屠殺進行了一天，一萬人隻剩下一千人。曾省吾及時趕到，這一千俘虜才未被處決。九絲寨淪陷，都掌蠻的光輝歲月隨著雨後天晴而永遠退出人間。
捷報在1573年十月上旬抵達京城。張居正興奮得手舞足蹈，連鞋跟掉了都沒有發覺。他後來說：“聽到捷報後，不禁心花怒放。四川百姓安枕，國家神氣，借此一振。其他地方有造反之心者，聞聽都掌蠻滅亡，必收斂不軌之心，踏踏實實做他的良民。這就是保身安民之道！”
滅之以靖華民
接下來的事就是善後工作。
對於都掌蠻的那群俘虜，張居正的主張是殺無赦。對於都掌這個民族，張居正的主張是“根株悉拔，種類不遺”，這是他對待叛亂的一貫措施。就在他的命令下，劉顯帶著掃蕩部隊對都掌蠻的地盤進行了慘無人道的滅絕政策。曾省吾說：“在這種思想的支持下，政府拓地四百餘裏。”
從此，都掌蠻作為一個聲勢浩大的民族和軍事組織，永遠地消亡了。張居正的斬盡殺絕政策，是否符合當時四川民心，眾說紛紜。四川地區的大地主們雙手讚成，因為都掌蠻控製了很多土地，都掌蠻一滅，這些土地就被政府賣掉，能買得起土地的恐怕隻有那群大地主。
有些慈悲之士就強烈反對，那位被高拱搞掉的趙貞吉是代表人物。趙貞吉是四川內江人，退休後在老家頤養天年，曾省吾和劉顯殘酷的軍事行動，他縱然未親眼所見，也聽到比別人更多的信息。他給張居正寫信說，諸葛亮當年征討孟獲，是“欲生之以廣輿宇”，而曾省吾和劉顯征都掌是“欲滅之以靖華民”。他說，他並不反對滅都掌以靖華民，可途徑不止有血腥屠殺一條，聖人不是出過一個叫“同化”的陰招嗎？
張居正和趙貞吉的關係原本不好，但隨著趙貞吉離開內閣回老家後，竟然奇跡般地好起來。二人還偶爾通信談往昔歲月，談人世無常。趙貞吉的疑惑很快就被張居正得知，張居正對人說，趙公這話從理論上來說是對的，可他不明白，“同化”需要時間，如今東南方麵最缺的就是時間。正如滅大火，怎能用長流細水？非要兜頭罩下一桶冷水不可。這桶冷水就是斬草除根。
話雖這樣說，但張居正還是勉強同意了曾省吾在四川都掌蠻地盤實行文化育人的計劃。曾省吾不負眾望，先從改變風俗做起，要萬幸活下來的都掌蠻幾千人穿漢人服裝，吃漢人的食物，學習漢人的文化。不過一年時間，四川境內再也不見都掌蠻的身影。
文化育人，很多時候隻是一種口號，真付諸實踐，獲取成果的過程異常緩慢，稍有疏忽就前功盡棄。對待敵人就該如狂風掃落葉一樣，毫不留情。和他們談仁義講禮儀，純是對牛彈琴。你浪費時間不說，牛還很不高興。這就是張居正當時最誠心實意的想法。
對待叛亂，張居正殘忍暴力，對待罪犯，同樣如此。1573年秋，按慣例是秋後問斬，李太後卻發慈悲說：“皇上才登基，大赦一回吧，以呼應上天好生之德。”
朱翊鈞請教張居正的意見。
張居正沉思一會兒，說道：“春生秋殺，天道之常，皇上應該記得，自去年繼位以來，大赦已不止一次。糟粕不去，反害精華；凶惡不去，反害善良。這不是天道。”
朱翊鈞很為難：“這是母後的意思。”
張居正接口道：“皇上試想，那些殺了別人的罪犯，如果被赦，對受害人公平嗎？慈聖太後信佛，佛主張不殺生，但佛教也有怒目金剛，正是懲罰罪人的意思。”
朱翊鈞釋懷：“張先生這話讓我茅塞頓開，我這就去說服母後。”
李太後同意了張居正的見解，但心裏卻很糾結，因為她在佛像麵前允諾要放生的。李太後不是政治家，或者說，她不是正在從事實際政治的人，所以她和那群站著說話不腰疼的公知一樣，認為寬大是治國良策。但凡有點良知的人都喜歡寬大，不喜歡流血。可喜歡是一回事，實際又是一回事。
張居正熟讀古典，當然知道東周時期鄭國宰相子產的一段治國箴言：“火的威焰，人人看到後害怕，所以被燒死的人不多；水性柔弱，人人都覺得可愛可近，但死在水裏的人成千上萬。所以寬大是在害人，而不是在救人。”
張居正主張剛猛治國，他曾對人說：“如果讓我做劊子手，我不離法場而證菩提。這也是成聖成佛之道。”當他回憶曆史時，看到元末的大動亂，由衷地欽佩明朝開國時期，同樣是帝王師的劉伯溫[3]的論斷：元亡於對叛亂、對官員的無限寬大，最後搞得一發不可收拾。