但朱元璋至死也沒弄明白，官吏貪贓枉法，是封建專製主義製度及封建官僚體製本身所固有的，此製度不根除，貪汙受賄總要發生。
他曾對身邊的大臣感慨地說：我欲除盡貪贓官吏，奈何朝殺而暮犯。
他大惑不解以至憤怒至極，他詔令天下“今後犯有貪贓的，不分輕重全部殺盡。
”說明朱元璋對貪官汙吏那種刻骨銘心的仇恨。
朱元璋對違法犯禁的官吏，還進行了幾次大規模的集中清洗打擊。
尤以“空印案”和“郭桓案”規模最大，兩案連坐被殺的多達七八萬人。
空印案發生在1375年（洪武八年）。
按當時的規定，各部政使司和府、州、縣每年都要派計史到戶部報告地方財政的收支賬目，所有的錢糧以及軍需等款項；府要報布政司，布政司報部，層層上報，再經戶部審核，戶部所掌握的數字必須與各布政司收支項總和的數字完全相符，才能報銷結賬。
如有不符，表冊就要駁回，重新建冊。
那麼距離京師遠的布政司和府州縣，有的在六七千裏地以外，近的也有三四千裏，重新造冊後還要加蓋原衙門印信，來回往返一次需要幾個月的時間，有的甚至誤了報賬的日期，為了減少麻煩，省去來回往返的時間，不知從何時起，各地方計吏便形成慣例，都事先帶上已經蓋好官印的空白表冊，在遇上戶部挑出毛病，須重新造冊時備用。
各地的計吏年年如此，誰也沒有把此事看成什麼問題。
1375年（洪武八年），朱元璋對此事發生懷疑，他懷疑地方官吏們串通一氣作弊騙他，於是非常憤怒，下令將戶部尚書周肅以及各地方衙門掌印官全部處死，副職以下官杖刑一百，發配邊地。
此案牽連被殺或被戍邊的官員多達數萬人。
其中也有不少人成了刀下冤鬼。
洪武十八年（1385年），又發生了郭桓案。
郭桓當時為戶部侍郎。
就在同年，禦史餘敏、丁廷告發北平布政使司官吏李、按察使司越全德等人，勾結戶部侍郎郭桓營私舞弊、侵盜官糧。
朱元漳下令逮捕審問追查，使案情有了重大突破，經審訊查明，郭桓等收受浙西秋糧時，將一百九十萬石米賣掉，沒有入國庫。
郭桓本人還接受浙西等四府五十萬貫鈔。
他還串通承運庫官範朝宗盜竊金銀，並串通廣惠庫官張裕擅自支取六百萬貫鈔。
除此之外，他還盜賣庫存和未入庫的稅糧，以及漁鹽各種稅收，共折米兩千四百多萬石。
案情嚴重，又涉及眾多官員，朱元璋怒不可遏，下令將牽連的禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、兵部侍郎王誌、工部侍郎麥至德等斬首，六部左右侍郎以下全部處死，追繳贓糧七百萬石。
供詞牽連到各布政使司官員均被處死，株連入獄被殺的多達數萬人。
郭桓一案的發生，給明太祖朱元璋刺激非常深，在氣憤之餘，他想到自己懲治貪官汙吏數十年，收效甚微，屢殺屢犯，這麼大的案子竟發生在自己眼皮底下，真是叫人不寒而栗。
他深有感歎地說：“為民除害，愈加害民。
必欲除奸，更生奸甚”。
朱元璋氣憤難平，他決定加大打擊力度，再狠一些。
他詔令全國說：今後，凡大赦天下，惟有奸貪不赦。
同年十月，他編定的《大誥》頒行天下，《大誥》可以說是曆史上空前嚴峻的一部法典，除了殘酷的五刑之外，他還擴大了淩遲、族誅的範圍。
並且把早已廢除的肉刑也列人法典，如挑筋、斷指、刖足等無所不用其極，其目的是打擊貪贓枉法的官吏，使之畏法而不敢胡作非為。
明太祖朱元璋在秉公執法不徇私情方麵，在曆代帝王中是做的最好的，無論是功臣勳舊，還是皇親國戚，隻要是犯法，毫不寬容，照樣處死。
如永嘉侯朱亮祖出鎮廣東，他收受賄賂，並強行放走被番禹知縣道同捉起來的犯罪的土豪和親戚，並且誣陷道同，使之含冤屈死。
朱元璋明白真相後，下令將朱亮祖及兒子、府軍指揮使朱暹一起鞭死。
又如淮安侯華雲龍在北平私據元丞相脫脫的舊宅第，並強迫士兵和百姓為之翻蓋一新，建的非常奢侈華麗。
朱元璋得知後立即撤了他的職，並把他調回京師，後死於回京途中。
以上均是朱元璋的元勳愛將，隻要犯了他的法令，都要伏法。
朱元璋處死駙馬都尉歐陽倫一事，尤其能體現出他不徇私情的品質，洪武年間，朱元璋在邊境地區，實行茶馬互市貿易，主要是用內地的茶葉交換邊區的馬匹，以供急需。
他曾詔令兵部禁止私販茶葉。
但私運茶葉到邊境地區販賣的事情卻屢禁不止。
駙馬都尉歐陽倫不顧朝廷禁令，多次派家奴去陝西偷偷運私茶出邊境販賣，牟取暴利。