穆宗即位以後，聽從徐階的話，盡力革除前朝的弊政。後來徐階辭官還鄉，高拱、張居正入掌朝政，引用門生韓揖等人，此後言路又開始堵塞。尚寶卿劉奮庸、給事中曹大野、大學士陳以勤，都被高拱傾軋，稱病離開。資格最老的李春芳，向來端莊冷靜，明哲保身，也在隆慶五年辭官離去。
隻有邊陲一帶，任用了幾個得力的將領。戚繼光被升為都督同知，總管薊州、昌平、保定三鎮的練兵事宜。戚繼光建下一千二百座戰台，台高五尺，中間設有三層。每個台子上可以駐紮一百人，鎧甲糧草一律齊備。險要的地方一裏之內建有兩三個台子，其他地方一裏一台或兩裏一台，綿延兩千多裏，星羅棋布，互相聲援。戚繼光還創製了一種拒馬器，來防禦敵人的騎兵。每當遇到敵寇，就先發火器，等敵寇稍稍接近的時候，再讓步兵拿著拒馬器，站在前排，其中摻雜著長槍軍、筤筅軍，眾士兵全部步伐整齊，可攻可守。戚繼光還特意調來三千名浙兵作為先鋒。浙兵到達薊門後，在郊外列隊，不巧天降大雨，從早到晚，浙兵全部直挺挺地站在那裏，沒有一人敢動。戚繼光鎮守邊關數年，製度嚴明，器械犀利，無論什麼巨寇，都聞風遠逃，不敢擾事了。後來朝廷又派曹邦輔為兵部侍郎，與王遴等人督禦宣府、大同。都禦史栗永祿鎮守昌平，保護陵寢。劉燾屯守天津，守衛通州糧儲。戴才管理餉運。彼此同心協力，邊境稍稍安寧。後來韃靼部落的酋長俺答色欲熏心，釀出了一件蕭牆禍事，中原幾百年來的寇患，從此消除。這也算是明朝中期的一件幸事。
原來，俺答的第三個兒子鐵皆台吉早年病逝，遺子把漢那吉幼年喪父，被俺答的妻子一克哈屯接來養育。把漢那吉長大之後，娶了比吉的女兒做配偶，因為她相貌醜陋，很不合把漢那吉的意思。於是，把漢那吉就自己娶了襖爾都司的女兒。此女叫三娘子，是俺答的長女所生，按名分上說來，是俺答的外孫女。這位三娘子貌美似花，仿佛一個塞外昭君，天生嬌豔。把漢那吉因為她豔麗動人，再三央求襖爾都司才把她娶來。娶過門之後，滿以為可以了卻一下相思的滋味。誰知俺答竟然羨慕不已，他想出一計，隻說是新人應該拜見祖父，行盥饋禮。把漢那吉不知有詐，就讓三娘子前去行禮。三娘子從中午拜見，一直到晚上還沒出來。把漢那吉等得煩躁不已，就派人到俺答的帳外探望，誰知毫無消息。仆人隻好匆匆返回去報告。漢那吉這才覺得事情不對頭，親自去探聽，本想闖入俺答的內寢，卻被衛兵攔住，不讓他入內。漢那吉氣憤難忍，想與衛兵動手，這時又過來幾個小兵連笑帶勸地說：“好了，好了，這塊肥肉，已經進了老大王的口中了。就算他吐出來，也沒什麼滋味了，不如讓他去吃，自己再另外找一塊吧。”漢那吉聽了這話，悔恨交加，竟然轉身出去，回到住所，對部下阿力哥說：“我的祖父搶走我的女人，以孫媳為妻，豬狗不如。我不能再做他的孫子，隻好另尋生路了。”阿力哥問：“到哪裏去呢？”漢那吉答：“不如去投降明朝，中原向來看重禮義，應當不會有這種事情吧。”阿力哥奉命後，略略收拾好行囊，就和漢那吉連夜逃到大同，叩門投降。總督王崇古命人將他收納。部將勸阻道：“一個無足輕重的家夥，不如不要接納。”崇古說：“這可是奇貨可居，怎麼能不納呢？俺答要是派人前來要人，我們有叛黨趙全在他那裏，正好可以和他交換。否則就讓把漢那吉召集舊部，寓居在近塞。俺答老死之後，我可以命他出塞去攻打韃靼部落，那時我們不是坐收漁翁之利嗎？”於是王崇古上奏朝廷，封漢那吉為指揮使，阿力哥為正千戶侯，各賞大紅瞾絲衣一件。
俺答的妻子一克哈屯擔心中原人會誘殺愛孫，整天和俺答吵鬧。俺答也開始後悔，於是糾集十萬兵馬，侵略大明邊境。王崇古給各鎮發去檄文，嚴兵戒備，大家一律堅壁清野以待俺答。俺答攻無可攻，掠無可掠，進退兩難，隻好派人請命求和。王崇古命百戶侯鮑崇德去做信使，要求俺答綁著趙全等人交換漢那吉。鮑崇德通曉蒙文，到了俺答營前，從容入內，長揖不拜。俺答嗬斥他說：“為何不下跪？”鮑崇德說：“天朝大使來此通問，從來沒有拜跪的禮儀。況且朝廷優待你的孫子，你卻無故興兵，是想讓你的孫子速死嗎？”俺答問：“我孫子漢那吉果真安然無恙？”鮑崇德說：“朝廷已經封他為指揮使，連阿力哥也被授為千戶侯，能不安然無恙嗎？”俺答於是離開座位，親自慰勞，並設下酒宴款待鮑崇德。暗中卻派人進入大同，稟報巡撫，去看看漢那吉不料派去的小兵在途中卻忽然看見漢那吉蟒衣貂帽騎馬出來，氣定神閑，一副天朝命官的樣子。漢那吉看見那小兵就和他說了幾句話，無非是抱怨祖父，懷念祖母等等。小兵回來報告了俺答。俺答百感交集，就和鮑崇德說：“我的孫子被封為朝廷命官，足見天朝的恩情。但這孩子從小沒有父親，由祖母一手養大，祖母時常掛念著他，還望貴使替我轉告他。”鮑崇德說：“趙全等人早上回去，你的孫子晚上就能回來了。”俺答非常高興，就讓左右退下，低聲對鮑崇德說：“我其實不想作亂，亂事都是趙全等人挑起來的。大明天子要是肯封我為王，統轄北方各個部落，我馬上稱臣，永不背叛。我死之後，我的子子孫孫繼承我的爵位，世世代代依附中原。”鮑崇德說：“大汗如果真有此意，我定會為你稟報。想必朝廷有意懷柔，一定不會辜負您的好意。”俺答更加欣慰，於是給鮑崇德餞行。入席之後，俺答折箭為盟：“我若食言，有如此箭！”鮑崇德也說：“我也一樣，決不食言。”暢飲盡歡之後，雙方才告別。俺答又派人去覲見王崇古，王崇古也厚待來使，願意遵守前約。於是，俺答就帶著趙全等九人前去歸附。