第二天早朝，武宗將張永的奏折給內閣大臣看，內閣大臣建議：“不查抄劉瑾的家，不足以證明謀反的真假，恐怕劉瑾還不肯認罪呢。”武宗遲疑了半天才說：“等朕親自前去查抄。”說完就帶著文武百官，親自來到劉瑾府上，由錦衣衛一一搜查，從外到裏翻了個底朝天，共搜來黃金二十四萬錠，另外還有五萬七千八百兩散金；元寶五百萬錠，另外還有一百五十八萬三千六百兩；寶石兩鬥；奇巧玩物不計其數。還有八爪金龍袍四件，蟒衣四百七十件，兵甲一千多件，弓弩五百件。其中有兩柄貂毛扇，扇柄上暗藏機關，用手叩動，竟露出寒光閃閃的一具匕首。武宗不禁大怒：“好膽大的狗奴才！他果然謀反了！”說完馬上整駕回朝，傳旨將劉瑾入獄，交給法司審訊。隨後捉拿逆黨，把吏部尚書張彩、錦衣衛指揮楊玉、石文義等人一並下獄。朝中六科十三道共同參劾劉瑾的罪狀，共有三四十條。就是劉瑾門下的李憲也上疏參劾，比別人說得更加透徹。劉瑾聽說李憲參劾自己，就冷笑著說：“他是我一手提拔起來的，現在也來參劾我？”
第二天，當庭審理逆案，劉瑾被帶上殿來。刑部尚書劉璟見了劉瑾，不由得麵紅耳赤，一句話都說不出來。劉瑾睜著兩眼，厲聲說道：“滿朝的公卿都是我的門下，哪個敢來審我？”眾官聽了這話，麵麵相覷，紛紛退到後排。隻有一人挺身而出：“我敢審你！我是皇親國戚，沒有出自你的門下，怎麼不敢審你？”劉瑾看過去，原來是駙馬都尉蔡震，不覺吃了一驚。蔡震又喝道：“文武大臣都是朝廷命官，你說是你的門下，目無皇上，該當何罪？”說完，嗬斥左右，“快給我扇耳光！”左右不敢怠慢，在劉瑾的兩頰上，狠狠地抽了數十下，劉瑾禁不住叫起痛來。蔡震又嗬斥道：“你家裏為什麼私藏弓箭鎧甲？”劉瑾支吾了一會兒，才說：“這……這是保衛皇上呢！”蔡震笑著說：“保衛皇上，要放在宮禁中，怎麼藏在你家裏？況且龍袍蟒衣豈是你能穿的東西？若不是圖謀不軌，造下這些衣物做什麼？事情已經敗露，你還敢狡辯？”這幾句話，說得劉瑾啞口無言，隻好匍伏叩頭。蔡震隨即命人將他帶到獄中，到後宮複旨。第二天，武宗下詔，逆賊劉瑾罪狀確鑿，無須複審，即刻淩遲，所有逆賊的親屬一律處斬。於是這位權傾天下的太監被人當場臠割，京城裏的人都爭著去吃劉瑾的肉，一文錢換一片肉，頃刻間瓜分殆盡。
劉瑾的親族十五人一一伏法，侄孫劉二漢自然也被賞了一刀。劉二漢臨刑前，痛哭流涕：“我原本該死，但這些都是焦芳、張彩兩個人唆使的。張彩如今已經下獄，諒他也不能幸免，隻是焦芳安然無恙，我實在是不甘心呀！”原來焦芳、張彩先後附會劉瑾，焦芳曾稱劉瑾為千歲，自稱是劉瑾門下。後來，張彩得勢後，常常在劉瑾麵前說焦芳的壞話。劉瑾就當眾辱罵焦芳，焦芳於是辭官回鄉，這些距劉瑾死不過兩個多月。張彩的罪名成立，正準備處斬，他竟然在獄中死去，屍體被淩遲。指揮劉玉、石文義等人也全部被處死，而焦芳隻是被除名。焦芳的兒子焦黃中這時候已經由侍讀升任侍郎，性格極其狂傲。焦芳有一美妾，原本是土官岑濬的家眷。岑濬得罪後，便被焦芳據為己有。焦黃中也垂涎三尺，平時在父親左右，已經與那美人兒眉挑目逗。等到焦芳失勢，愁悶成疾，他竟然以子代父，把美人誘入自己的室內，寬衣解帶，做出些無恥的勾當。那美人厭老喜少，恰也兩廂情願，但外人已經紛紛傳播開來。焦芳除名之後，焦黃中沒有受罰，禦史等人就輪流參劾，並把那亂倫的罪狀一並列入，於是焦黃中也被免職。其他的人，像戶部尚書劉璣、兵部侍郎陳震等統統削職為民。