張居正剛要謝恩，李太後卻問道：“張先生，依你看，淩雲翼多久能消滅羅旁瑤？”
張居正沉思許久，慢慢開口道：“戰爭之事瞬息萬變，臣真不好預測，不過淩雲翼才幹卓絕，並主動提出要解決羅旁叛亂，他又是個心思縝密、言出必行之人，臣相信他定不負君恩，兩年左右必能馬到成功。”
張居正在軍事方麵的能力，朱翊鈞、李太後以及整個朝臣都一清二楚。可以說，張居正是那種“數萬甲兵藏於胸中”的文臣。
多年來，張居正一直醉心於帝國軍事，終於把自己鍛造成洞若觀火的戰略家與預言家。張居正用兵，隻有兩個字：知彼。在北方，他要邊臣做的第一件事就是成立間諜組織，深入敵後，時時注意敵情。他對戚繼光說：“一個出色的將軍或者是戰略家，必知彼己，精審虛實，然後就可以打敗敵人了。”
他執政初期，有段時間，草原人民沒有進犯，北邊境防範很鬆懈。張居正得知情況後，立即提出警告：“敵人狡獪多端，萬一這是欲擒故縱，突然對我們發動進攻，我們會手忙腳亂，所以一定要提高警惕。我不會以敵人不犯為喜，而會以你們不防範為憂慮。”
正是這種時刻“謹小慎微”，使他對敵人的動向一清二楚，算無遺策。1574年，北方邊境報告說，土蠻即將進犯。張居正立刻發出指示：主力部隊屯聚要害，將百姓全部遷到城中，並派出幾支機動部隊直奔來犯敵人，引誘他們進入預先設置的埋伏圈。他們如果膽小不來，那最好。如果來了，最好全殲。倘若不能全殲，也不要緊，他們終會記下這個教訓，以後不會再侵犯我們。
果然，土蠻不久後傾巢來犯，按張居正的計劃，幾支部隊把土蠻引入包圍圈，雖然因各路指揮官不能協同作戰而殲敵無功，但事實證明了張居正的通盤考慮和預見的正確性。
不久後，北方邊境又有報告，仍然是土蠻即將進犯。張居正又發出指示：不要小題大做，土蠻不會在這種季節（酷夏）采取軍事行動。不久後，果然被證實為虛驚一場。
無數的事實都證明，張居正雖坐在京城，但完全可以指揮和預測萬裏之外的一場戰役。所以當他說兩年之內必能解決羅旁瑤時，李太後和朱翊鈞都深信不疑。
但烏龜派們卻不信，即使相信張居正的能力，也要裝作不相信。反對淩雲翼的奏章如雪片般飛到朱翊鈞的辦公桌上，又飛到內閣。張居正開始還解釋消滅羅旁瑤的重要性，又解釋淩雲翼完全有這個能力。可雪片越來越多，張居正咆哮起來：“這群廢物真是話多，誰再扯著羅旁瑤一事不放，當心廷杖！”
朝堂之上安靜了，淩雲翼開始忙碌起來，訓練軍隊，偵察敵情，製造專業的攻寨器械。一年多後的1577年，淩雲翼準備完成，十萬大軍向羅旁瑤發起了全麵進攻。這次軍事行動是慘烈的，按張居正的指示，淩雲翼的剿匪部隊所過之處，雞犬不留。
張居正在京城密切關注著羅旁瑤戰事，淩雲翼的信一到，不出一個時辰，張居正就會回信。當淩雲翼將羅旁瑤的大本營緊緊包圍，準備發動最後一擊時，張居正去信說：“羅旁瑤之戰，死傷太大，沿途盡成廢墟。既然勝負已分，我看還是網開一麵，現在投降者可既往不咎。這非是婦人之仁，而是將他們留下來做日後的重建工作。但倘若敵人投降時心不甘情不願，或稍有遲疑，盡可屠之，這種人留下恐怕是將來的禍害。”
1577年五月，淩雲翼對羅旁瑤進行致命一擊，羅旁瑤覆滅，整個戰爭持續了近兩年，羅旁瑤被殺兩萬餘人，活捉一萬餘人。