為奸。神宗便將徐爵下獄，定了死罪。言官李植看出皇上的意思，就列出馮保的十二大罪狀，統統是神宗平時敢怒不敢言的事情。此時，乾綱獨斷，沒人省製。於是神宗就貶馮保為南京奉禦，不準他逗留片刻，並令錦衣衛查抄家產，得來數萬巨資。隨後，江東之又參劾吏部尚書梁夢龍、工部尚書曾省吾、吏部侍郎王篆均為馮保的私黨，應當斥退。於是幾個人同時被免官。此外還牽扯了很多其他官員。
隻有刑部尚書嚴清與馮保毫無往來，因此得到神宗的器重，將他調任為吏部尚書，接替了梁夢龍的遺缺。嚴清量能授職，把從前的弊端盡行革除。可惜天不假年，在任僅僅半年，就得病還鄉，沒過多久便病逝了。薊鎮總兵戚繼光從前由張居正委任，每件事情都要和張居正商榷，這次也被調到廣東。戚繼光不免怏怏不樂，上任一年後，就告病回鄉，三年後病逝。戚繼光與兵部尚書譚綸、都督府僉事俞大猷都是當時的名將。譚綸死於萬曆五年，俞大猷死於萬曆八年，一個諡號襄敏，一個諡號武襄。戚繼光在萬曆十一年回鄉，萬曆十四年病逝，萬曆末年追加諡號武毅。戚繼光著有《練兵實紀》、《紀效新書》兩本書，所談論的兵法，至今仍然膾炙人口，被兵家奉為秘傳。
馮保得罪以後，新提拔起來的大臣又開始攻擊張居正。神宗索性奪去他的太師官銜，並將諡號一並奪去。大學士張四維見眾官對張居正積怨已深，就準備改弦易轍，以收服人心，因此上疏神宗請他召回吳中行、趙用賢、艾穆等人。神宗立即采納，朝政為之一變。後來，張四維逝世，朝旨追封太師，賜諡號文毅。申時行晉升為首輔後，又引薦禮部尚書許國兼任東閣大學士。許國和申時行是好友，二人同心辦事。可惜言路一開，台官競相上言，彼此針鋒相對。於是閣臣一幟，台官一幟，為了張居正的案子鬧得不可開交。
這時潞王翊鏐婚期將至，需要珠寶備辦彩禮，可皇宮中卻提供不出。太後召神宗前來，問他：“皇宮裏難道連這些珠寶都湊辦不齊嗎？”神宗說：“近幾年來，朝中大臣鮮廉寡恥，都把外地的貢品私自獻給馮、張兩家，所以天府的珠寶寥寥無幾。”太後說：“馮保家已經查抄，想必可以入庫了。”神宗說：“馮保陰險狡猾，早就將珍寶偷運到別處去了。名義上是查抄，其實所得有限。”太後感慨道：“馮保是個太監，可張居正身居首輔，居然也包藏禍心，真是人心難料！”神宗知道太後回心轉意，馬上命司禮監張誠等人南下荊州，去查抄張居正的家。張誠先給江陵守令寫信，命他速速查封，不要讓張家人逃匿。守令得信後，立即召集全班人馬，圍住張氏的府第。自己親自到府上，把他全家人口悉數查清，之後，統統趕入一個房間，讓衙役在室外守著。可憐張家的婦女竟然全部絕食，活活餓死了十幾個人。張誠到達之後，更加凶橫，翻箱倒櫃也沒找出什麼巨寶，就是金銀財寶也隻有很少的一點。張誠憤怒地說：“十年的宰相就攢下這麼點銀子？一定是藏在別的地方了！”於是召來張居正的長子禮部主事張敬修，逼他獻出。張敬修說隻有這麼多。張誠不信，竟然命人將張敬修的衣冠脫去，嚴刑拷打，並將張氏的親族一一傳訊。張敬修熬不住痛，尋了短見。親戚朋友沒有辦法，隻好各自傾盡家產，湊出一萬兩黃金，十萬兩白銀交了上去，張誠這才罷手。大學士申時行得知情況後，與六卿大臣聯名上疏，奏請從寬發落。刑部尚書潘季馴又奏稱張居正的母親年過八旬，朝不保夕，請皇上推恩，留下他母親的性命。神宗這才特許留下空宅一所，田地十頃，贍養張居正的母親；接著又削去張居正的官階，奪回璽書詔命，將他的子孫一律貶斥。張居易曾做過都指揮，張嗣修曾任編修，現在全部革職遠戍。一座巍巍然的師相門第，頓時煙消雲散。